人類為啥會有尼安德特人的基因？
大約80萬年前，生活在東非的匠人（早期的直立人）進化成更進步的海德堡人（晚期的直立人），海德堡人在非洲與歐洲之間不斷遷徙，約40萬年前，生活在歐洲的海德堡人，由於氣候環境、地理位置等生殖隔離的影響，進化為尼安德特人，尼安德特人主要生活在歐洲和亞洲西部，約3萬年前滅絕。
而仍然生活在東非的海德堡人，大約在30萬年前，進化成晚期智人，也稱智人，他們才是我們現代人的祖先。可以看出，尼安德特人與智人擁有共同的祖先——匠人。雖然二者分屬不同的人種，但從遺傳上，二者基因的差異基本接近兩個人種分化的臨界點（基因的差異已經完全成為兩個人種），也就是說，二者交配仍然可以產生可繁育的後代，就是由於這點，才使得我們現代人有尼安德特人的基因。雖然人類與尼安德特人同屬一個老祖宗，都由同一個人種海德堡人（不同地區）進化而來的，而且尼安德特人的腦容量（1750毫升）略大於智人的腦容量（1600毫升）。但是在跑動速度、語言溝通、組織協調性，甚至智力水平、製造的工具等方面，尼人都不如智人，所以智人從紅海東南角的曼德海峽，從非洲走出向中東地區遷徙時，曾與尼人進行過多次戰鬥，最終智人憑藉其優越性，戰勝了尼安德特人，走入中東，並不斷進入了歐洲和亞洲西部，消滅了當地的尼人，最終成為世界的統治者。就是在智人走出非洲，向中東遷徙過程中，智人與尼人有過性接觸，智人與尼人之間擦出了「愛」的火花，併產生了可生育的後代。所以我們現在人才有了尼安德特人的基因。
2010年，完成了尼安德特人基因組研究，公布了尼安德特人的基因組草圖，經過與現代人的基因組草圖進行對比發現，除非洲人之外，歐亞大陸現代人均有1%～4%（平均2%）的尼安德特人基因。現代歐洲亞洲人雖然只有1%~4%的尼安德特人的基因，就是這一點的遺傳，但卻將古人類變異了的免疫基因遺傳給智人，從而增強了智人的免疫能力，避免了智人滅絕的危險。事情都是一分為二的，有好的一面，就有壞的一面。尼人遺傳給智人的基因，一方面增強了智人的免疫力，但也遺傳給智人不好的一面，如肥胖症、糖尿病、高血壓、抑鬱症，以及煙癮等，都是尼人遺傳給智人的，這也成了危害我們現代人的主要病患。假如沒有那次「愛情」的火花，進化的結果會怎樣，不得而知!
答案很簡單：因為人類的祖先和尼安德特人曾經發生過性交，並生下了具有繁殖能力的孩子。
這部分歷史顯然存在很多不確定性，但根據最新的研究結果，現代智人的祖先和尼安德特人是在大約50-70萬年前分道揚鑣的，當時居住在非洲的一個古人類部落分了家，其中一部分人走出非洲，來到中東地區生活了一段時間。此後這部分人又分出兩支，一支向西進入歐洲，成為尼安德特人，另一部分人向東進入中亞，成為丹尼索瓦人。
留在非洲的那群人慢慢進化成為現代智人。大概在7-8萬年前，這群現代智人中的一部分走出非洲，和尼安德特人發生了性交，生下的後代不但存活了下來，而且還有了新的後代。這樣一群人同樣在中東地區生活了一段時間，站穩腳跟後開始向四方擴散，最終取代了原來生活在那裡的所有人類近親，成為今天所有非非洲人的祖先。
這群人在向東擴散的過程中還遇到了丹尼索瓦人，雙方也發生了性交，同樣生下了後代，使得現代人體內也有一點丹尼索瓦人的基因。由此可見，人類祖先的性觀念比某些現代人還開放呢。
