從演化的角度來說，鯨目、鰭腳目和海牛目之間並沒有很近的親緣關係。

鯨目起源於原始的偶蹄目，目前現生的偶蹄目動物中，河馬和鯨目的親緣關係最接近。事實上，最新的分類方法中，鯨目和偶蹄目已經合併，稱為「鯨偶蹄目」，或簡稱「鯨蹄目」。

鰭腳目則起源於遠古食肉類動物，可能與鼬科較為接近。目前已經重新列為食肉目之下的鰭腳亞目。

以上，鯨類和鰭腳類均屬於勞亞獸總目，海牛目和它們的關係更遠，屬於非洲獸總目，與長鼻目親緣關係較近。因此，題主的問題可以這麼回答：這三大類是獨立演化成海洋哺乳動物的，彼此之間親緣關係很遠，海牛目與另兩類更遠。