不管是出於報復的心理，還是出於權力和物質財富慾望的刺激，成吉思汗所發動的戰爭機器基本上採取攻城略地、肆無忌憚的屠殺政策，在整個中亞和西亞地區造成了極爲恐怖的氣氛和巨大的破壞。蒙古人第一次西征，花剌子模國成爲最主要的打擊對象。

1219－1222年成吉思汗先後攻克錫爾河北岸邊城訛答剌、河中戰略要地布哈拉、花剌子模國都邑撒馬爾罕、原花剌子模國首都玉龍傑赤以及呼羅珊省四大名城馬魯、巴里黑、赫拉特和內沙布爾。爲追剿花剌子模沙摩訶末，成吉思汗還派出哲別和速不臺兩員大將，領兵北討欽察草原，縱橫伊朗西北部、高加索地區和俄羅斯南部。窩闊臺汗即位後，繼承父汗未竟之業，1231－1239年發動了主要征服俄羅斯的第二次西征。爲撲滅有星火燎原之勢的扎蘭丁復國運動，窩闊臺大汗繼續用兵伊朗。10萬蒙古大軍衝入西亞，佔據阿兒蘭、失兒灣以及東格魯吉亞和亞美尼亞。伊斯法罕和第比利斯被洗劫一空。羅耳山區、伊朗南部的法爾斯、克爾曼納款稱臣。

至 13 世紀 40 年代，伊朗大部分地區以及高加索諸國先後爲蒙古人所征服，僅剩下厄爾布爾什山、忽希斯坦、胡齊斯坦和伊拉克苟延。如同阿馬紮尼所說：“他們（蒙古人）來了，他們擄掠，他們殺人，他們放火，他們走了。”實際上，蒙古帝國一直注視着伊朗、伊拉克和小亞細亞。戰場上的勝利一個接着一個，十足的勇氣和決心增強了蒙古人掠奪財物的慾望。而蒙古遊牧部落的機動性和相對的統一以及隨之相伴的擴張鑄就了蒙古人特有的作戰方法，它使蒙古軍一度成爲不可戰勝的神話。蒙哥被推舉爲大汗後，爲進一步滿足軍事遊牧貴族的物質需求，發動了第三次西征。1256 年旭烈兀消滅盤踞在禡桚答而的“木剌夷國”，1258 年攻陷巴格達，結束阿拔斯王朝在伊朗、伊拉克的統治。伊朗全境、阿塞拜疆以及小亞細亞大部分地區開始納入伊兒汗國的統治範圍。

蒙古三次西征給中亞和西亞各國造成極其嚴重的災難。首先是人口的銳減。雖然人口的縮減與交戰過程中的死傷以及帶來的饑饉、瘟疫有關，但更重要的是，蒙古軍在佔領後實行肆無忌憚的屠殺和擄掠政策所造成的。據志費尼《世界征服者史》記載，1219年約 15－20 萬蒙古大軍衝入中亞，首先出於報復曾經殺害蒙古商人和劫掠財物的訛答剌城，經過整整一個月的戰鬥，城破之日，訛答剌城化爲廢墟。志費尼說：“內堡和城牆被夷爲平地，然後蒙古人撤離，那些刀下餘生的百姓和工匠，蒙古人把他們擄掠而去，或者在軍中服役，或者從事他們的技藝。”蒙古軍來到錫爾河左岸的速格納黑城，經過整整7天連續不斷的輪番攻擊，屠殺了速格納黑城所有的居民。1220 年成吉思汗主力對穆斯林世界最大的城市之一布哈拉城發起總攻。蒙古人宣佈：布哈拉城內全部持有武器者格殺勿論。城堡陷落之後，花剌子模軍民悉爲蒙古人斬盡殺絕，布哈拉城被縱火焚燒。志費尼說：“比鞭梢高的康裏部男子，一個都沒有剩下，被殺害者計 3 萬餘人；而他們小孩、貴族及其婦孺的孩子，嬌弱如絲柏，全被變爲奴隸。”在花剌子模國都撒馬爾罕，成吉思汗將中亞被征服的居民排在蒙古軍前充當炮灰，誘殺撒馬爾罕 5 萬守軍，並斬殺 3 萬突厥降軍。然後從居民中挑選 3 萬名工匠分賜勳屬、3 萬名壯丁充作隨軍役夫。由於蒙古軍在玉龍傑赤遭到最頑強的抵抗，傷亡慘重。蒙古軍攻下城後，除部分婦孺、工匠外，其餘的男性居民被分列於蒙古軍之間，全部死於刀箭之下。最後，蒙古軍掘開阿姆河大堤，這座昔日聞名遐邇的紡織業和商業中心頓時一片汪洋。

人口的銳減導致中亞和伊朗的許多城鎮變爲廢墟，大片土地荒蕪，社會生產力遭到極度破壞。尤其是伊朗東部呼羅珊省，它所承受的災難最爲慘重。據納薩維說，呼羅珊所有的城鎮、寨堡以及鄉村都已荒廢，居民大多或被屠殺或淪爲奴隸，青壯年被帶走充作役夫。戰爭停止了，什麼人也沒留下。1321 年薩義菲引證目擊者的話說，呼羅珊地區在遭受攻略的時候，“無人、無糧、無食物、無衣服。因爲成吉思汗的軍隊燒掉了所有的糧倉，從巴里黑邊區遠至答木罕地區的人們，終年僅以食人肉、貓、狗爲生。”在呼羅珊的赫拉特地區，經過 1220 年大屠殺，赫拉特城僅存 16 人，加上外地逃亡者 40 人，倖存者不足百人，他們也以食動物腐屍存活。四年來，居民或在距離赫拉特城 150－800 公里的範圍內靠搶劫過路商旅爲生。在巴里黑，據雅忽特說，13 世紀初即蒙古征服前，富庶的巴里黑以產絲聞名，糧食豐盈，是呼羅珊和花剌子模的穀倉。波斯著名詩人扎剌丁·魯米說，巴里黑在 12 世紀和 13 世紀初約有居民 20 萬。蒙古軍攻陷巴里黑後，屠殺了所有的居民。14 世紀 30 年代伊本·白圖泰途經貝賴赫（即巴里黑）時，巴里黑及其周圍地區仍是“一片瓦礫荒無人煙。”至於馬魯，破壞的情況更爲嚴重。馬魯綠洲三次爲蒙古軍所攻掠，其農田及穆爾哈甫河大壩被毀，耕牛、穀物被擄。經過反覆屠殺，馬魯城鄉居民剩下不到百人。徒思僅有住戶 50家。內沙布爾大屠殺後，處處是殘垣斷壁，鄉村荒廢。直至 1295 年，拉施特還記載：“呼羅珊、中央伊朗(剌夷、哈馬丹、忽木)和阿塞拜疆各地的城市至今還是一片廢墟，可耕地只有十分之一，十分之九的耕地荒蕪。”蒙古人是遠比伊朗落後的入侵者，其征服活動無疑給伊朗、伊拉克和小亞細亞人民帶來巨大的破壞。