題主的問題可以分為兩個來分別解答。首先是共同祖先問題，然後是進化的道路問題。

請問為什麼我們現在所有的生物的祖先都是一種，或者說都是三種？

第一個問題的答案顯而易見，是因為達爾文提出的進化論。進化論的一個重要結論，也是最常被大眾忽視的洞見，達爾文向我們指出，當我們逆時間流向過去眺望的時候，所有看起來差異極大的各種生命形式，具有內在的統一性，它們都來自一個共同祖先，在經歷不同的基因突變和自然選擇之後，形成了具有極大多樣性的生命世界。這種統一的圖景，在科學上讓人賞心悅目，但要想證實，由於沒有時光機，我們無法得到第一手證據，只能從間接證據入手。而最重要的間接證據，伴隨著遺傳學的發展，當我們的分析手段進入分子層次之後，我們突然發現，我們已經脫離開表象的巨大差異，看到了生命在分子層次上的統一性。這種統一性，提供了極其強大的間接證據，讓我們相信如果地球生命不是來自同一個祖先，那麼如此之多的相似性沒法從純粹的偶然中誕生出來。

這些相似性包括，除病毒之外，所有生命都由細胞構成，其實即便病毒也同樣需要進入細胞內才能繁衍，而細胞生存都遵循著中心法則，並使用著基本相同的一套密碼系統，來將來自遺傳物質（DNA或RNA）上的信息，翻譯成真正幹活的蛋白質。就是這套完全隨機的密碼的相似性，成為地球生命具有同一共同祖先的強大間接證據。從奧卡姆剃刀原則的角度，與其通過一萬種複雜曲折的方法來解釋這種相似性是如何從偶然之中誕生出來的，還不如簡單假設，因為這些密碼本來自最初那個進化出中心法則的原始祖代細胞，由於密碼本是如此重要，以至於絕大多數改變都是自尋死路，這就是為何這套密碼傳遞了數十億年之久之後，雖然後代子孫們早有已經彼此面目全非，但就像地下黨對暗號一樣，植物、動物、微生物、真菌、古核生物依然擁有著一套基本相同的密碼本！

圖示：遺傳密碼的破譯，標誌著達爾文的共同祖先學說，獲得了最重要的支持。而正是因為各種生物擁有基本相同的密碼體系，基因工程纔在原則上成為可能的事情，否則我們將無法使用微生物生產人類所需的蛋白。而也正是因為這個原因，讓病毒能夠劫持我們的細胞，用我們的翻譯機器去翻譯它所攜帶的遺傳信息，而不用擔心出現什麼亂碼。

如果，真的存在外星生命，即便它們同樣使用核酸和蛋白質，同樣採用中心法則的方式來構建生命體系，但是我們可以預期，它們的密碼本和我們的沒有任何理由大規模相似，所以從這個角度看，我們不用擔心外星病毒，外星病毒攜帶的信息如果使用地球上的細胞將無法得到正確的翻譯，也就無法產生正確的蛋白質，從而將完全喪失繁衍的可能性。但外星的微生物則不然，只要它們能夠使用地球生命所製造的葡萄糖和氨基酸，那它們就能很好的生存下去。而如果中的某些也同樣能夠使用太陽能製造如葡萄糖這樣極其重要的有機小分子，那它們在地球上也同樣可能活得很好，從而對地球生命造成嚴重威脅。

如果演化一直在發生為什麼，除了太古時代再沒出現新的單細胞向多細胞的演變？是我理解錯了嗎？現在新的物種應該是單細胞到單細胞，魚到魚，鳥到鳥，為什麼再沒出現海生植物到陸生植物，蟲到動物？如果演變一直是隨機幾十億過去了為什麼相存的單細胞一次都沒有突變成多細胞？

這個問題涉及定向進化問題，事實上首先地球生命的主流是單細胞生命形式，無論是按細胞數量還是按總質量來計算，地球上的生命中佔據絕對優勢的生物是單細胞生物。如果以成敗論英雄，單細胞生命纔是王者！不要忘記，進化論講的是——優勝劣汰、適者生存。

