EVA，一個神一般的動漫
前言：一直很想寫一篇關於EVA（新世紀福音戰士）的解讀和分析文章。一方面是因為對EVA發自內心的喜歡；另一方面也是因為EVA的故事背景過於宏大、深度嚇人，導致目前市面上能找到的幾乎所有攻略都是邏輯矛盾或殘缺的，導致很多人（包括我自己）看了很多很多遍，卻依然不敢說能講清楚EVA。只把EVA當做機甲戰鬥的中二動漫，會令人感到非常惋惜和遺憾。此文歷時2個月，蒐集查閱各種網路資料幾十萬字，整理出一份前後邏輯條理清晰的EVA故事架構，全文超過2萬字，完成後心裡頓時踏實了很多，致敬那些年的青蔥歲月，這裡分享給大家，歡迎關注、分享、討論。
《新世紀福音戰士》又稱EVA，也許你沒看過，但大概率你聽說過。2009年7月，由日本文化廳所舉辦的「日本傳媒藝術100選」中，《新世紀福音戰士》被票選為史上最經典動畫。如果你不熟悉劇情，至少應該看過綾波麗的笑：
或者碇源堂托腮：
無論如何，這是一部神作，是一部突然間將動漫的藝術水平提高了很多層次的神作。在之前，大家對於動漫的定位是比較低齡、簡單的，但從EVA開始，動漫開始涉獵心理學、意識流、心理分析、宗教、哲學等領域。
一、背景介紹
EVA由庵野秀明（庵野老痞子）執導，於 95-96年上映，其在電視上一經開播便掀起了日本動畫業的新高潮，成為了日本動畫史上「動畫三大浪潮」之一（《宇宙戰艦大和號》，《機動戰士高達》，《新世紀福音戰士》）。
庵野老痞子創造的是一個科技先進但是荒涼的世界，主角都不是那麼的正能量，表面上是酷炫的機甲戰鬥，但幾乎每一次都是在消極、孤獨的主角心上插刀子。
我在這個動漫裏獲得的成長是這樣的：小學每天盼望著放學，回家打開電視機看初號機暴走打怪獸；大學了，重刷電視版+劇場版，才慢慢體會到這不是傳統的機甲動漫，而是一個神學範疇內對於生命價值的思考；工作了再刷，每一個鮮活的人物貌似都出現在我的性格裡面，澱真嗣的消極、明日香的自大又自卑、綾波麗的內心空洞、碇源渡的狠與愛，美里的執著與偽裝……
二、EVA故事背景和設定
EVA目前有很多版本，建議你先看95年的電視版本，一共26集，然後再看老劇場版兩部：《死與新生》和《Air/真心為你》。雖然老版本後面有一些瑕疵，10集以後就能感覺到經費不足而導致動畫的製作有些過於偏意識流。但這個觀影順序是目前比較完整的已經成體系的EVA故事體系，有始有終。如果有條件的同學，還可以在看完TV+老劇場版後，再輔以看EVA漫畫，相信可以讓你更快更好地理解EVA世界。庵野老痞子2007年開始推出新劇場版，雖然製作精良，場面宏大（不用懷疑了，目前看就是為了多出點周邊多掙些錢o(╯□╰)o）。。。但是新劇場版的故事線和結局已經與原作偏離很大，這裡先不納入新劇場版的分析和討論。
EVA的動畫劇情包裝了一層希伯來聖經的故事背景，也就是猶太教的《舊約》。《舊約》後來被基督教吸納為《聖經》全書的前部分，而《聖經》後一部分稱為《新約》。
（1）使徒和人類是怎麼來的？
很久很久以前，上帝或者說第一始祖民族誕生，而後他們在名為「月」的載體中放入了生命的種子。不知經過了多久之後，從生命的種子中誕生並茁壯成長出了一株「生命之樹」。生命之樹逐漸成長，並最終在到達最頂點的時候，誕生了這一個生命輪迴中所有生命的祖先，亞當（Adam）和莉莉絲（Lilith）。他們是世界生命誕生的最開始，也是生命兩級中雄性和雌性的最終或者說最高形式。
而亞當和夏娃誕生後，生命之樹就枯萎了，最後只剩下一部分根須，而這些根須後面變成了朗基努斯之槍，朗基奴斯之槍也就是後來的「弒神之槍」。（朗基努斯之槍的名字來自於《聖經》，根據《聖經》的記載，一名叫做朗基努斯的人用槍刺傷了被綁在十字架上的耶穌），而在EVA世界中，朗基努斯之槍被認為是聖器，是後來舉行人類補完計劃的關鍵道具之一，也是在EVA世界裡最強的武器，比人類製造的N2炸彈、陽電子炮啥的厲害多了（畢竟人類製造的武器基本難以擊穿A.T.Field絕對領域）。這一個輪迴的生命之樹已經消失，但生命之樹中的「光和水」，即能量與傳輸物質，構成了人類的靈魂。
46億年前，亞當（被稱為第一使徒）位於白之月中，撞擊到遠古地球的南極。撞擊後，亞當蘇醒並逐漸繁衍出（亞當的繁衍類似於無性生殖）第三至第十六使徒，這些使徒分散到了地球的各處。使徒誕生的使命就是日後回歸到亞當，並與亞當相互融合，重啟生命之樹，進入下一個生命的輪迴。簡單來說，亞當和使徒纔是地球原本的主人。
40億年前，莉莉絲（被稱為是第二使徒）位於黑之月，撞擊到了遠古地球的日本區域。撞擊後，產生了大量隕石，而後這些隕石被地球的引力俘獲並逐漸形成了月球。莉莉絲和黑之月的撞擊，引起了遠古地球極大的氣候和生態變化，導致亞當和其他使徒進入休眠狀態。莉莉絲和黑之月這次撞擊被稱為第一次衝擊。這裡需要特別說明一點的是，在希伯來神話裏，莉莉絲是亞當的第一個妻子（而不是夏娃哦），但她不甘心屈服於亞當，後來背叛亞當並逃到了地中海區域，且和撒旦生下了惡魔之子lilin（即人類）。按這個設定，人類的存在是有原罪的。而後莉莉絲的體液（LCL）逐漸分泌出來，混合到了地球的海水裡，逐漸繁衍出了多樣的生命，並且人類（lilin）後面還繁衍出了屬於人類自己的文化和科技。
（2）使徒和人類有什麼區別？
簡單來說，使徒是亞當的後代，而人類是莉莉絲的後代。人類和使徒有以下幾點矛盾和衝突：
亞當和使徒先到地球，是地球原本的主人；莉莉絲和人類纔是後來者，但卻宣稱是地球的主人。 據傳說，生命之樹上還長著生命之果和智慧之果，使徒選擇的是生命之果（一共有17個），但人類選擇的是智慧之果。使徒選擇了生命之果，他們可以不用喫食物，能夠自我再生，擁有獨立完整的肉體和心之壁，但沒法繁殖後代（而且智力普遍較低），屬於使徒的生命輪迴路徑是蘇醒後想方設法回歸亞當，引發衝擊消滅世界上其他的生命，從而重啟生命之樹；而人類擁有智慧之果，心之壁（即A.T.Field力場）脆弱，不能像使徒一樣擁有完整統一的生命體，因而分裂成了無數心之壁脆弱的人類個體，但人類可以兩性繁殖後代，並且擁有高超的智慧並建立了高科技文明，人類對高科技的掌握甚至到了能夠媲美神的程度。但人類因為心之壁分裂的原因，導致人類之間互相有不可能消除的隔閡，導致人類社會總是矛盾和爭端不斷。 據聖經故事介紹，人類喫了智慧之果，上帝或者說神懼怕人類，因為人類如果再獲得了生命之果，那就將成為等同於神的存在，於是上帝將人類趕下了樂園，並且給地面上生活的人類降下很多災禍（使徒跟人類對抗的目的可能有這個原因）。
簡而言之，人類是「莉莉絲」的分身，而使徒則是「亞當」的分身。
（3）第一次衝擊（First Impact）
莉莉絲和黑之月撞擊地球引發了第一次衝擊。受第一次衝擊的影響：首先，亞當及使徒陷入了休眠；之後，莉莉絲釋放出體液（後來被人類稱為「LCL之液」）混入海水之中，慢慢繁衍出了萬物，包括第十八使徒人類（LIlin）。簡單來說，亞當和使徒纔是地球的真正主人，莉莉絲和人類是原本不應該誕生在這個星球上的，莉莉絲纔是人類生命的始祖（這個設定跟聖經中亞當和夏娃纔是人類始祖不太一樣）。第一次衝擊也可以被稱為人類的起源。
（4）死海文書：究竟講了什麼？
死海文書在EVA世界中是一個串聯劇情的關鍵道具，上面講述了亞當、莉莉絲生命的起源、輪迴，還講述了重啟生命之樹的一些條件，還有最重要的就是死海文書對於未來發生的事情有著明確的預言。死海文書的由來EVA裏沒有明說，但是一般有下面幾個說法：
死海文書來自於人類早期的賢者記錄的，這些賢者在第一次衝擊後不久誕生，他們還知道曾經發生過的事情，因此將這些事情記錄在了死海文書。 另一種說法是，死海文書是上帝或者神書寫的，然後隨著亞當降落到了地球上，按照這個說法，死海文書是「神的預言」。
上述兩個說法，我個人比較傾向於第一種，即死海文書為早期人類智者書寫。因為如果是神的預言，那豈不是難以逆轉？那後來碇源堂想要逆天的計劃豈不是就註定會失敗，這個太有宿命感了。
