ERROR1 之R包安装的 non-zero exit
ERROR1 之R包安装的 non-zero exit
来自专栏生信noob笔记
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新的分区：讲各式各样数据处理过程中会遇到的报错，这篇是关于R包的安装，Bioconductor的更新速度和版本要求真的能气skr人。
最近做差异表达分析，主要的两个R包 DiffBind 和 DESeq2 在 Unix 上的安装都会出现这样的问题：安装的依赖包和这两个包本身，安装失败后用warning() 查看错误信息时，都显示为：
installation of package 『DESeq2』 had non-zero exit status
但回溯安装过程，可以发现non-zero exit status 的问题不止一种，或者说所有的安装失败，都会给出 non-zero exit status 的warning。以下列出几种可能的问题类型，或许可以按照这些办法解决掉安装失败的问题。
- ERROR: compilation failed for package
经常出现在OSX中的一个问题，缺少C++ library 提供的放头文件。解决办法是安装C++或者Xcode Command Line Tools。C++的安装不必说，Xcode Command Line Tools 的安装命令为：
xcode-select --install
安装Xcode Command Line Tools 就不会在发生 compilation failed for package 的错误了。
2. Error in if (nzchar(SHLIB_LIBADD)) SHLIB_LIBADD else character() :
argument is of length zero
参数缺失的报错，找到R安装目录下 R/etc 下是否有 Makeconf 这个文件，如果没有则需要重新安装 r-base-core 包，命令为：
sudo apt-get install r-base-core
有时候还需要安装较高版本的libtiff，注意32bit的要安装 i386：
sudo apt-get install libtiff5-dev
3. 依赖包/动态库缺失
ERROR: dependency 『scales』 is not available for package 『pheatmap』
其实就是前面的依赖包安装失败，导致其他依赖于这个依赖包的依赖包安装失败（Hmmm...我知道很绕口）。
Configuration failed because no mysql client library was found.
动态库缺失，在报错信息里找到需要安装的动态库，安装即可。
4. 其他
有的情况是可能伺服器里安装过适用于其他版本R语言的包了，导致安装失败。在bin里找到这个包，删掉重新安装。
还有的情况干脆就是R语言版本问题，没办法安装其他版本的R语言吧（心里满是对Bioconductor的怨念）
如果还是不行，检查一下 tk和tcl，重新安装一下试试...
十一就要结束了，o(╥﹏╥)o我还没放够假啊（怨念）
话说我写这个跟生信有什么关系啊......
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