從生存的角度上而言，單細胞生命遍佈生態系統中的每一種生境，其中許多隻有單細胞生命能夠存活，任何多細胞生命根本無法生存在其中。簡單來說，地球的多細胞生命體系其實完全依賴著單細胞生命所製造出來的特殊環境，纔有存活的可能。

題主是被劣質的甚至完全錯誤的社會達爾文主義所誤導，也可能是被中學生物書所誤導。由於多年沒有看過現在的新教材，不知道書上那句表達定向進化或者進化的階梯的話是否已經被拋棄。其大意是生物進化是從簡單到複雜，從低級到高級。

這句話是完全錯誤的，因為它首先就違背了進化的隨機性和無方向性的大原則。事實只是，地球歷史生態系統中存在一部分生物在漫長的歷史中經歷了從簡單的複雜的過程，至於低級和高級這樣帶有價值觀偏見的辭彙已經從生物學中被驅逐了。

這個從簡單到複雜的過程是當我們回溯歷史時候的必然結論，但不代表這是必然會發生的事，它不是真正的自然規律，不是如同高處的球狀物體勢能高，有滾下來的可能性這樣的物理定律。生物進化具有極大的偶然性，除非受到物理或化學規律的限制（比如水中生活的許多動物具有流線型身體，這是因為流線型身體的阻力小，發生的趨同進化），否則任何錶現出來的過程在原則上都是隨機出現的。

而任何隨機出現還能被保留下來的新變種，首先要能適應環境的挑戰能生存下來，而不幸的是，今天的世界已經太擁擠了。我來舉個簡單的例子，在沒有生命誕生之前，自然界天然產生的氨基酸可以被積累到適當的濃度，產生天然的肽類物質，但今天這些氨基酸根本沒有機會積累到足夠高的濃度去引發下一步變化，就被環境中的各種微生物給消耗了。

其次，今日的單細胞也早就不再是最初的那些單細胞了，不能因為它們還保持在單細胞狀態就認為它們和原始的祖先單細胞是一樣的，這就大錯特錯了。事實上，它們同樣已經經歷了數十億年的進化，走過了數十億年的道路，找到了生存之道，而且極其成功。

生物的形式只是一場幻夢，在這個殘酷的自然中，只有善於生存和繁衍者纔是真正的王者。而王者不是多細胞生命形態，雖然作為人，我們更欣賞多細胞的生命形態，但我們有必要清醒一點的知道，我們走過的進化道路，既不具有自然規律上的必然性，不是水往低處流那種規律，同時我們也並非真的站在了什麼食物鏈之巔峯，這是多細胞生命彼此內鬥的時候給自己貼金之語，如同宇宙的真相是暗物質和暗能量佔據了絕大部分，主宰著宇宙的命運，在生命的世界中，單細胞的微生物和病毒，纔是生命世界中隱祕的王者。

而正因為認識到這一點，生物學家們才對多細胞生命的誕生以及性別的誕生爭論不休，當然，我們的祖先們幹得不壞，在這麼險惡的環境中，篳路藍縷走到現在，步步驚心，多少次瀕臨滅絕的邊緣，有天外飛星有火山爆發有冰河世紀，但我們都挺過來了。而這些改變環境的大災難，同時也提供了新環境使得新突變新物種能有機會生存下去，而當最初的生命已經消失當環境的變化無法重演的時候，那麼地球生命的進化道路也就無法重演。而脫離開具體的環境，抽象的談論生物進化歷程，是另一個常見錯誤。正如同人類歷史一樣，生物進化歷程，同樣是時勢造英雄啊。

