有些得了肛周膿腫的患者由於特殊原因（如凝血功能障礙、血小板減少症、長期服用抗凝劑、腎功能不全或年老體衰等）暫時不能採取手術方法進行治療的，或者有些患者膿腫初期尚未化膿的，可用藥物保守治療。

目前，保守療法一般採用中西藥坐浴（中藥如祛毒湯、西藥如高錳酸鉀）、外敷消腫藥膏（中藥為如意金黃膏、西藥魚石脂軟膏，每日外敷腫塊2次以上）、口服中藥或補液抗炎治療等。

中醫對本病早有認識，如《黃帝內經·靈樞·癰疽》說：「癰疽發於尻，名曰銳疽，其狀赤尖大，急治之，不治三十日死矣。」「尻（kao）」是臀部的意思。從文獻記載，「銳疽」是中醫最早的有關肛門直腸周圍膿腫的病名。宋朝，我國首次將膿腫命名為「癰」。明代《外科精要》中明確了治療膿腫的原則與方法，確立了本病的初期給予消散，成膿期予以托毒外出，膿成後予以及時排膿，排膿後予以補益托毒的基本原則。明代以後，對本病的認識進一步深入，並注意肛門功能的保護。如清代《辨證錄》：「肛門之肉，不比他處之肉，肛門之皮，不比他處之皮，此處之皮有縱有橫，最難生合，況大便不時出入」。這一時期，中醫對本病的癥狀、病勢發展、預後的觀察也較前更為細緻深入。

中醫認為應根據患者的病程、體質、年齡、性別等進行辨證治療。初發期：膿腫尚未形成，治療應以消散為主，使膿腫消散於無形。如果紅、腫、熱、痛明顯，發病較急，給予清熱解毒，活血消腫；如果起病緩慢，病人體質虛弱，局部紅腫熱痛不明顯，則給與補陽散寒，宣通氣血或滋陰除濕治療。

釀膿期：中醫認為熱盛肉腐，肉腐成膿，應給予托毒透膿。

潰膿期：指膿腫自行破潰或手術切開排膿後，宜補托排膿，生肌散癰，使機體氣血旺盛，有助於創面恢復。

現代醫學認為，膿腫應抗感染及對症治療。早期應根據不同的致病菌給予敏感的抗生素抗感染治療。臨床證實，大部分抗生素對各種肛周膿腫的致病菌有較好的敏感性。如氨基甙類對大腸桿菌敏感，但對於厭氧菌不夠敏感；甲硝唑、利福平等藥物卻對厭氧菌有較好的抑制作用；如果膿腫為多種菌混合感染，應給予聯合應用抗生素，如慶大黴素或鏈黴素等與甲硝唑配合應用以加強抗感染效果；如果結核感染還必須配合抗結核藥物治療。膿腫潰破後，可給與相應的補充維生素、或靜脈補充營養液等。

當然，中醫與西醫思路並不違背，如果在肛周膿腫早期，通過中西醫治療，是可以抑制患者病情的發展，減輕患者的痛苦的。但是，如果中西藥還不能控制癥狀,疾病還在加重，甚至影響小便時，則必須進行手術治療了。

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