總之，死海文書裏記載著生命的誕生和輪迴。誕生後的人類，在地球上艱難的生存者，隨著時光飛馳，人類已經將足跡踏遍了地球的每個角落，並且憑藉智慧發展出了科技，依靠科技建立了高度發達的文明，而且人類常常以「地球的主人」自居。高科技雖然讓人類擁有了難以想像的生活，但因為「心之壁」的存在，使得人與人之間永遠都擁有隔閡，這個隔閡是無法被消除的，因此人類社會的總是爭端不斷，人們總是無法理解別人，孤寂感和爭端迫使人類尋找新的生存之道……
公元1947年，在約旦溪谷的洞窟中，一名牧童偶然發現了死海文書。死海文書的發現，對於20世紀的世界是個重磅炸彈，人類第一次知道了自己的起源和可能得歸宿。死海文書記載的內容令人類震驚，不但指出人類與使徒的起源，還指出將來某一時刻由Adam與Lilith所生的必將歸還本體（可以理解為新的輪迴，生命重啟），重新生長出生命之樹併產生新形態的生命體。
在「死海文書」中有這樣一段預言：「在2000年後的某一天，古代的賢者會與Lilith進行事先約定好的儀式，屆時所有的人類將會回歸虛無。」（這段的確是摘自猶太教的典籍），「古代賢人」所指的就是ADAM，而「約定好的儀式」所指的是處死儀式（也叫做贖罪儀式，來源於《聖經》中的耶穌贖罪儀式）。
死海文書的規定補完成「神」所需要的部件：
Adam的身體和魂，Lilith的身體和魂，朗基努斯之槍，能控制補完過程的個體意志，舉行處死儀式（或稱贖罪儀式）所需要的素材（後面出現的量產機）。（同時擁有生命果實與智慧果實）
死海文書中還預言智慧生物的人類最終會叛變Adam，篡奪補完的實際指揮權，改變其進程，因此將人類列為第18使徒——殺害第17使徒的使徒。
個體意志：未知，但按照死海文書的記載會在『約定之日』到來。
（5）整個故事背後的設定
設定1：生命會不斷輪迴，這是整個EVA背後的故事大背景。生命之樹誕生了亞當和莉莉絲，而他們後續又繁衍出了使徒和人類，但後續使徒的目的是不斷想辦法回到亞當，跟亞當融合，回歸生命的本質，重新誕生生命之樹。但傳說中是惡魔後代的人類，因為智慧和心之壁的原因，卻各懷鬼胎，並制定出了很多不同計劃應對死海文書的預言。
設定2：使徒和亞當結合或者分離會產生巨大能量，引發衝擊，這個能量是毀滅世界級的。
設定3：人類是莉莉絲與撒旦的後裔，所以人類的存在是有原罪的。使徒的目的是回歸亞當，一方面引發第三次衝擊毀滅罪惡的人類，同時與亞當融合後，成為新的生命形態，啟動下一次生命的輪迴。（撒旦的設定來源於莉莉絲的傳說，也有說法是人類獲得了智慧之果，上帝忌憚人類，因為人類如果再獲得了生命之果，那就將同時獲得了智慧之果和生命之果，等同於神的存在，於是人類被上帝趕下了伊甸園，而使徒跟人類也有著天然的對抗關係）
設定4：死海文書的預言，將來某一時刻由Adam與Lilith所生的必將歸還本體，生命之樹重啟，產生下一次輪迴。在這個預言時刻到來之前，使徒一定會蘇醒來與人類為敵，人類要順利完成回歸就必須在此之前消滅全部使徒。
簡單來說，就是生命終將輪迴，使徒想要回歸亞當引發第三次衝擊毀滅罪惡的人類，但人類因為智慧和心之壁的存在，具有獨立的意識，分化成了目的不同的羣體，有的想要回歸莉莉絲贖罪（Seele組織），有的想要自己成神（碇源堂），有的想要讓人類永遠存在下去（碇唯和剩餘大部分的普通人）。由於心之壁的存在，人類的心靈所想是互相不可知的，這個設定成為了故事交叉矛盾的關鍵。（這個設定多麼像三體）
二、EVA劇情故事線
1999年，人類正在為了新千年的到來而興奮，京都大學的教授冬月這一年與後面成為他學生的碇唯相識。不久之後，碇唯新交了個男友叫六分儀源堂，並把源堂介紹給了冬月認識。但源堂開始的目的並不單純，他實際上是為了接近碇唯背後的神祕組織Seele。
2000年9月13日，這一天發生了「第二次衝擊」。據聯合國報到，衝擊的原因是來自於一顆巨大的隕石以光速的百分十幾撞擊地球，引起了後續全球的大災難，人類經濟崩壞、民族爭端加劇、世界人口減少，一半的人類消失了。人類並沒有就此滅絕，復興的工作在廢墟上艱難的進行著。而「第二次衝擊」背後真正的原因真的是「隕石撞擊地球」嗎？
2001年，故事的男主角碇真嗣誕生，而且後續其他所有的EVA駕駛員也都在這一年誕生。
2002年，聯合國正式發表公告，稱「第二次衝擊」是大質量隕石撞擊南極大陸導致的。但第二次衝擊的真正原因卻無法被完全掩蓋，在專家圈裡流傳著一些保留下來的照片、視頻，在衝擊造成的光影中，有一個白色巨人般的影像。還有在南極附近的倖存者稱，在衝擊波浪的中心，有數對巨大衝天的翅膀。
2003年，聯合國完成了對南極的調查，根據調查結果設立了位於日本箱根的人工進化研究所。冬月首次探訪人工進化研究所，之後在碇源堂和碇唯的勸說下，加入了人工進化研究所（即NERV前身）。研究所表面上是進行生物學研究，但背後的真正勢力Seele卻暗中招募人員進行神祕的「人類補完計劃」。人工進化研究所（即NERV前身）建造於地下巨大的球形空洞，空洞下面有著神祕的巨人（神？）。也是這一年，E計劃開始了。
2004年，EVA建造已經進入了實驗階段，在EVA初號機的啟動實驗中，碇唯因為「事故」消失在了3歲的碇真嗣眼前。並且後續由赤木直子主導的拯救計劃失敗了。碇唯的事故以後沒多久，碇源堂決定轉移實行他自己的「人類補完計劃」。
2007年，葛城美里和加持良介分手。（美里是第二次衝擊南極考察隊裏唯一的倖存者）
2008年，赤木直子博士完成了超級電腦MAGI的基礎理論和建造。跟隨著母親赤木直子，赤木律子也加入了研究所。
2009年，葛城美里加入研究所，而後成為了EVA的戰鬥指揮員。
2010年，NERV的中樞電腦MAGI完成的當日，設計者赤木直子受到了第一個綾波麗的刺激，而後竟然徒手掐死了她，直子隨後跳樓自殺。人工進化研究所經過改編，成為了新的祕密組織NERV。
2012年，在參拜母親的陵墓時，真嗣在其父的面前逃離出走。自此以後一直到2015年真嗣都未曾和源堂見過一面。
2014年，第二個綾波麗轉學進入第3新東京市地壹中學校內（這個學校是個神祕的組織）。
2015年，約定的時刻到來了，第三使徒襲來，碇真嗣也在碇源堂的召喚下，來到了第三東京市。從第二次衝擊後，已經過了15年，人類社會依靠科技總算慢慢恢復繁榮。EVA已有3臺可以實際使用了，而後也發現了三位14歲的少男少女可以擔任EVA的駕駛員，人們不得不把未來的希望寄望在他們身上。面對重現的使徒們，肩上背負著人類存亡如此重大命運的少年們的戰爭現在開始了。
三位14歲的少男少女不斷打敗使徒後，終於迎來了最終的審判。
三、EVA真實故事線及各方勢力的目的
上一節的劇情故事線是動漫裏的故事線，但是你剛開始看，可能並不一定能看得很明白，接下來我以真實故事線及各方勢力的目的來描述下整個故事：
遠古，亞當位於白之月中撞擊到遠古地球的南極。撞擊後，亞當開始繁衍，生出了第三至第十六使徒，這些使徒分散在地球的各處。亞當和使徒纔是地球原本的主人，屬於亞當和使徒的生命的輪迴方式是使徒誕生後會想方設法回歸亞當，引發衝擊，重啟生命。
『白之月』——生命果實——在漫長的歲月中繁衍成數量極少的個體使徒（LCL＋S2機關＋AT力場），個體無法複製，無法藉助同類分辨自我，形態千奇百怪，並且智力往往不高。其中第17使徒（渚薰）具有亞當的魂，是一個身份特殊的使徒（LCL＋S2機關 + 亞當的魂＋AT力場）。
莉莉絲位於黑之月中撞擊到了遠古地球的日本區域。撞擊後，產生大量隕石，它們被地球引力俘獲並最終形成了月球。後來人們在黑之月的所在地建立了第三新東京市，成為了對抗使徒的要塞都市。
『黑之月』——智慧果實——由Lilith分泌出的LCL之液混入海水，繁衍出地球上無數的智慧生命Lilin（LCL＋Lilith分散的魂＋AT力場），這些生命藉助其母親和彼此來確認自己的形體，即將AT力場具體化，即人類的由來。
