果糖的吡喃形式更甜，而溫度降低有利於形成吡喃形式。因此，果糖的相對甜度隨溫度降低而升高。在40℃時，42％果葡糖漿的甜度與蔗糖相同，而在5℃時其甜度要比蔗糖高出43%，所以果糖適於製作冷飲。

果糖作為甜味劑還有一個特點，就是甜味峰值出現快，消失也快。所以果糖與其它甜味劑組合使用時會有甜味協同作用。比如，果糖與蔗糖、阿斯巴甜或糖精混合物的相對甜度大於單個組分簡單疊加的甜度。果糖的甜味峰值比食品中其它風味的出現也要早，所以能與各種不同的香味和諧並存，不會掩蓋和混淆其他果品的原味。

果糖的開鏈形式所佔比重高於葡萄糖，所以更容易與氨基酸發生美拉德反應。這個反應是麵包烘烤過程中產生焦黃色澤和特殊香味的化學基礎。同時酵母利用果糖發酵要比蔗糖更快，果糖的保濕作用可以使麵包長時間儲存仍然保持新鮮鬆軟。所以在麵包製作中廣泛採用果葡糖漿代替蔗糖。

果糖的代謝也與眾不同。在肝臟中，果糖激酶將果糖磷酸化為果糖1-磷酸，然後由醛縮酶B催化裂解為磷酸二羥丙酮和甘油醛。甘油醛可以通過甘油醛激酶轉化為3-磷酸甘油醛，然後進入糖酵解或糖異生途徑，可以氧化分解或合成糖原，也可以轉化為脂肪或氨基酸。這個途徑最大的特點是繞過了己糖激酶（HK）和磷酸果糖激酶（PFK）。HK是糖酵解的入口，PFK是糖酵解的限速酶，所以它們受到多種因素的嚴密調節，隨時處於整體的動態平衡之中。而果糖則無視這些規則，不受胰島素調控。所以服用果糖後對血糖影響很小，其血糖指數（Glycemic Index）只有23（葡萄糖為100，蔗糖為60）。而且其甜度高，用量小，所以適合糖尿病人食用。

不過，雖然代謝途徑不同，但果糖氧化放出的能量與葡萄糖是一樣的，所以其熱值與蔗糖相差不大。因此，果糖雖好，不能多吃，而且吃多了更容易發胖。因為果糖容易上癮，而且不受胰島素調控，攝入過多以後更容易合成脂肪。已經有很多研究指出，長時間大量食用果糖，會增加肥胖、糖尿病、脂肪肝等疾病的風險。

人體對果糖的吸收能力有限，每餐一般吸收果糖不超過50克。在小腸中不能吸收的果糖會被運輸到大腸中，被結腸菌群發酵產生氣體，引起腹脹、腹痛。過多的果糖造成的滲透壓還會引起腹瀉。幼兒對果糖的吸收能力較弱，所以過多的蘋果汁和梨汁容易引起腹瀉。

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