在功能定位上，南沙自貿區定位爲現代產業新高地、世界先進水平的照片呢個服務樞紐，重點發展航運物流、國際商貿、金融等產業；橫琴自貿區定位是文化教育開放先導區、國際商務服務休閒旅遊基地，重點發展旅遊休閒、商務金融、文化科教等產業。從定位來看，南沙和橫琴還是有所側重的，前者發展航運物流、國際貿易，後者發展旅遊休閒、文化教育。

南沙片區將面向全球進一步擴大開放，在構建符合國際高標準的投資貿易規則體繫上先行先試，重點發展生產性服務業、航運物流、特色金融以及高端製造業，建設具有世界先進水平的綜合服務樞紐，打造成國際性高端生產性服務業要素集聚高地。

南沙自貿易區要成爲粵港澳全面合作示範區, 廣東與香港將在南沙自貿區建立“粵港深度合作區”，產業發展將緊緊圍繞研發及科技成果轉化、國際教育培訓、金融服務、專業服務、商貿服務、休閒旅遊及健康服務、航運物流服務、資訊科技等八大產業。

南沙與橫琴自貿區（另一個是前海）共屬廣東自貿區，但中央對各個自貿區的功能定位是有區別的，另外我們再從地理位置、人才依託等分析可以顯見：南沙自貿區的發展潛力要遠強於橫琴自貿區。