莉莉絲和黑之月撞擊地球，引起了第一次衝擊，之後人類誕生。受第一次衝擊影響，亞當及其他使徒陷入了漫長的休眠狀態。有一些人類智者將曾經發生過的事情，作為傳說寫進了死海文書。
轉眼到了1947年，人類在死海偶然發現了死海文書和朗基努斯之槍，其後對死海文書內容的破譯令世界震驚。裡面不但記載了人類與使徒的起源，還指出將來某一時刻由Adam與Lilith所生的必將歸還本體（可以理解為新的輪迴，重啟），重新生長出生命之樹併產生新形態的生命體。而Adam與Lilith所生歸還本體時，會引發第三次衝擊消滅世界上現存的生命。
死海文書的發現和解讀，讓人類瞭解到了自己生命的起源和未來將要發生的事情。聯合國（UN）決定封鎖了死海文書傳遞的信息，一方面他們反對使徒回歸亞當引發第三次衝擊毀滅人類，希望按照人類自己的意志生存下去；另一方面，聯合國甚至想進一步得到Adam、Lilith的科技奧祕（S2的動力，AT力場的作用），即同時擁有生命之果和智慧之果（真是有點貪心和僭越的，妄圖踏足神的領域）。於是聯合國（UN）對死海文書中預言的事情進行調查，很快在南極和日本發現了兩個巨大的空洞，裡面分別沉睡著亞當（Adam）和莉莉絲（Lilith）。不管這是「巨人」、「外星人」、還是「神」，他們的發現被列為絕對機密。聯合國很快安排出了後續的計劃，主要分為了兩條主線——南極考察隊和人工生物進化研究所。
死海文書的發現和解讀，讓人類中一部分人「覺醒」了，他們成立了迷之宗教組織Seele（在德語中是「靈魂」之意）。Seele組織認為現在的人類存在是罪惡的，人類的心靈不應該是分佈在一個個弱小的個體裏，而應該回歸到莉莉絲成為一個完整的心靈、一個完整的生命體。人類目前的形態存在是不完整的，需要想辦法回歸到一個無分彼此的完整靈魂，所有人合而為一，成為單一生命體。完成了這個回歸的過程後，人類將洗凈身上的罪惡，成功的向上帝贖罪。
於是Seele以此制定了神祕的「人類補完計劃」：人類（無論是肉體還是心靈）都是由脆弱的物質構成的，非常容易受到傷害，而在人與人之間，心靈的世界是彼此隔絕的，要使人類向更高的領域進化，就必須使人的心靈擺脫軀體的束縛，重新回到人類的誕生之地「莉莉絲之卵」中。唯有如此，才能最終拆除人與人之間的心靈屏障，使不同的心靈世界能夠相互補充，走向進化的終點——引領人類回歸原始。
Seele後面操控聯合國，成立了GEHIRN人工生物進化研究所（NERV的前身），同時在全世界招收相關的研究人員，其中有一名是在日本京都大學從事生物學研究工作的女學生碇唯，在1999年她所寫的形而上生物學（簡單來說就是理論生物學，主要研究人造人理論，按照這個生物學理論，只要有光和水，就能夠合成人類的肉體，後面發展起來甚至能夠注入&控制靈魂）研究報告引起了生物學教授冬月的注意。同時碇唯還被一個叫做六分儀源堂的年輕人盯上了，他用了幾個月追到了碇唯，並很快藉由碇唯的推薦認識了冬月教授，並且加入了Seele組織成為了第十三名成員（十三名成員暗示源堂是背叛上帝的猶大）。很快六分儀源堂和碇唯結婚，並且改姓成為碇源堂。
根據死海文書的預言，在2000年後的某天，使徒們會從休眠中逐漸醒來，他們會想盡辦法回歸到亞當，而使徒與亞當的接觸會引發毀滅人類的「第三次衝擊」。聯合國UN的目的是保存人類的文明，並且永遠地在地球生活下去。Seele的「人類補完計劃」的目的是人類自己回歸莉莉絲，成為一個擁有完整靈魂的生命體，而不是被使徒引發的第三次衝擊團滅。因此在約定的人類補完計劃時間到來之前，需要消滅所有的使徒。
2000年聯合國（UN）在南極發現了白之月，裡面有沉睡中的亞當。聯合國向南極派遣了葛城考察隊，想要研究亞當。南極考察隊的負責人葛城博士有著他對抗使徒的計劃，他提出了Super Solenoid的理論（S2理論），用朗基努斯之槍將亞當和使徒融合後的能量能夠緩慢的釋放出來，甚至能將亞當還原成胚胎狀態，這樣的亞當對於人類就沒有威脅了。因此在試驗過程中需要用到朗基努斯之槍，於是朗基努斯之槍被運送到了南極。
而幕後黑手Seele派遣了碇源堂加入了南極考察隊，他在暗中收集S2資料以求在以後掌握補完計劃的主導權，他在衝擊前一日離開南極。南極實驗中，情況突然失去了控制，導致亞當（Adam）蘇醒並釋放出力量，張開翅膀，釋放反AT力場，引起南極地區大爆炸，海平面上升，地軸偏轉，大部分地區季節發生變化，後來這次浩劫被稱作第二次衝擊。
引發第二次衝擊的原因實際為人體接觸實驗——將人類的基因注入亞當。亞當以「光之巨人」的形態暴走，引發了世界級的災難。
Seele從死海文書中知道第二次衝擊喚醒的不光是亞當，實際上所有使徒都已蘇醒，只是它們還需要時間來積蓄能量，人類補完計劃正式啟動。
葛城博士的女兒葛城美里，在千鈞一髮之際被其父親犧牲自己救下，成為了第二次衝擊後的南極考察隊唯一生還者。美里眼看著父親在第二次衝擊中死去，在海上漂泊了一段時間後，美里被南極打撈隊所救，回到日本。其後因為第二次衝擊產生心裡隱隱，美里患上了失語症，整整三年間沒有說過一句話。
隨後突然重新開口的美里變成了一個十分聒噪的人，彷彿是想把三年間沒說的全部說回來。進入大學後，美里交了個很有魅力的男朋友——加持良治。後來因為察覺到自己對父親愛恨交加的感情，認為自己不能過正常人生活的美里與大學時代的情侶加持良治分手，帶著為父報仇的情緒加入了NERV。加持良治後來加入了Seele，成為了一個神祕的角色（雙面間諜）。
2001年，第二次衝擊之後的一年，男主角碇真嗣出生，並且所有EVA的駕駛員都在這一年出生。
2002年，碇源堂和冬月（碇唯的大學老師，實際上對碇唯有著「發乎情止乎禮」的感情）為了調查第二次浩劫的起因前往南極。
2003年，聯合國和Seele完成了對南極的調查，根據真實調查結果設立了位於箱根的GEHIRN人工進化研究所（即NERV前身）。冬月首次探訪人工進化研究所，在碇唯和碇源堂的勸說下，加入了研究所，協助碇源堂和碇唯進行計劃（但實際上他們兩夫妻的計劃並不相同）。在人工進化研究所的地下有個巨大的球形巨大空洞，是黑之月的所在地，NERV本部就利用這個空洞而建造。
聯合國（UN）的計劃是人類已經在地球上生活了很久，擁有了難以想像的高科技，並發展了屬於自己的文明。所以應當竭盡全力阻止使徒接觸亞當，阻止第三次衝擊毀滅人類。同時提一嘴，聯合國並不知道Seele暗中執行的人類補完計劃，聯合國也不會同意人類回歸莉莉絲，總之，聯合國就想維持在第二次衝擊發生前的人類社會。
但神祕的Seele卻暗中開始執行神祕的三大計劃，人類補完計劃、Adam計劃和E計劃。
人類補完計劃：這個計劃是整個故事的最終計劃，為了拆除人與人之間的心靈屏障，使人的心靈擺脫軀體的束縛，讓不同的心靈世界能夠相互補充，走向進化的終點——成為永生的「神」（回到人類的誕生之地「莉莉絲之卵」中）。
亞當計劃：明面上是復原原始形態的亞當的計劃，並依照亞當製造EVA同使徒戰鬥。但實際上Seele的贖罪儀式也需要使用亞當（渚燻），並且碇源堂為了他自己的計劃，也需要使用亞當（被移植到他手上的亞當）。
E計劃：為了消滅使徒並進行贖罪儀式（或稱處死儀式），按照計劃需要至少12臺EVA。在當亞當計劃開始之前是使用莉莉絲來製造EVA，但是在亞當再生計劃開始後，二號機以後的EVA都是從亞當製造而來。（唯一複製自莉莉絲的EVA是初號機）
這裡還要說明一下使徒的計劃，使徒的目的是回歸亞當引發第三次衝擊毀滅罪惡的人類，因為他們是亞當的後代是地球原本的主人。使徒可以看作擁有亞當的靈魂，使徒並不在乎人類補完計劃，他們只想團滅罪惡的人類。
簡單來說，使徒的計劃是回歸亞當引發第三次衝擊毀滅全人類；聯合國（UN）的計劃是阻止第三次衝擊毀滅全人類，所以需要消滅所有使徒；Seele的最終目的是完成人類補完計劃，所有人類回歸一個主體，但不希望使徒團滅人類，那樣人類只是滅亡，而沒有得到心靈的補完；而E計劃和亞當計劃都是為了人類補完計劃做的鋪墊，並且對抗使徒的計劃。一方面是需要創造出EVA和使徒戰鬥，避免使徒和亞當接觸發生第三次衝擊團滅人類；另一方面也需要為了執行人類補完計劃的贖罪儀式而積累素材。