圖示：生物進化歷程與地質年代對照。由於我們對過去的地質條件瞭解不多，導致我們在接受進化歷程的知識的時候，簡單忽略了這個決定性的因素，導致對進化論存在重大誤解。

圖示：泥盆紀的古厥森林，提供了昆蟲演化的絕佳環境。同時海洋中魚類的極度繁盛配合上泥盆紀大陸地貌中最豐富的濕地系統，給兩棲類動物的起源準備好了環境。

首先從起源分析，能進化成三葉蟲的物種也早已滅絕了。

三葉蟲的祖先可能是類似於節肢動物的動物，如斯普里格蠕蟲或其它隱生宙埃迪卡拉紀時期類似三葉蟲的動物。早期三葉蟲與伯吉斯頁巖和其它寒武紀的節肢動物化石有許多類似的地方。因此三葉蟲與其它節肢動物可能在埃迪卡拉紀和寒武紀的交界之前有共同的祖先。三葉蟲最早是隨著寒武紀初期的小殼動物羣而出現的，小殼動物羣主要是指軟舌螺、腹足類、單板類、喙殼類和分類位置不明的一大批個體微小（一般僅1-2mm）、低等的軟體動物，當時的海洋條件已經適合於它們生存，這些動物給三葉蟲帶來了豐富的食源，在那時的海洋中，三葉蟲還沒有遇到有力的競爭對手，因此它們橫行霸道，迅速發展，整個寒武紀成了三葉蟲的世界。三葉蟲是最有代表性的遠古動物，距今5.6億年前的寒武紀就出現，5億--4.3億年前發展到高峯，三葉蟲滅絕的具體原因不明，但是志留紀和泥盆紀時期兩齶強大，互相之間由關節連接的鯊魚和其它早期魚類的出現與同時出現的三葉蟲數量的減少似乎有關。三葉蟲為這些新動物可能提供了豐富的食物。

此外到二疊紀後期時三葉蟲的數量和種類已經相當少了，這無疑為它們在二疊紀——三疊紀滅絕事件中滅絕提供了條件。此前的奧陶紀——志留紀滅絕事件雖然沒有後來的二疊紀——三疊紀滅絕事件那麼嚴重，但是也已經大大地減少了三葉蟲的多樣性。

三葉蟲至2.4億前的二迭紀完全滅絕，前後在地球上生存了3.2億多年，可見這是一類生命力極強的生物。在漫長的時間長河中，它們演化出繁多的種類，有的長達70釐米，有的只有2毫米。背殼縱分為三部分，因此名為三葉蟲。

由於能進化成三葉蟲的物種滅絕了，適合成為三葉蟲食物的軟體動物滅絕了，而三葉蟲的天敵卻越來越多了，這個地球上已經沒有能適合三葉蟲生存的空間了。弱肉強食，適者生存，這是自然定律。事實上，地球上曾經存在的物種，95%以上的都已滅絕了，今天也正在以每小時一種的速度消亡。 由於人類活動的強烈幹擾，近代物種的喪失速度比自然滅絕速度加快了1000倍，比形成速度加快了100萬倍，物種的滅絕速度由大致每天一種加快到每小時一種。目前，世界上已有593種鳥、400多種獸、209種兩棲爬行動物以及2萬多種高等植物瀕於滅絕。這些瀕於滅絕的物種大多數與人類的關係十分密切，對人類的生存與發展具有十分重要的意義。專家指出，造成物種滅絕的原因，除不可抗拒的自然災害因素外，人為活動是其主要原因。商業貿易而導致人類對野生動植物資源的掠奪式利用，是造成物種瀕危乃至滅絕的重要因素。保護地球，愛護環境，珍愛生命，不要讓人類的眼淚成為地球上的最後一滴水。

要解釋這個問題，就要從所謂「猴子打字打出哈姆雷特」說起，也即所謂「基因突變是隨機的，進化出如此精密的生命體就像一隻猴子胡亂打字卻打出了哈姆雷特，這是不可能的，所以進化論不成立。」

也不知哪個腦殘想出了這條所謂「駁倒了進化論」的論據，還有一堆腦殘附和，我用詞可能過於激烈了，但此言論的腦殘之處顯而易見。

因為所謂「精密生命體」是一步步進化而來，就像題主所說的，從有機分子到蛋白質；從蛋白質到蛋白質團；從分子鏈缺損時攝入材料復原，到繁殖意義的分裂複製；從「類生命體」、病毒到單細胞生命體，從單細胞微生物到多細胞原生動植物……生命是這樣從簡單到複雜逐步演化。

同樣拿猴子打字做比方，猴子一開始根本不需要打什麼哈姆雷特，打一個字母就夠了，然後在一個字母基礎上打出一個單詞，一隻猴子不行就換一隻，或者幾百幾千隻猴子一起打，很容易做到。

