面對袁世凱的倒行逆施，當月雲南軍閥蔡鍔、唐繼堯等人宣佈雲南起義，發動了護國戰爭。在護國戰爭初期，並沒有多少軍閥宣佈加入討袁大軍。很簡單，因為實力的不均等，幾乎所有人都不看好這次革命。據史實記載，滇軍入川的軍隊僅8000人，而隸屬於袁世凱的川軍隊有5萬人，然而這8千滇軍把5萬軍隊打得倉皇潰逃。其他軍閥一看袁世凱損兵折將，紛紛站出來宣佈響應革命。於是短短的83天後，袁世凱被迫宣佈退位，恢復中華民國，洪憲王朝就此覆滅。

北京爭奪戰

自袁世凱病去後，北洋軍閥體系出現了巨大的權力真空，其中當屬直系、奉系、皖系最為強大，三系圍繞著中央權力開始連年混戰。

府院之爭揭開了北京爭奪戰的序幕，1916年黎元洪依法繼任大總統（總統府），皖系首領段祺瑞任國務總理（國務院），段以北洋正統派首領自居，依附日本軍閥，掌握軍政大權，與黎元洪分庭抗禮。雙方在要不要參加第一次世界大戰對德國宣戰這個問題上爭鬥激烈，過於自信的黎元洪一時衝動罷免了段祺瑞，並邀請了督軍團長張勳進京「調停國事」，後演變為張勳率辮子軍入京復闢。

張勳復辟引發了全國眾怒，孫中山當即返回廣東組織各軍閥，準備北伐。不過孫中山還沒有回到廣東，復闢醜劇就被段祺瑞鎮壓了。段祺瑞眼見北京臨時政府再也沒有能抗衡自己的人，便拒絕恢復《臨時約法》和國會。在這種情況下，孫中山便將鬥爭矛頭直指以段祺瑞為代表的北洋軍閥。17日，孫中山抵達廣州，當晚發表演說，明確提出護法的宗旨是打倒假共和，建設新共和，並呼籲各界奮起為護法而鬥爭，掀起了著名的護法運動。

在護法運動中，孫中山建立了以自己為大元帥的中華民國軍政府，同時也將革命黨人、西南實力派軍閥、國民黨穩健派聯合了起來，開啟第二次北伐戰爭的序幕。但是由於滇桂兩系軍閥憑藉著強大的實力在護法戰爭中勾結直系和戰反覆，破壞孫中山護法宗旨，改組了軍政府，護法至此成為空名。

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