UN、Seele雖然最終計劃不一樣，但是在實行計劃的過程中，有他們的共同點：人工製造EVA，用於對抗使徒。從此，人工進化研究所GEHIRN開始逐漸向聯合國執行機關Gehirun過渡（Seele成員擁有難以想像的權利和能力，可以操縱聯合國決議），Gehirun又分為七個分部，分別在日本，美國，德國，中國，俄羅斯，澳大利亞，法國。其中重點建設的分部是日本、美國、德國，EVA的製造在各大分部逐漸啟動。
為了不同目的而加入人工進化研究所GEHIRN（後變為NERV組織）的人類，卻恰恰因為人人都隔閡的心之壁，使計劃在看似很有條不紊，卻矛盾四起地前進中。
野心家碇源堂最開始的目的很可能是自己成為神，和碇唯交往只是為了接近她背後神祕的Seele組織。所以，他雖然表面上受Seele的指示在指揮NERV，但是在暗中他有著自己的成神計劃。但後面卻因為碇唯有著她自己的計劃，故意導致EVA初號機實驗發生事故，碇源堂發現自己其實是深愛著碇唯的，因此他也修改了自己的計劃。
碇唯作為人類補完計劃與E計劃的主要實施者之一，暗中計劃反叛Seele，她看清了Seele，也看清了碇源堂，她贊成Seele和UN的表面目的——防止第三次衝擊，但絕不贊成人類補完計劃。碇唯的真正目的是一方面創造EVA消滅所有使徒避免使徒與亞當接觸引發第三次衝擊；另一方面，藉機控制人類補完計劃的關鍵素材初號機，從而在關鍵時候能夠保護真嗣（或者說全人類），讓人類能夠「永生」，延續人類自己的文明，按照人類目前自己的意志在宇宙中生存下去。
2003年，EVA的素體開始進入試驗階段，女主之一明日香的母親惣流·恭子·齊柏林（Kyoko Zeppelin Soryu）是NERV德國分部的科學家。當明日香4歲時，參加了貳號機的同步實驗，實驗中發生事故，雖然她從這次實驗存活下來，但是卻被精神污染，發瘋了（從此把洋娃娃當做是明日香，可想而知明日香心理陰影面積）。
2004年，碇唯的機會來了。她利用初號機融合實驗的機會，主動使自己的靈魂和身體完全融合進了這部補完計劃的重要工具中，希望在以後的關鍵時候阻止人類補完計劃和取得S2機關。從此，碇唯成為了能夠掌握人類補完計划走向的關鍵隱性人物，她的目的很單純，就是希望能夠保護碇真嗣，讓真嗣和其他的普通人能夠平靜、安穩地生活下去。
碇唯曾跟她的老師冬月說起過她的計劃。冬月曾想辦法阻止過她，認為她沒必要這麼做。但碇唯懷著堅定的信念仍然堅持執行自己的計劃。在實驗當天，碇唯甚至還帶著真嗣來到現場，希望讓他看到「人類光明的未來」。
冬月從始至終都是唯一一個瞭解碇唯計劃的人（碇唯是以自己的意志留在EVA裏的），他甚至到最後都沒有把當年事故的真相告訴碇源堂。原因是因為冬月對於碇唯其實是有一種發乎情止乎禮的感情的（簡單說就是冬月暗戀碇唯）。冬月加入NERV，表面是協助碇源堂，但他加入的更大原因是為了幫助碇唯實現她的計劃。
同為人工進化研究所GEHIRN（後變為NERV組織）科學家的赤木直子，因為暗戀著碇源堂，一直在協助碇源堂做事。她並不知道碇唯的祕密計劃，全力營救碇唯，但是碇唯拒絕回來，營救行動失敗。
3歲的碇真嗣，親眼看見母親在實驗中失去了物質形態。年幼的真嗣在對於世界都還沒有什麼理解力的時候，死亡？母愛？人類滅絕？，他的生活就此改變。碇源堂對碇真嗣也沒啥父親的情感，很快就將他寄養在親戚家。因此從小碇真嗣就覺得「我是一個不被需要的人」。
碇源堂非但對碇真嗣沒啥父子感情，甚至在內心深處是嫉妒真嗣的，因為覺得真嗣搶走了碇唯的愛，對於老碇來說，碇唯的愛他是一定要獨佔的，不希望分享。
碇源堂對碇唯此舉深感震驚，但他很快開始因勢利導實行自己的一套人類補完計劃，失去碇唯時才知道自己深愛著碇唯（人啊，總是在失去時才知道珍惜），所以碇源堂將計劃調整成了自己成為神，和碇唯再相會。
碇源堂向Seele報告同步試驗的結果，建議用人造人代替駕駛者，同時推薦冬月參與人造人計劃，並以堅決執行人類補完計劃作為保證，以圖換取製造人造人的關鍵資源和對後來NERV組織的管理權。
而現實是Seele對於聯合國或者其他組織並不放心，他們確實很需要一個能在人工進化研究所GEHIRN（後變為NERV組織）忠實執行他們人類補完計劃的僕人。碇源堂是目前看起來最合適的人選，因此同意了碇源堂的提議，附註兩條：一是人造人屬絕對機密，只有擁有進入Terminal Dogma許可權的人才能知道（葛城美里沒有這個許可權）；二是人造人試驗僅限於日本本部內。
一星期以後，碇源堂回到人工進化研究所GEHIRN，此時他已經決定實行他自己的計劃（表面上是幫助Seele完成人類補完計劃）。碇源堂對冬月表明，要進行人成神的人類補完計劃，但不是按照原來的劇本。新劇本為，融合亞當的胚胎，再和與莉莉絲本體融合，以達成「亞當與莉莉絲的禁斷融合」這一衝擊引發的條件，通過人造人（後來的綾波麗）來實施這個的計劃。然後碇源堂自己成為引導補完的人，成為神一般的存在以創造一個符合他理想的世界來「和碇唯重逢」。
此後，通過各方面的努力，碇源堂成為E計劃（UN的抵抗使徒的EVA計劃）和A計劃（Seele實現補完的Adam計劃）的第一負責人，冬月成為第二負責人。碇源堂未來變成了權傾一時的Nerv總司令，積極在準備實現他自己的計劃。
這裡得說明一下人類補完計劃的條件，「亞當與莉莉絲的禁斷融合」，但由於人類後面掌握了人造人和S2機關的技術，導致亞當和莉莉絲都是可複製的，因此人類補完計劃也在不同目的的人類手裡，有不同的方式。
人工進化研究所GEHIRN（後變為NERV組織）之後開始人造人實驗和MAGI超級電腦的設計。
2005年，人造人實驗初有成效，澱源堂在冬月的協助下，複製碇唯的DNA創造人造人的容器，然後準備加入其它受控制的靈魂（莉莉絲的靈魂）。
2005年，葛城美里和赤木律子（赤木直子的女兒）在長野縣第2新東京市的第2東京大學內相識，之後加持和美里相識。沒多久，加持和美里開始同居。
2007年，美里和加持分手。因為美里對於第二次衝擊中留下的陰影始終無法釋懷，她雖然表面不理解父親，甚至可以說恨著父親，但是父親最後犧牲自己救了美里，讓美里才意識到她對父親是有著很深的愛的。她跟加持在一起是因為加持身上有她父親的影子，美里覺得這樣的心態對加持是不公平的，因此藉口「喜歡上了別人」而主動提出跟加持分手了。
2008年 赤木直子博士完成了MAGI的基礎理論。跟隨著母親，赤木律子也加入了研究所，成為主要執行人。MAGI相當於NERV的大腦，由三大系統組成：MELCHIOR-1，BALTHASAR-2，CASPER-3，分別植入了赤木博士身為科學家、母親與女人的人格。
2008年，明日香正想將自己獲選為EVA駕駛員的好消息告訴母親時，卻發現母親已上吊自殺。
2009年，葛城美里懷著對使徒復仇的心態，加入NERV研究所，成為了一線指揮EVA對抗使徒的指揮官。
2010年，NERV的中樞電腦MAGI最終完成，當日開發者赤木直子在研究所看到了第一個人造人——1號綾波麗。人造人計劃也已成功，以人類的肉體（碇唯的DNA複製的）+莉莉絲的靈魂，複製出了第一個綾波麗。碇源堂以「親戚家的孩子」為藉口，把她帶在身邊，主要目的是培養感情，有朝一日可以控制莉莉絲的靈魂，完成自己的「成神」偉業。
然而1號綾波麗並沒有活太久，在MAGI系統完成之際，故意安排她用語言刺激赤木直子，導致對方情緒失控將其掐死，隨後赤木直子自殺。赤木直子已經失去了利用價值，因此碇源堂選擇直接丟棄。可憐的赤木直子，暗戀碇源堂卻被利用，最終被人無情的拋棄，更可憐的是她的女兒赤木律子後面也步了她的後塵。