也許有人會問，現代人和尼安德特人分開了50萬年之久，怎麼還能生下後代呢？答案是：50萬年顯然還不夠長，不足以造成兩個近親的生殖隔離。事實上，DNA分析顯示，尼安德特人和現代人的基因組差別是千分之1.2，也就是說每1000個核苷酸有1.2個不同之處。已知任意兩個現代人之間的DNA序列差別是千分之一，所以說尼安德特人和現代人之間的差別非常小，兩者是近親。相比之下，現代人和黑猩猩之間的差別是百分之一，平均每100個核苷酸就有一處差異，說明我們和猩猩之間的差距有點大，最多只能算遠親，我們和黑猩猩是沒辦法產下後代的。
如今所有生活在非洲之外的現代人體內都有1-4%的尼安德特人基因，但每個人繼承的部分是不一樣的，加起來的話，尼安德特人基因組中的30-50%都可以在現代人基因組中找到。
還有一個有趣的點：現代人的線粒體和Y染色體都沒有尼安德特人的貢獻，因為攜帶有尼安德特人線粒體和Y染色體的人都死光了，沒有留下後代。常染色體因為可以發生基因重組，所以比較容易混入現代人的基因組中，如果混入的部分對現代人的生存能力沒有影響，或者甚至是有利的話，這部分外來基因便會保留下來，並一直遺傳下去。
證據顯示，尼安德特人留下來的基因有很多都是和免疫有關的，這一點很好理解：當現代人祖先剛剛走出非洲進入歐亞大陸時，對於新的環境很不適應，尤其是歐亞大陸的病菌非常致命。但尼安德特人已經在歐亞大陸生活了很長時間，對這裡的環境很適應了，所以他們體內的這部分基因對現代人很有幫助，因此被保留了下來。
還有一點很好玩：真正典型的現代智人其實長得就像現在的非洲人，今天的歐亞人因為混入了尼安德特人基因，變得不純了，這才會出現各式各樣的奇怪相貌。現代歐洲人當中可以找到很多眉脊特別突出的人，或者身上毛特別多的人，這些特徵很可能都是向尼安德特人方向發生的返祖現象。
現在學界公認的觀點是人類都是從非洲走出的。而尼安德特人祖先較早從非洲走出來，大概五赴到一百萬年前，然後這一支人屬逐漸進化到尼安德特人，和其他幾支人屬。留在非洲的那支則逐漸進化到了智人，也變是現代人的直系祖先。智人出非洲有兩次，第一次大概二十萬能年前的樣子，剛出非洲就碰上了尼安德特人，弔詭的是這次腦子沒整過拳頭，智人被尼人搞了個灰頭土臉，哭著就回了非洲，有沒有回去的不太確定，總之是遭遇滑鐵盧了。但智人畢竟有著長線的優勢。又經過幾萬年的秣馬厲兵，智人捲土重來，七八萬年前，智人攜帶著更新式的武器再出非洲，這回形勢轉彎，尼人終於慫了。最後被趕到當時還很寒冷的歐洲，並最終在那裡消亡。
從個體上講，現代人大概有百分之一到六的尼人基因，因地域不同可能有差異。而如果把這少量基因歸總，大概有尼人全部基因的一半。尼人終於也留下了自己的部分基因庫，從這意義上講，好像也沒滅絕。
之所以會有這個結果，只能說明咱們的祖先們當年沒少做沒羞沒臊的事，應該是撩了尼人妹子之類的，或者被尼人抓了自己的妹子。
物種之間有生殖隔離，但不是絕對的，智人尼人分開時間還不夠久，屬於生殖隔離的灰色地帶，所以才有這結果。
搞笑的是，現代人與高血壓啦，肥胖啦之類富貴病相關的基因好像都是來自於尼人。而這些基因在沒羞沒臊的那個年代可是屬於優良基因，能夠使擁有這基因的種群有相對高的生存優勢。祖先們還真是擇優錄取啊。。??????
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