6月1日，日军一千三百多人分成三路进攻牡丹社 : 北路由谷干城少将、桦山资纪带领，由枫港出发；中路由总指挥西乡从道、参谋佐久间佐马太带领，由石门出发；南路由赤松则良少将、福岛九成带领，由竹社出发。二日后攻入牡丹社，面对日军的强大火力，排湾族人选择放弃家园，藏身山林继续进行游击战抵抗入侵者，一无所获的日军则在烧毁部落后离开。

(翻拍自「牡丹社事件纪念馆」解说牌)

但战事持续后，日军已因水土不服而损失惨重，到撤军时统计参加战役者共~5900人，枪伤25人，在台病死人数却高达393人，主要以热病、消化系统疾病、伤寒为主，而且许多人是回到到日本后才发病，撤回长崎后还有154人病死。以强势人力与现代火力大军压境，伤亡人数却都来自热带疾病，加上之后还见识到马拉利亚(Malaria，疟疾)与莫斯基多(mosquito，蚊子)二位将军的强大，应该就是后来在台湾成立热带医学研究所的原因吧。

7月1日，在多方斡旋下，牡丹社新任头目与高士佛社头目，在保力庄与日军总指挥西乡从道会面议和，双方结束敌对状态。

(翻拍自「牡丹社事件纪念馆」解说照片)

在石门古战场旁的「牡丹社事件纪念公园」，有牡丹社后人撰写的解说牌，介绍事件的前因后果与影响。

 「牡丹社事件」之后，雄踞南台湾数百年的排湾族人完全了解石门天险已无法再保护部落，因而与入侵者谈和，台湾也正式进入世界列强的权力游戏之中。千百年来，权力不断更迭，没有永远的强权，优越的地理位置到底是只能任凭宰割的原罪，还是能作为一直壮大自我的谈判筹码，其实只在一念之间。