依據人造人理論創造出來的綾波麗，還是有很多的缺陷的，主要是在靈魂方面。首先，她無法自己成長，必須藉助特殊的培養槽，來促使她的「身體」成長。其次，因為人造人的肉體並不穩定，為了避免突發事件導致人造人綾波麗死了，而重新培養一個有意識的綾波麗很費勁，因此作為人造人的綾波麗記憶也需要定期備份，以便萬一肉體毀滅了，還可以換個肉體移植記憶。所以動畫中麗要定期回製造她的中央教條補充「營養」和備份記憶。
然後，為了使綾波麗體內那個不完整的莉莉絲靈魂控制AT力場使得她的身體是完整的，碇源堂、冬月和綾波麗自己都付出了很多的努力。為了使綾波麗的外行不至於「變形」、「損壞」或者「死亡」，冬月和碇源堂還為麗做了很多的「備份」，這些備份沒有靈魂，它們被備份在培養液裏，用製造凌波的心電圖形維持其AT力場的形態。（作為莉莉絲靈魂的容器，綾波麗每次死亡之後可以將靈魂完全轉換到一具新的克隆人容器身上，但記憶如果事先沒有備份則無法完全保留。）
2010年，人工進化研究所GEHIRN經過改編，NERV正式成立，EVA世界進入新的時期。
2012年，在參拜母親的陵墓時，真嗣在其父的面前逃離出走。自此以後一直到2015年真嗣都未曾和碇源堂見過一面，父子感情是破裂的。
2014年，第二個綾波麗轉學進入第三新東京市地壹中學校內（EVA駕駛員的尋找由神祕的馬爾卡機關專門負責，並且將找到的EVA駕駛員都轉到了這個學校的同一個班裡）。
2015年，從第二衝擊後，後經過了15年，人類依靠科技重新繁榮起來。EVA已有3臺可以實際使用了，而後也發現了三位14歲的少男少女可以擔任EVA的駕駛員，人們不得不把未來的希望寄望在他們身上。面對重現的使徒們，肩上背負著人類存亡如此重大命運的少年們的戰爭現在開始了。
2015年6月14日下午12時30分，第三使徒出現，向人類的要塞都市——第三新東京市襲來，關東濱海區全戒嚴，戰略自衛隊機甲部隊及N2雷（即No Nuclear無核武器，但威力不亞於核彈）攻擊均宣告無效。人類補完計劃正式開始，碇真嗣正在趕來NERV的路上。
碇真嗣被碇源堂叫來NERV的表面目的是為了駕駛EVA初號機消滅使徒。這裡需要說明下，A計劃和E計劃製造的EVA，它們是沒有靈魂（初號機除外，初號機融入有碇唯的靈魂；二號機有部分明日香母親的靈魂，但其中的靈魂都沒有覺醒，因此還是需要特定的插入栓纔能夠啟動EVA），所以需要適格者通過插入栓連接EVA，纔能夠駕駛EVA與使徒作戰。
碇源堂想讓完全沒有意願並且對他有些敵視的兒子碇真嗣成為EVA初號機駕駛員。真嗣開始當然是拒絕的，這時發生了兩件事，一件是第三使徒在地面的戰鬥引起地震，天花板掉下很多建築材料，眼看真嗣還沒出場就要掛了，此時EVA初號機在沒有插入栓的情況下竟然出手保護了真嗣。
另一件事，碇源堂在勸說無效的情況下決定派遣因駕駛零號機出事故導致重傷未愈的凌波麗駕駛初號機迎敵（碇司令一向是不擇手段）。
在看到凌波麗受到嚴重的痛苦折磨之後，碇真嗣對於價值底線的堅守戰勝了自己的性格，他決定人生第一次嘗試超出自己掌控能力的事情，於是他坐到了EVA初號機的駕駛室裏，獨自面對強大的未知之敵——第三使徒水天使。
開始當然是被錘爆的啦，第三使徒的攻擊方式是由掌中發出光之槍攻擊對手，並且可從眼狀部位發射破壞光線。但是初號機為了保護真嗣的自身首次暴走，之後一發入魂三下五除二錘爆了第三使徒。
而後真嗣正式成為了EVA的駕駛員，進行著EVA的操作訓練。同時他也轉學到了第三新東京市的學校就讀，並認識了同班同學鈴原東治和相田劍介。
第四使徒晝天使來襲，真嗣將從避難所裏偷偷出來觀戰的東治與劍介救入插入栓。
第四使徒長得很像皮皮蝦，它的主要攻擊手段是兩條有如鞭子的高熱觸手，能切割並溶解與其接觸的物質。真嗣無視美里的撤退命令，用高振動粒子刀殺死了使徒。第四使徒也許是所有使徒裏戰鬥力最差的。
第五使徒襲來，巨大八面體藍色使徒，具備強力的絕對領域和粒子炮，是攻守兼備的空中要塞。本體的下方還會伸出光子鑽頭，打算攻擊地下都市。它以絕對領域來防禦一切物理攻擊，並立即使用粒子炮進行反擊。
剛出擊的初號機就遭到了高熱加粒子炮的攻擊，險些受到致命的打擊。後被葛城美里制訂的「八島作戰計劃」，由初號機使用陽電子炮狙擊，零號機防禦，射穿了使徒身體，消滅了使徒。
凌波麗駕駛零號機執行防禦任務保護真嗣駕駛的初號機進行狙擊，第一發狙擊miss，等待第二發陽電子炮的過程中，零號機差點被第五使徒打蒸發了。擊敗第五使徒後，真嗣將凌波麗從融壞的零號機裏救出後，真嗣哭著說「以後不要再隨便說永別了（日語裏再見有永別的意思）」，凌波麗說：「對不起，這種時刻，我不知道該用怎樣的表情面對你。」，而真嗣的臺詞是「我認為微笑就可以了」，然後，動漫史上最有名的微笑出現了。
由於EVA對付使徒的昂貴的維修費，而且常常造成重大的」災害」，為此民間團體也推出了迎擊使徒專用無人駕駛機器人JA。美里與律子也收到了邀請參加JA的發布會。律子對JA的設計及性能提出了質疑，但是反被嘲笑EVA的功能不佳。但試運轉中，JA突然陷入了不能操作的狀態，美里單身冒著JA爐心熔解的危險，進入JA內部關閉系統，但JA操作系統的的密碼，已被人修改。幸而在初號機的配合下，終於推出了JA的控制棒才倖免於難。這場看似意外的事件，美里心裡卻很明白，JA的暴走及被刪改的程序，都是NERV所為。
赤木律子之所以會放心的讓葛城美里去阻止JA，是因為她確信JA會在爆炸前恢復正常，因為結尾她說：「除了葛城一尉的行動外，一切都照劇本進行。」也就是說，沒有葛城去阻止的話，JA一樣會停止。葛城自己也說：「奇蹟是早就安排好的」。可見赤木律子也是一直在為碇源堂傾盡心力地執行計劃。
從德國的NERV第三支部，送來了EVA二號機。在負責護送任務的太平洋艦隊上，美里與真嗣一行初次面對第二適格者明日香，此外美里以往的戀人加持良治也同乘返回日本。
途中，艦隊遭到水中的第六使徒魚天使（擁有魚的外型，適於水中作戰）的攻擊。明日香將真嗣拉入二號機駕駛艙後一同出擊，但裝配著無法進行水下攻擊的B型裝甲的二號機，很快就被使徒吞入口中。美里提出零距離射擊計劃，眾人擺脫困境並將使徒殲滅。
魚天使有個特殊之處，是原TV中唯二沒有攻擊日本NERV本部的使徒（另一個是第八使徒胎天使，它是還沒來得及長大就先被NERV發現了）。至於魚天使為啥會攻擊負責護送二號機到日本NERV本部的太平洋艦隊呢？是因為魚天使感知到了被加持良治祕密護送的亞當胚胎。亞當在第二次衝擊後被人類還原到了胚胎狀態，並封存在了樹脂裏。此次由加持偷偷將亞當胚胎帶給碇源堂。
亞當胚胎對於碇源堂意義非凡，是他進行自己成神的人類補完計劃的關鍵素材之一。後續他將亞當胚胎移植到了他的右手，平時帶著手套偽裝。而加持良治的定位則是雙面間諜，一方面他為碇司令工作，此次為碇司令帶來亞當胚胎十分關鍵；另一方面他又好奇Seele的人類補完計劃，並且暗暗也發現碇司令在進行著另一個神祕的計劃，他也很好奇、很想了解碇司令真正的計劃是什麼，因此加持也在為Seele進行情報打探工作。加持是個十分複雜的雙面間諜。
明日香亦轉入了真嗣和綾波麗所在的班（三大主角都在同一個班），成為了校園裡最受歡迎的人物。
在紀伊半島海灣出現了持有分離合體功能的第七使徒音樂天使，配合不協調的明日香與真嗣，立即遭到戲劇般的攻擊。經分析，只有同時擊中分離的兩個使徒核心才能消滅第七使徒。
於是，美里將明日香也領回家來與真嗣同住（哈哈快樂的同居），並進行協調統一的特訓。
數日後在戰場上，需要在62秒的音樂結束之前擊潰使徒，兩人配合完璧的「舞蹈」堅持至最後數秒時崩潰，但使徒已被消滅。從此美里、真嗣、明日香和企鵝PENPEN同住一個屋檐下。
在淺見火山熔岩中發現了第八使徒胎天使的幼體。由明日香來執行首次使徒捕獲作戰。二號機裝備了耐熱耐壓的D型裝備後潛入熔岩一千米以下成功地捕捉了使徒的幼體，但在上升過程中，幼體開始急速孵化成成體，狀如古代的生物硬骨魚，可在高溫高壓的熔岩裏進行高速移動，是環境適應能力驚人的生物。作戰計劃不得不由捕捉更改為殲滅。在熔岩中苦戰的明日香受到真嗣提出有關「熱膨脹」原理的問題的啟發，利用冷卻液成功地消滅了使徒。
