首都博物館於1953年開始籌備,1981年正式對外開放,原館址在全國重點文物保護單位——北京孔廟。作為北京市「十五」期間重點文化建設工程,首都博物館新館建設項目的立項申請,於1999年得到北京市委、市政府批准,2001年經國家發改委報國務院批准實施,2001年12月正式奠基興建。
首都博物館新館於2005年12月開始試運行,2006年5月18日正式開館。首都博物館以其宏大的建築、豐富的展覽、先進的技術、完善的功能,成為一座與北京「歷史文化名城」、「文化中心」 和「國際化大都市」地位相稱的大型現代化博物館,並躋身於「國內一流,國際先進」的博物館行列之一。