在剛開始念書時,蔡元培求知若渴,可教書先生在講四書五經時,很少解釋其中蘊含的深刻道理,只是機械地讓學生們搖頭晃腦地死記硬背。即便是聰慧如蔡元培,也常常被那些「之乎者也」之類的文字折騰到夜深才能學畢入睡——這樣讀書,哪還有什麼樂趣可言呢?漸漸地,蔡元培開始喜歡《三國志通俗演義》《戰國策》這樣的「閑書」,並且越讀越覺得很有意思。一次不幸被先生髮現,收繳了他的書,並嚴厲批評他:「這些不正經的文字是難登大雅之堂的,寫文章必須使用經書上的詞句,如此方為正統,否則考官不會錄取!」
打那一刻起,蔡元培便對中國千年沿襲的舊式教育有所芥蒂。當時的學生就像一隻只空布袋,等著先生把現成的知識一把把往裡填充,無所謂能否接受消化,更無所謂學以致用,何談發展自己的興趣和愛好,潛力不被發掘,才能怎不被埋沒?自那時,蔡元培便對自由有了一些隱約的憧憬,希望有朝一日自由之風吹遍神州大地,讓每一個求知少年不再為壓抑辛苦的學習所桎梏。
改革的第一步是明確大學的宗旨,改變學生的觀念,於是在開學的就職演說上,蔡元培對學生提出了三點要求:抱定宗旨、砥礪德行、敬愛師長。「入法科者,非為做官;入商科者,非為致富」,他要求教員和學生需培養研究學問之興趣,更重要的是須養成學問家之人格。
那時的北大,學生們多是官二代、富二代,走出學堂轉身就進了妓院,溫柔鄉里,紙醉金迷,就是沒有正當的樂趣,更無心做學問。為了引導學生們走回正途,追求生活中更正面積極的情趣,蔡元培發起成立了各種體育會、畫法研究會、書法研究會、演劇會等團體,學生規劃豐富多彩的課餘生活。