在一次實驗中，NERV本部的電力供應忽然中斷（大概率是加持良治人為破壞，他為了刺探NERV內部信息），僅有的後備電力被用於維持MAGI系統。正當NERV處於一片混亂時，第九使徒雨天使由海岸登陸。第九使徒為巨大的蜘蛛狀生命體，探查到NERV本部的位置，並以強酸進行攻擊，溶解了第3新東京市的裝甲閘門，計劃入侵地下都市。第三新東京市內的真嗣、綾波麗與明日香，聽到警報後，努力尋找可到NERV的通道。同時，碇源堂他們用自己的手為EVA的啟動作好了準備。三機發射後，聯合作戰成功地擊毀了使徒。
在衛星軌道上出現了迄今為之最大的一個使徒第十使徒空天使，軀體成對稱的幾何形，而且它本身即是一顆威力巨大的炸彈。可以將部分身體從大氣層中降下，加速以絕對領域攻擊。它的本體，在探測到NERV的位置後照準加速墜落下來。
在碇源堂不在的情況下，美里制訂了用EVA三機共同利用AT力場抵擋的計劃並取得成功。為此，碇源堂從南極發回了賀電，表揚了真嗣，真嗣也因此找到了「乘坐EVA戰鬥的理由」——被父親認可。
NERV本部在進行模擬體測試實驗時，蛋白壁上發現異常，經MAGI判明為細菌規格的第十一使徒恐怖天使。該使徒能夠急速分裂、增殖、進化，控制模擬體後開始侵蝕MAGI系統，並想引導NERV自爆。
對此，律子進入MAGI尚未被侵蝕的CASPER3，依靠她母親的殘存記憶為使徒寫入了進化促進程序（自滅，因為進化的終點是死亡），之後使徒被殲滅，即「進化的終點就是死亡」。
人類補完委員會召開了特別會議，對NERV的成績作總結。對於使徒侵入一事，碇源堂予以否認。否認的原因是不希望聯合國或者Seele派遣人員進入NERV探查。與此同時，機體互換實驗正在進行中。綾波麗可順利乘坐初號機，但真嗣卻受到了來自零號機的精神污染。又一次陷入暴走狀態的零號機，拚命地攻擊觀察室的窗戶。這樣的情形，在美里的心裡引起了不少的疑問，但律子卻對於暴走的原因予以保留。近結尾時，零號機持著隆基努斯之槍走向莉莉斯，這裡劇情裏沒有明說，但可以猜測是Seele對NERV開始懷疑，為了防止碇源堂搞鬼，因此要求NERV將朗基努斯之槍定在莉莉絲身體上，且不允許隨便動用朗槍。
在京都的廢屋裡與一個奇怪的女性交談後，加持良治依舊執行他對NERV的偵探工作。第二日，真嗣與源堂一起來到唯的墓前，明日香則去應付約會。晚上，美里、律子與加持一同參加了友人的結婚宴會，在回來的途中，美里向加持吐露了自己的心聲。其實美里應該還是愛著加持的，但是愛他的原因是因為加持像美里死去的父親，這個想法讓美里覺得對加持很不公平，所以八年前才會單方面提出跟加持分手。而後美裡帶著對使徒復仇的心態加入了NERV。
也在今晚，因為無聊或者其他神祕原因，明日香邀請真嗣試試接吻，然後真嗣在被「挑逗」下，「勇敢」地接受了這個邀約（笑O(∩_∩)O哈哈~）。然後他們就嘗試了一個很長很長很長的吻，差點把真嗣憋死。然後明日香罵了句「八嘎真嗣」，就走了。
翌日，在進行間諜工作的加持被美里發覺，然後一言不合就把手槍抵到加持後腦勺有木有？難道忘記了昨晚咱們還啵啵了？美里毫不猶豫的揭示了加持雙重間諜的身份，一面是NERV特殊監察部所屬工作人員；另一面是日本政府調查部所屬工作人員（可以認為是Seele控制了政府，也就是加持也為Seele工作）。
於是，加持將她帶到了被NERV隱藏的莉莉絲面前。加持向美里揭示了EVA的真相，就是複製自中央教條區的白色巨人。然而加持將這個巨人稱為「亞當」，可見即便到了目前這個階段，連加持都是被碇源堂忽悠的，明明亞當已經被加持自己帶給了碇司令呢。我對碇司令執行計劃的保密能力真的是服氣的。
第十二使徒夜天使來襲，這是一個球體狀使徒，外表遍佈黑白色條紋，但這個浮游在半空的物體，卻不是使徒的本體，球體下地面上巨大可吞噬物質的黑影纔是它的本體。真嗣駕駛初號機出擊，結果被使徒的虛像所迷惑，落入了使徒本體的虛數空間。由於無法脫離，真嗣將生命維持系統打開，等待救援。十六小時後，生命維持到達限界，在模糊的意識中，真嗣似乎看到了母親。另一方，律子打算犧牲真嗣來回收初號機，但使徒忽然被初號機撕裂開來。而律子對初號機的重視程度也讓美里越來越感到懷疑。
EVA四號機的S2引擎搭載實驗在美國進行，結果美國的NERV第二支部與其半徑89公里以內的設施從此消失。結果美國估計怕了，將三號機的啟動實驗，轉至日本的松代進行，但三號機在運送過程中經過了一片打雷的雲層，應該在那裡三號機被使徒侵入。三號機的駕駛員將由新挑選的第四適格者來擔任，而這個第四適格者是真嗣的同班同學鈴原東治。
三號機運到後，美里也前往松代指揮啟動實驗，但她沒告訴真嗣有關東治成為第四適格者的事。實驗中，三號機失控，原因是被第十三使徒霰天使寄生。EVA三機出動攔截使徒，零號機與二號機相繼被擊敗。真嗣得知三號機內有駕駛員後拒絕執行任務。於是碇源堂命令啟動初號機的DUMMY PLUG系統（可以代替適格者的「傀儡系統」，原理是將適格者的思維方式、記憶等備份並輸入PLUG），將三號機撕成了碎片。
當得知三號機駕駛員仍生存而稍感安慰的真嗣看到工作人員擡出了奄奄一息的東治時，他發出了絕望的悲鳴。憤怒的真嗣叫喊著要破壞NERV本部，各種暴踩NERV本部的金字塔設施。碇源堂立即調高了LCL的濃度使真嗣窒息昏迷，收回了初號機。
被逮捕後的真嗣決意再也不乘坐EVA了。但正當他準備離開NERV本部時，第十四使徒力天使襲來，二號機被破壞（頭和雙手被斬，感覺很痛啊），零號機的特攻亦無效。在避難中，真嗣在瓜田中遇到了加持。在加持的引導下，真嗣再次坐上初號機，對已侵犯至司令所的使徒發起了猛攻，但在就快勝利的時候，初號機的電池卻用完了，完全沉默。就在真嗣又一次陷入絕望時，電源初號機再啟動，以400%的同步率暴走將使徒擊倒。並且，像野獸一樣吞食著使徒的屍體，也就是在這個時候初號機獲得了的S2機關。
同步率400%是真嗣與初號機融合的結果。經調查，真嗣已經溶解於LCL之中。於是，律子忙著佈置營救真嗣的計劃，但似乎在十年前就已有過類似的營救計劃。經過了一個月的時間，駕駛艙被打開，流得滿地的LCL中，只有真嗣的作戰駕駛服。而正當美里抱著真嗣的駕駛服痛哭流涕時，真嗣的身體突然順著LCL滑了出來。
兩天後，加持與美里在旅館中密會，加持將裝有「最後的禮物」的膠囊，交給了美里。
Seele綁架了冬月，試圖從他那兒瞭解NERV的真實情況。面對質問，冬月回憶起許多往事。
1999年任大學講師時初次見到碇源堂、2000年的「第二次衝擊」、人口進化研究所、以前的學生、後成為碇源堂妻子的碇唯之死、赤木直子博士的死亡與NERV的誕生……
不久，冬月被加持救出，但加持卻被不明的人槍殺（從漫畫版裏殺手戴著手套來判斷，很可能是碇源堂親手槍殺了加持）。
隨著近來明日香的同步率不斷下降，她擔心自己被強迫調離EVA駕駛員崗位的日子也會隨即而來。於是，第十五使徒鳥天使出現時（全身發光，外型類似鳥類的使徒，是非物理攻擊性最強的使徒），她便不顧命令主動出去迎擊使徒。但在受到使徒的精神攻擊後，她的精神幾欲崩潰，無法作戰。最後，在碇源堂的命令下，由綾波麗駕駛零號機使用朗基努斯之槍將位於衛星軌道上的使徒擊潰。朗基努斯之槍是人類補完計劃的關鍵素材之一，而碇源堂藉口消滅使徒而將朗槍丟到了外太空，這個行為明顯是在阻撓Seele的補完計劃，因此Seele對NERV和碇源堂更加懷疑了。
第十六使徒襲來。直徑一公里左右的環狀帶，外形可隨意變化，只要與其接觸到，連精神也會被其侵食的第十六使徒子宮天使將綾波麗的零號機捕獲，而明日香因為同步率低下而無法操作二號機。於是，碇源堂啟動凍結中的初號機去為綾波麗解圍。但是，凌波麗為了保護真嗣，開啟了自爆程序與使徒同歸於盡。
而當真嗣正為此痛苦的時候，綾波麗又出現在他面前。但這個綾波麗已經是3號綾波麗了，因為之前的2號綾波麗死亡前並沒有及時到中央教條去進行記憶備份，因此3號綾波麗對於真嗣的記憶和情感跟2號綾波麗有些不一樣。