一個單詞打出來了，好，定案！這單詞就相當於一種能夠適應環境的新突變，後續的「胡亂打字」都是在這個單詞的基礎上繼續，拼不出單詞的淘汰，拼出單詞而與第一個單詞無法形成語法關係的淘汰，一隻猴子做不到，幾千幾萬隻猴子總能搞出下一個來，接下來有的猴子繼續創作第二個詞，看還有沒有更多創意，其餘猴子則進入第三詞……

久而久之，幾十億年，幾十萬萬億隻猴子的共同努力之下，我們就擁有了無數生命篇章，其中有散文有詩歌也有小說，你問裡面有沒有哈姆雷特？但為什麼一定要有哈姆雷特？是文章就行，適應環境就行，其中有些恐怕比哈姆雷特更精彩，但這些文章是無數年中無數只猴子接力打字，經「我們」篩選接龍而來，你讓一隻猴子在你眼皮底下單獨完成其中任何一篇都不可能，哪怕是最短的小詩。如果再耗費億萬年重複一遍相同過程，得到的必定是不同的文章，而文章風格取決於我們這些「篩選者」，其實就是自然環境的不斷改變。

明白了猴子打字一般的「隨機性」，題主就該明白，要從簡單生命體重新進化一隻三葉蟲出來根本不可能，就算為了適應同樣環境有些類似的體態特徵，它也不是三葉蟲，就好像海豚再像魚龍它也不是魚龍。

最後，題主還要明白一件事，一項基因突變要想成為新的進化，它必須能為該生物帶來競爭優勢，獲得更多食物，繁衍更多後代，甚至將競爭對手趕盡殺絕，才能將這基因傳承並推廣開來，而這在一個穩定的、繁盛的生態系統裏是很難做到的。

彈塗魚可以上岸蹓躂，步行鯰可以翻山越嶺尋找新的水塘，這都是了不起的進化，但這兩種魚不可能循著遠古前輩的足跡登岸發展為陸生動物。

初登陸的遠古前輩面對的是一片植物茂盛的空曠大陸，除了昆蟲再沒有其它動物，所以它容易覓食、沒有天敵，到處都是空白的生活領域可以填補，它們可以上樹、可以鑽洞，可以喫草也可以喫蟲，幾乎各種體態和食性變化都能讓自己避開激烈競爭去填補空白，從而獲得更多食物，繁衍更多後代。根據現代對孤島放生壁虎的觀察實驗證明，這種填補生態空白式的進化幾乎是爆炸式的，幾十年就能演化出新物種。

而彈塗魚、步行鯰它們，面對的是早已繁榮穩定的生態系統，陸生進化最多讓它們獲得一些逃避水中天敵的優勢，卻不可能引導它們改為陸棲動物，因為陸地早被各種優勢物種佔據，沒有空白可以填充，一隻步行鯰無論發生多牛逼的突變也打不過一隻普通野貓。

正因如此，進化史上最明顯的特徵就是「環境劇變=》大滅絕=》生態大空白激發新物種大爆發=》長期繁盛和穩定=》環境劇變」這樣的反覆循環，就如恐龍滅絕導致陸地生態空白纔有了哺乳類物種的大爆發。

那麼，還可能從簡單生命重新進化出三葉蟲嗎？三葉蟲來自寒武紀的生命大爆發，統治了空曠的海洋，但現在的海洋早已不是寒武紀的海洋，就算放一隻活的三葉蟲進去，它面對鯊魚、鰻魚、金槍魚，以它的行動速度和感官能有一絲一毫競爭優勢嗎？如果沒有，這種進化就不會有。

並不是再沒有單細胞生物進化成多細胞生物，而是多數人不知道。

比如中生動物，這是一種很簡單的多細胞動物

它們的起源時間還不清楚，但是科學家們普遍認為，它們和我們所屬的這一類多細胞動物並非起源於同一祖先，很可能就是獨立地從單細胞動物起源的。

而我們多數多細胞動物，都起源於同一祖先，所以我們統稱「後生動物」，而題主應該知道單細胞動物是叫做「原生動物」。

所以，實際上是後生動物起源於單細胞的原生動物，中生動物也起源於單細胞原生動物，在動物這邊，單細胞向多細胞也至少發生了兩次。

而植物那邊，單細胞到多細胞就比較多了，陸生植物的祖先是綠藻類，海生的綠藻類裡面就既有單細胞也有多細胞。而海生植物實際上是個很複雜的家族，紅藻類、金藻類，基本上也都是既有單細胞也有多細胞，前段時間不是還看到一個說海帶被開除出植物界了，那這就更能說明問題了，單細胞到多細胞的進化本來就發生過很多次。

