一堆積木被我擺整齊了還是熵減呢，熱二定律哪兒去了？積木運氣不錯哈？

拿一個封閉系統的定律去套一個開放系統

地球不是一個孤立系統

即便有會有少部分水「逆流而上」，從整個系統來講，河水的重力勢能仍然在自發降低，熵也是這樣。

熱力學第二定律沒有考慮到引力的問題

熱力學第二定律說的是「孤立系統中的熵不會自動減少」，最終到達熱平衡態。但首先，它並不禁止一個開放系統通過物質交換與熱交換排放熵。比如系統可以在保持總內能不變的情況下，從高溫熱源吸取熱能並以低溫放出，按ΔS=ΔQ/T計算，這個過程是熵減的。地球每年就在以類似的機制，吸收太陽的熱輻射然後以地表這幾百K的溫度向太空輻射，從而排走相當可觀的一筆熵。

更進一步地，在遠離熱平衡態的地方，一些非線性過程可以使開放系統形成一個有序的自組織結構，即耗散結構。它可以通過不斷吞吐物質和能量來維持自身的有序性。一些比較有趣的簡單例子，如碘鍾反應等化學震蕩，這是時間上的有序結構；比如化學螺旋波，這是時間和空間上的有序結構。而當這種結構愈發複雜起來，形成鮮明的功能性時，你就能夠得到生命、社會等高級的組織形式了。並且，由於吞吐的物質和能量可以不斷地帶走熵，這種結構也並不違反熱力學第二定律。

其實進化論的最大的bug就是，第一個蛋白質是怎樣產生的，第一個細胞是怎樣產生的？人和一個單細胞生物的區別，遠遠小於一個細胞和分子之間的區別。有人說在所謂的混沌湯中，經過幾億年的過程，就能產生細胞。那麼就來算一個概率問題：假設地球上的氫，氧，氮，碳在45億年前就開始形成混沌湯，並且保持了45億年穩定的溫度，壓力或其它條件，比如電弧，那麼有多大的概率，它們會形成一個DNA？

假設地球全部表面有厚度達到10公里的氨基酸混沌湯，在每立方納米（1納米＝10^－9米）中，每一秒產生1億種不同的氨基酸的排列組合（核苷酸單位大約長0.33納米），那麼在1秒鐘內地球上將產生5.1 乘以10 的 53次方種不同的排列組合。那麼在45億年內，會有7.2 乘以 10 的 70次方種氨基酸排列。這裡還要求保證所有這些排列都不同。

參考一下54的階乘是2.3乘以10的71次方。 也就是說，在以上的條件下，地球經過45億年有可能產生一個由54個鹼基對組成的有意義的排列。人類細胞中最大的1號染色體中，就有2億2千萬個鹼基對，請問這麼多鹼基對可以有多少排列方式？ 100的階乘大約是10 的 158次方。1000的階乘是多少？matlab的答案是inf。 那麼2億的階乘是多少？

或者，再進一步簡化以上的條件，假設混沌湯充滿了A-T, G-C 這兩種鹼基對，那麼，在以上設置的條件下（45億年，地球表面10公里厚的混沌湯，每立方納米內每秒1億種排列）， 大概能形成一條由235個鹼基對組成的有意義的排列，因為 2 的 235 次方 = 5.5 乘以 10 的 70次方。

以上討論的還只是DNA的形成。那麼細胞呢？

在混沌湯中，由單個分子到一個DNA的過程，明顯是混亂度減小，熵減小的過程。也就是說，如果熱力學第二定律沒有錯，在地球上由各種分子產生一個生命的過程，必須有一個絕對大的負熵源。否則，分子只可能單向的走向更加混亂的狀態。

舉一個例子，書是有智慧的人寫成的。如果把一個印刷廠炸了，有多大可能在灰燼中變出一本書來？ 假設把一本字典用碎紙機絞碎了，拿個鼓風機吹起，落下，有多大可能這些碎片重新組成這本字典。 那麼在一堆分子組成的混沌湯中，有多大可能變出一個細胞呢？

也許，造物主，就是一個負熵源？

為什麼我們這個宇宙處於一個熵增的過程？目前物理界的解釋是，因為我們這個世界的初始條件是熵極小的大爆炸前的那個點，而這決定了這個世界從今往後要經歷一段非常長的熵增過程。（參考羅傑斯.彭羅斯的著作《the Road to the Reality》(現實之路）[2] ）

所以針對題主的疑問，答案應該是: 咱們身處的宇宙這是個複雜系統(關於複雜系統推薦你《複雜》這本書）

我們可以繪製一條「複雜性階梯」路徑來看待生命複雜系統不斷演化的過程 。

混沌→聚集→湧現→新陳代謝→進化→層級

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如果我們把大爆炸比作你一夜暴富，而熵增過程就是把錢花(交易)完的過程，那你會怎麼怎麼花這比鉅款？

一億個草履蟲和一億口人哪個消耗更多能量？

碎石形成星球，單細胞形成複雜細胞，簡單機構發展成複雜機構，鑽木取火到核電站，發現了嗎？簡單和複雜哪種系統熵增更高效？複雜系統不過是高效熵增的趁手工具。

那為什麼猛一看這個進化論違背了熱力學第二定律呢？我覺得是因為從簡單到複雜的演化系統，他們絕大部分不符合熱二定律的前提條件，即它必須是個封閉系統。

也就是說雖然宇宙整體是封閉的，但你觀察的這個層級是「開放」的 ，（我說的層級 你可以用宏觀和微觀的尺度概念來輔助理解）而開放就有可能會帶來秩序，所謂秩序就是用負熵對抗系統增加的熵，這是完完全全自組織自發的有序（耗散結構 貝納德對流實驗）。

封閉系統只出氣兒沒進氣兒，所以只能喫老本，不斷熵增。而開放系統是通過輸入和輸出，與外界環境發生物質能量信息交換的系統。那麼對於開放系統熵到底是增加還是減小？熱力學定律並沒有回答這個問題。但我們可以這樣理解：一個系統只要從外界吸收的「有序」能夠快於內部產生的「無序」，這時候整個系統就有可能（概率）演化的越來越有序。（小宇宙？）

從系統的角度來看，如果你停止進食呼吸，那麼你這個複雜系統相對於其內的單一系統是封閉的。你體內組織的每一次陳代謝都是在耗散，在熵增。人類，正是通過這種相互作用的耗散，來增加整個宇宙的熵。

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人喫飯，就能動，能工作，會思考，熵減。不喫飯，餓死，熵增

同理，生態系統，有能量來源（陽光或地熱等），就能發展，熵減。無能量來源（太陽熄滅等），滅亡，熵增

薛定諤的《生命是什麼》能解決你的疑問

首先肯定你的一個觀點，生命過程確實是一個熵減過程。但是整個系統的熵增和系統內局部的熵減並不矛盾。