Seele之前因為朗基努斯之槍被碇源堂藉口投擲到了外太空，因此對於碇源堂已經越來越懷疑，先前綁架了冬月想要套出真相，但最後沒有成功。碇源堂此時並不能與Seele徹底撕破臉皮，於是就將律子出賣給了Seele。Seele在審訊律子時，頗有些殺人誅心的意味在裡面，一方面說將她交給Seele的人不是別人，正是碇源堂；另一方面，Seele又說一開始是想要審訊零號機駕駛員（也就是綾波麗），但是被碇源堂拒絕了，而轉而交出了律子。這個行為讓律子心態頓時崩了，原來她也是一直被碇源堂利用，在碇司令心裡，甚至比不上複製的人造人綾波麗。
當夜，因被碇源堂出賣而意志消沉的律子，想將真嗣帶出到中央教條區，而半路遇到獲得了加持「最後的禮物」裏關鍵信息的美里，美里劫持了律子，要求律子帶她去看看真相，此時奇怪的是律子並沒有拒絕，而是要求必須帶上真嗣一起去。他們來到了綾波麗誕生的地方，看到了無數的綾波麗。律子一怒之下，將剩餘所有的綾波麗的「肉體」全部都毀滅了。
第三新東京市在多次經受使徒侵襲之後，到處是戰鬥遺留下來的廢墟。明日香在被十五使徒精神侵蝕後，同步率逐漸下降，甚至降到了接近0，失去了駕駛EVA二號機的資格，但很奇怪的是馬上就有替代明日香駕駛二號機的第五適格者到來NERV總部。在夕陽西沉的湖邊，真嗣遇見了一位少年，他就是由Seele派來的第五適格者－－渚薰。
經過相處，真嗣對這位少年產生了好感。
但渚薰的真實面目卻是第十七使徒。渚薰本來帶著Seele的命令來接觸NERV，因為Seele已經能感覺到碇源堂很可能已經背叛了他們，可能在進行僭越神的計劃。這是Seele絕對無法容忍的事情，因為Seele組織從始至終的目的就是為了完成人類補完計劃，從而向上帝贖罪，他們不可能會允許人類妄圖踏足神領域這種不可饒恕的事情發生。於是Seele寧肯派出第十七使徒去接觸亞當，引發第三次衝擊。這樣做的結果是人類全滅，人類補完計劃也會就此泡湯，但Seele寧願這樣的結局，也不允許碇源堂僭越成神。
但渚薰在跟真嗣接觸中，卻發現自己喜歡上了真嗣。這也許不是簡單的個人之間的感情，擁有亞當靈魂的渚薰也許是對脆弱的人類產生了憐憫的大愛。因此，渚薰慢慢的發現自己並不那麼想引發第三次衝擊毀滅人類了。
但在Seele的不斷催促下，渚薰還是行動了，他帶領著二號機，來到NERV地下的「亞當」處。假裝想要引發第三次衝擊，但在過程中明顯在等待真嗣的到來。
真嗣覺得自己的感情被欺騙了，原來付出了真心的人，竟然是跟人類有不共戴天仇恨的使徒！
渚薰輕而易舉的就到達了NERV本部最下面（這裡不禁要心疼下加持，他拼了命也就在門口看了一下，而且還不知道真相/(ㄒoㄒ)/~~）。渚薰終於見到了之前所有使徒拼盡全力都想要回歸的「亞當」了，但他卻突然發現原來被放在這裡的並不是亞當，而是莉莉絲。好嘛，人類lilin太狡猾了。「原來是這樣」，渚薰頓時明白了碇司令的忽悠大法，也感嘆人類心之壁互相隔閡、互相猜忌的複雜性，同時渚薰確實也不想引發第三次衝擊團滅人類。可以說渚薰是全劇中最複雜的使徒了，他表面上看對真嗣基情滿滿，但實際上卻可能帶著像上帝一般對人類有著憐憫之心。
而他作為使徒的使命就是回歸亞當，重啟生命，但渚薰顯然已經不想這麼做了。作為自由天使的渚薰，生來確是不自由的。於是他選擇背棄Seele，他想選擇自己的命運。於是他一直在等待真嗣。
渚薰的選擇是死亡「自己的死，那是唯一絕對的自由」。因為如果他不死去，那他的存在和宿命就是回歸亞當，但渚薰因為對真嗣（或者說對全人類）產生了感情，他並不想團滅人類。
於是，在追來的真嗣面前，他卻要求真嗣將他殺死，並對真嗣留下了遺言「謝謝你，與你相遇，我很高興」。著名的一分多鐘定格動畫後（據說這個時候經費已經非常緊張了），真嗣親手捏死了渚薰。
第十七使徒自由天使渚薰被消滅後，NERV的工作似乎已經結束，各個部門的職員們正在祥和的氣氛中談論以後的去向。這時，NERV本部突然遭到了戰略自衛隊的襲擊。人類戰勝了所有的使徒，但最後卻被人類自己打敗了，人類lilin就是最後的使徒。
Seele派出了戰略自衛隊，假稱NERV企圖引發「第三次衝擊」，於是他們標榜著「保護全人類」的口號對NERV的工作人員進行了慘無人道的大屠殺。 Seele背後真正的目的是控制EVA（特別是初號機），一方面防止碇源堂背叛他們實施禁忌的計劃；另一方面他們想藉助對初號機實施贖罪儀式強行進行人類補完。殺死了渚薰以後，碇真嗣無法再振作起來，整天沉浸在痛苦的思考中，無心去應付戰略自衛隊以及來自人類補完委員會的EVA量產機的攻擊。
為了與碇唯再會而被製造出來的綾波麗，在與碇源堂約定之時，來到了NERV底層中央教條的紅色水池邊。無論是作為容納碇唯靈魂的容器或是「人類補完計劃」的道具，她的命運也會就此結束（再生？），而已感到自我靈魂存在的麗的抉擇是真嗣。
最終，綾波麗在最後時刻覺醒了意識，認為自己不是碇源堂的「玩偶」。綾波麗把選擇的權利交給真嗣：重新創造世界或所有人類融為一體。
當所有人的AT力場消失後，人與人之間將不存在隔閡，這種世界正是極其內向與他人總是存在隔閡的真嗣所幻想的。認真地思考後，他終於明白，所有人類融為一體心靈間不存在隔閡雖然很美好但也是很虛幻的一種偽幸福，這是逃避現實懦弱的表現，原來的現實世界雖然痛苦但是更真實。
於是真嗣終止補完計劃選擇重新創造世界，「不能逃避，敢於面對現實」在結局中達到了最高潮 。
另一方面，失去了臍帶能源的二號機，在只有5分鐘的活動時間下，和量產EVA機體交戰，最後「戰死」軀體被瓜分啃食。
最後在母親的喚醒和感召下，二號機中的明日香理解了人與人之間的A.T.Field的真正含義，憑著強烈的自我意識，使靈魂獨立保有自我，沒有像其他人一樣化為LCL。
當真嗣回到現實世界後，他遇到了同樣保有肉體的明日香，他之所以去掐明日香，是因為害怕明日香拒絕自己，所以想掐死她避免自己內心受到傷害，或者也可以說是他在感受別人的肯定與否定，明日香則撫摸了真嗣代表接受他。
至此，真嗣和明日香成為新時代的亞當與夏娃。
四、關於評論區問題的集中回答
（1）所有使徒為啥一股腦的要去攻擊第三東京市呢？
使徒生命存在的使命就是回歸亞當，引發衝擊，重啟生命輪迴。而使徒為什麼總是會去攻擊第三東京市呢？因為使徒感應到了第三東京市的亞當或者類似亞當的東西。全篇EVA只有兩個使徒是沒有攻擊第三東京市的，第六使徒魚天使和第八使徒胎天使。第六使徒為什麼不去第三東京市呢？是因為他感應到了加持祕密攜帶的亞當胚胎，因此攻擊了名義上護送二號機，實際上祕密護送亞當胚胎的加持一行人。而至於第八使徒為啥沒去攻擊第三東京市，那是因為他還沒發育好就被發現了，結果就被消滅在了火山裡。至於第三、四、五使徒為什麼去找到第三東京市，我覺得邏輯比較說得通的說法是這幾個使徒感知到了零號機（因為零號機是複製自亞當的）。而後面二號機及以後機型都是複製自亞當，使徒們是沒有很高智慧的，所以一直被忽悠。（而且以後碇司令把亞當移植到了手上，使徒也就一股腦的都要攻擊第三東京市了）但這裡碇司令對幾乎全部人撒謊了，他說最終教條區的就是亞當，但那實際上是莉莉絲，所以第十七使徒在看到了莉莉絲時，才明白了lilin的威力，可以說使徒再厲害，還是比不過複雜的人心啊。
（2）EVA到底是什麼？為什麼說鎧甲是拘束器？
噹噹當，敲黑板，EVA不是傳統的機甲戰士，而是跟人類類似的有機生命體，是人類根據使徒，通過自己的高科技創造的產物。從某種程度上說，這是人類僭越神祗的行為，因為生命是神創造的，而人卻妄圖成為神。EVA跟使徒的區別是，EVA沒有靈魂，而使徒是有完整統一的靈魂的，而人類為了能夠操縱EVA，必須給它們注入靈魂，於是需要有駕駛員配合插入栓才能控制EVA為人類作戰。而EVA裏的鎧甲都是為了約束EVA力量的拘束器，所以我們經常能看到一臺EVA是打不過使徒的，得多臺纔行。後面EVA初號機喫了第十四使徒的S2機關，獲得了自我再生的能力，因此初號機除了靈魂外，基本是個完整的莉莉絲了，這也就是為什麼初號機是碇源堂手裡補完計劃的關鍵。
