雖然琉球早就是中國的藩屬國了，但日本一直有向南擴張的野心，很想吞併琉球，進而以此爲跳板，再向南發展，吞併臺灣。

在明朝冊封琉球王200多年後，日本軍閥豐臣秀吉入侵朝鮮，企圖以朝鮮爲跳板侵略中國大陸。儘管他們被徹底打敗，但在此過程當中，日本以戰爭爲名，要求琉球提供糧食和錢財。日本人的要求遭到琉球國王的拒絕，於是，他們派出3000精銳部隊和100多艘戰艦，閃電式入侵、佔領了整個琉球王國。

日本軍隊俘虜了琉球國王，逼其簽字同意每年向日本輸送糧食，琉球國王被迫答應了。明治維新之後，日本的做法更加過分，在沒有獲得琉球國同意情況下，將其置於鹿兒島縣的管轄之下。

但清朝政府當時對此沒什麼反應。同治十年(1871年)，一些琉球漁民由於颱風，漂流到臺灣島，與當地的高山族羣衆發生衝突並被殺死。日本乘機利用這個事情大做文章，以保護屬民爲藉口，派兵入侵了臺灣。

那時清朝還沒有鐵甲艦，無法一舉戰勝日本艦隊，日本也有些畏懼清朝，於是採取外交訛詐手段，迫使清政府簽訂了《北京專條》，表示同意退兵。但在退兵的同時，他們要求清政府賠償白銀50萬兩。與此同時，日本人還讓清政府承認：“臺灣生番將日本國屬民妄爲加害”，日本侵略臺灣是“保民益舉”。

根據這個條約，日本雖然在臺灣問題上退了一步，但在琉球問題上卻進了兩步。條約簽訂不久，日本就派兵進駐了琉球，並命令琉球王國改成明治年號，不再向清政府納貢。之後，日本又在琉球設立警察和司法機構。

光緒三年(1877年)，琉球國王往清朝派出密使，請求清政府幫助他們，避免日本人的侵略。清政府雖然同日本進行了交涉，但他們太懦弱，當時沒有任何實際行動。日本人看準了清朝的虛弱，第二年八月，正式吞併琉球，把琉球改爲日本郡縣。

爲了確保吞併琉球行爲得到國際認可，消除清朝異議。按照日方意願，當時有些人議定了一份條約，規定琉球北部歸日本，南部歸清廷。但此條約拿到清廷後，遭到朝廷重臣的猛烈抨擊，最後清政府拒絕在這個條約上簽字。

從此以後，琉球羣島的主權歸屬問題，被無限期擱置起來，到今天還沒有解決。不過，清政府雖然態度消極，但始終沒有承認日本吞併琉球的合法性，並多次和日本進行交涉。

到目前爲止，琉球羣島一直處於日本實際控制之下，改名爲沖繩，但其主權不屬於日本。根據《波茨坦公告》，日本應將金、馬、澎、臺、琉球諸島歸還中國。所以，琉球羣島主權在法理上還應該是屬於中國的。

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