除了動物和植物都獨立地進化成多細胞之外，真菌不是也有過嗎，連藍藻都有多細胞的，題主應該知道藍藻不是植物吧。

至於植物登陸的問題，目前苔蘚植物的起源還是個未解之謎，至少有一種理論認為，它們和其他陸生植物不是同一祖先，如果這個理論正確的話，那麼植物登陸也有至少兩次。

還有，地衣雖然不是植物，甚至沒法給它分類說到底屬於什麼，但是其中所含的藻類本來也是水生植物，由於和真菌的共生得以登陸，這應該是獨立發生的，而且甚至比真正的陸生植物的登陸還早。

因為推動進化的是環境的改變，而環境的改變創造了進化位階。每次物種大爆發都是環境的巨變，而每兩次巨變之間物種是穩定的。穩定期每個位階都會有物種佔據，形成平衡。這就和大猩猩沒有進化成人一個道理，因為上次物種大爆發，創造了人類和大猩猩，兩者佔據兩種環境，之間並不是進化的前後關係。分久必合合久必分。盛世太平，亂世出豪傑。戰爭是科技爆發的搖籃。你可以理解為這是天之道，也可以說每次環境巨變都是神的推動。但鐵一般的證據表明不管是誰創造的，規則就是如此。

單純從進化論角度來看，一個特定生物的出現是一個小概率事件。就好像讓你只猴子坐在一個打字機前面，他很有可能胡亂的按打字機就可以按出來一篇哈姆雷特。但是你撕掉這篇哈姆雷特以後，有可能這個猴子有生之年很難再按出來另外一篇哈姆雷特。生物界進化出三葉蟲的概率，遠小於讓一隻猴子按出一篇哈姆雷特的概率。所以說不是進化不出下一代的三葉蟲，而是如果要進化出下一代三葉蟲還需要時間，讓這個概率發生。

其他的回答已經不少了。我說一下我的理解。

首先，生物的進化（我們現在更傾向於說『演化』）是隨機事件，生物演化出的性狀，包括其各方面細節和整體的樣貌，以及動態的生理功能和生活習性，都是有相當隨機性的。以有限的地球生物圈環境來說，獨立演化成相同或十分類似的兩個物種是極端不可能的。

第二，生物學中有一個『生態位』的概念，主要是指在生態系統中，某個物種所佔據的地位，包括以所能獲得的資源，受收到的環境約束，等等各方面。舉例來說，草原上的兔子，可以從當地草原的植被中的某些種類獲得食物，又為當地草原的其他肉食性物種如狼和鷹等所捕獵，同時還要適合在當地草原氣候地質環境中生活。物種取得生態位的過程，也是經過物種間競爭的，這是物種演化的宏觀過程的一部分

三葉蟲滅絕後，其所佔生態位已經被別的生物物種所佔據，而新佔據的物種顯然具有優於三葉蟲的生物性狀，再出現三葉蟲（甚至是與其差不多性狀的其他物種），都已經無法競爭過這些新物種而重新奪取這個生態位了。

就標題所問問題而言。一個物種的滅絕，要麼是遭到毀滅性的打擊，瞬間就死完了。要麼就是環境不利於此物種的生存，在惡劣的環境和自身的變異始終不能適應環境的情況下，走向滅亡。對於第二種而言，這個物種因不適應環境而滅，如果其他的物種中因變異而成為與此物種的相似物種的話，不也會因不適應環境而滅亡嗎？

簡單說是環境變化，無法再演變出三葉蟲，比如氣候、食物、天敵等等，一切都在改變，進化出三葉蟲的那種環境不存在了，這也是從古至今已滅絕的生物再也沒出現過的原因，生存環境不斷變化，導致每個時期物種都不一樣~

時間是往前推移動的。好的就會留下，差的被淘汰，你問得問題本身不成立，生物學上有一種叫趨同進化，比如鯨魚本來是哺乳動物，也是有四肢和皮毛的，但是在水裡呆了3000萬年，也是魚型了。

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