（3）在EVA裏，人類是怎麼起源的呢？
目前有兩個說法，一個是「人類是莉莉絲與惡魔的後代」，這個說法源於希伯來神話。莉莉絲是亞當的第一個妻子，但她不甘心屈服於亞當，後來背叛亞當並逃到了地中海區域，且和撒旦生下了惡魔之子lilin（即人類）。按這個設定，人類是惡魔的子嗣，存在是有原罪的。另一個說法是生命之樹上最終誕生了亞當和夏娃，並且生了兩個果實，一個是生命之果，選擇它，可以擁有完整統一的靈魂和肉體，擁有無限的生命，強大的自我再生能力等，但智慧偏低；另一個是智慧之果，選擇它，無法擁有完整的靈魂和肉體，會分散成無數心之壁脆弱的生命體，肉體脆弱人心隔閡但是擁有高超的智慧。但這個說法就沒法解釋人類和使徒為啥有不共戴天的仇恨了，再宗教一點，就得聯繫上亞當和夏娃在伊甸園偷喫了智慧之果這個典故，那就能說得通了。（關於劇中對於人類原罪的判定：冬月和碇源堂在去南極考察時，冬月的一句臺詞「即使是滿身罪惡我也還是期待人類生存的世界存在」，說明劇中人類還是被設定為開始就有原罪的。）
（4）亞當與莉莉絲的結合可以造神是一項設定還是有其他解釋的啊？
亞當與莉莉絲的結合可以造神是一項設定，是死海文書記載的。
（5）2000年的第二次衝擊後，光之巨人後來怎麼處理的？
光之巨人就是亞當，引發第二次衝擊後，進入沉睡，後被Seele用朗基努斯之槍還原成了胚胎。然後被加持帶給了碇司令，成為碇司令成神計劃的關鍵素材。
（6）什麼是贖罪儀式（處死儀式）？量產機在其中的作用是？
贖罪儀式（處死儀式）是進行人類補完計劃的一個可行分支（並不是必須的）。進行處死儀式需要Adam的身體和魂，Lilith的身體和魂，朗基努斯之槍，能控制補完過程的個體意志，舉行處死儀式法陣所需要的使徒（即量產機）。簡單講就是，同時擁有生命果實與智慧果實，在朗基努斯之槍的配合下，由有個體意志的生命體決定下一個生命輪迴的走向。再多說一句，處死儀式也是帶有濃濃宗教意味的事情，來自於聖經中將神之子定在生命之樹的十字架上，血流滿大地後，人類就能夠從原罪中被解放出來了。
（7）為啥要所有使徒死完才能進行補完儀式呢？
死海文書的預言，將來某一時刻由Adam與Lilith所生的必將歸還本體，生命之樹重啟，產生下一次輪迴。在這個預言時刻到來之前，所有使徒一定會蘇醒來與人類為敵，人類要順利完成回歸就必須在此之前消滅全部使徒。而且準備贖罪儀式（處死儀式）的素材也需要時間。
（8）朗基努斯之槍可以被複制嗎？
朗基努斯之槍是可以複製的，但是複製品沒有原版厲害，威力上可能接近原版朗基努斯之槍，但是並不能作為處死儀式的核心素材。朗基努斯之槍是seele進行補完計劃的關鍵，但是卻不是碇源堂計劃的關鍵，甚至還可能有阻礙。所以碇源堂藉口要消滅第十五使徒，由零號機將朗基努斯之槍丟到了外太空，後面被覺醒了的初號機召回。
（9）最後的結局以及男女主角成為新時代的亞當夏娃是什麼意思嗎？
最後的結局，人類補完計劃完成，所有人類回歸莉莉絲，雖然肉體消滅了，但是靈魂成為了完整的。最後只剩下碇真嗣和明日香，他們成為了下一個輪迴的生命起源/始祖。
（10）Seele為啥會派渚薰（第十七使徒）去NERV？
渚薰在TV和老劇場版裏的設定是第十七使徒，按理說使徒接觸亞當是會引發衝擊團滅人類的。Seele控制渚薰是為了他們自己能掌控整個計劃，為了計劃實施做的一個備選方案。原因是Seele執行的人類補完計劃是絕對反人類的，是聯合國UN絕對不會允許的，他們一方面選擇了自動送上門的碇源堂作為馬仔去執行人類補完計劃；另一方面也控制了某個使徒。在約定時刻到來之前，Seele還需要準備很多東西（比如收集複製朗基努斯之槍、製造量產機等），因此一開始就消滅掉渚薰並不合適。這裡總的來說，就是Seele的目的是人類補完計劃，而不是消滅所有使徒，如果有使徒能不是敵人，那肯定是Seele願意選擇的。Nerv在被碇源堂指揮時，暗中背叛Seele原本的人類補完計劃。碇源堂表面上是服從Seele，幫助Seele執行劇本，但實際上卻是有他自己的成神計劃，並且在消滅使徒的過程中，露出了幾次馬腳，導致Seele逐漸不信任碇源堂（比如初號機暴走、初號機喫掉14使徒的S2機關等）。Seele絕不會放任碇源堂破壞他們的計劃，因此派出17使徒（實際上17使徒渚薰接觸亞當是引發衝擊，不是人類補完，但Seele寧肯引發衝擊導致人類全滅，也不能讓碇源堂完成自己成神的補完計劃），甚至最後派UN軍隊攻打Nerv。
（11）渚薰為啥要真嗣殺死他？
渚薰的真實面目是第十七使徒，渚薰是被Seele派來接觸NERV的，因為Seele從很多跡象來看，碇源堂已經背叛了他們（初號機莫名其妙的多次暴走，故意把朗基努斯之槍扔到外太空，隱瞞NERV被使徒入侵的事件等）。碇源堂很可能已經背叛了他們，可能在進行僭越神的計劃。這是Seele絕對無法容忍的事情，因為Seele組織從始至終的目的就是為了完成人類補完計劃，從而向上帝贖罪，他們不可能會允許人類妄圖踏足神領域這種不可饒恕的事情發生。於是Seele寧肯派出第十七使徒去接觸亞當，引發第三次衝擊。但渚薰與真嗣的相處中，卻發現自己喜歡上了真嗣。這也許不是簡單的個人之間的感情，擁有亞當靈魂的渚薰也許是對脆弱的人類產生了憐憫的大愛。因此，渚薰慢慢的發現自己並不那麼想引發第三次衝擊毀滅人類了。渚薰最終在最終教條區見到了之前所有使徒拼盡全力都想要回歸的「亞當」了，但他卻突然發現原來被放在這裡的並不是亞當，而是莉莉絲。原來碇司令忽悠了所有人。而渚薰作為使徒的使命就是回歸亞當，重啟生命，但渚薰顯然已經不想這麼做了。作為自由天使的渚薰，生來確是不自由的。於是他選擇背棄Seele，他想選擇自己的命運。因此他要求真嗣殺死他。
感謝看到最後，我艱難的寫完了，也感謝耐心的你艱難的看完了。附贈一些我收集到的EVA高清壁紙，感謝為我讚賞、點贊、感謝的你！
主要參考資料：
EVA中各陣營的計劃 by:angel19th：https://www.cnnerv.com/answer/2501.html
EVA全解析：https://www.douban.com/group/topic/11797214/
EVA全解析（TV版+舊劇場版）：https://zhuanlan.zhihu.com/p/20864898
新世紀福音戰士——百度百科：https://baike.baidu.com/item/%E6%96%B0%E4%B8%96%E7%BA%AA%E7%A6%8F%E9%9F%B3%E6%88%98%E5%A3%AB/55458?fromtitle=eva&fromid=31881&fr=aladdin
人類補完計劃——百度百科：https://baike.baidu.com/item/%E4%BA%BA%E7%B1%BB%E8%A1%A5%E5%AE%8C%E8%AE%A1%E5%88%92/7684591?fr=aladdin
《新世紀福音戰士EVA》分集劇情介紹（第1-26全集）大結局：http://jq.9duw.com/sort0380/26562_6.html
從漫畫版解析EVA劇情：https://site.douban.com/154079/widget/notes/7948316/note/328352791
EVA（新世紀福音戰士）劇情解讀，驚人內涵揭祕：https://movie.douban.com/review/5473676/
EVA全解析：動漫界至高神作到底在講什麼 轉自奇法大陸：https://movie.douban.com/review/4898021/
產品經理Glen，騰訊、迅雷工作經歷，感興趣可以關注下公眾號Glen，我們可以一起討論互聯網的問題。
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