一、兔死狐悲，晚明這些將領本來就已基本與晚唐節度使的地方軍閥割據情況類似，只是晚唐節度使那種甚至可以拋開中央政府自行鑄幣、招兵買馬的權力相對薄弱一些，其他則一般無異。大權在握，自然對自己的身家性命看得更重，崇禎帝在用人上往往是臨陣換將、朝令夕改，不止孫元化，還有袁崇煥，一個個的都是冤死。如此種種，給這些封疆大吏們造成了嚴重的危機感與陰影，生怕某一天這個命運落到自己頭上，所以直接投降後金，換得榮華富貴，至於民族大義，中華衣冠，已經早就被他們置之腦後了。

二、首鼠兩端。有種說法，清入主中原，實際上依靠的不僅僅是那幾十萬八旗兵，而是上百萬計的綠營兵，而其中的「佼佼者「就是吳三桂、孔有德、耿仲明、尚可喜、孫可望，這五人是清初五漢王。值得一提的是孫可望，他本是張獻忠農民起義軍大西政權主要將領，張獻忠在川北犧牲後，孫可望與李定國等率大西軍餘部南下攻佔雲貴一帶，堅持抗清。後改投永曆政權，以武力挾制永曆朝廷。孫可望為謀封秦王，擊殺南明大學士三十人，並與大將李定國不合，導致內訌。公元1657年（永曆十一年，順治十四年），孫可望從貴州引兵入雲南，攻打李定國，因部將倒戈不敵李定國。孫可望向清軍投降，引清兵入四川、貴州，隸屬漢軍正白旗。

孔有徳叛變是「吳橋兵變」，本是孫元化的部下。

東江鎮經過一系列兵變時（劉興治先是斬殺陳繼盛，後是謀劃斬殺沈世魁失敗被殺，明廷才重新掌控了東江），孔有徳等「分流」到了孫元化。孫元化待孔有徳等人還是不錯的。

關鍵的是，在崇禎四年的大淩河之戰。帝師孫承宗遇上「強拆」而無預案，也措手無策。十萬左右的關寧軍，居然要孫元化派數千人去救場！

先是九月，孫元化派孔有徳帶兵大約一千乘船前往。估計是遇上颱風風浪太大，加上隨性重裝備，差點翻船而返回，孔有徳是憤懣不已。

接著十月底，孫元化命孔有徳帶兵三千多「鼓行而西」。

但這時各地糧餉補給存在問題，比如同是登萊下的東江此時因缺糧餉而兵變，在慫恿之下居然把總兵黃龍給綁了，還被打斷腿腳割去耳鼻，後糧餉到而亂兵散去。

按《崇禎實錄》記載，孔有徳行軍中途駐留鄒平長達一個月，而且孔有徳出發同時，孫元化另外還派了李九成去買馬，要求李九成買完馬後就和孫元化合流。也就是說，孔有徳出發時，軍備也並不完整。

當時很多遼東難民通過東江轉移到登萊被安插到內地（所以光救濟接應逃民一事，毛文龍的功績不小），很可能這些遼民的紀律不好（比如餓得搶劫，在朝鮮時就經常發生），與當地人有很大的衝突（安插很可能還佔據田地房屋）。因此孔有徳行軍至吳橋時，居然沒有被安排就食（明代客軍行軍就食，提前要求沿途州縣準備糧草），而且還閉門罷市。結果就有一小兵強去王象春家的一隻雞，被要求「穿箭遊營」，於是士兵們開始鬧兵變，加上李九成的挑唆（李九成把市馬錢花光了，或者沒買到規定數量的馬匹），此外孔有徳對毛文龍一事耿耿於懷（毛文龍在雙島擺屍超過一年，周文煌請求下葬並正名，被崇禎斥責「飾稱忠義」，後周文煌勸說孔有徳被殺），於是起兵叛變。

孔有徳攻下登萊活捉孫元化後，考慮到往日恩情放了這位曾經的領導，但被朝廷下令處死。

孔有德屬於大明為了節制關寧軍而練的新軍（怕一家獨大），這支軍隊火器裝備程度非常高，本身孫元化就是火器專家，甚至請來歐洲人訓練火炮（有部分歐洲人加入軍隊）。

這支軍隊主要由原東江鎮人組成，東江鎮屬於遼東被努爾哈赤得殺逃走的遺民組成，與後金血海深仇，按理是不會投降後金的。

當時祖大壽被圍大淩河大半年了，關寧軍自己不敢去救，要朝廷派兵去救，朝廷就將山東孔有德這支新軍派上去了。

彼時朝廷存在黨爭，關寧軍在內閣的代表是首輔溫體仁，而新軍的代表是徐光啟，這支軍隊一直糧銄不足，開撥時天寒地凍，又沒有作戰前動員，走海路由於風浪較高不能行，只有走陸路北上。

北上時，各地方本應該供應軍隊的糧草一直沒有供應，差不多在德州境內，有孔有德的士兵偷了一士紳家的雞，結果逼得孔有德親自登門道歉，士紳還不依不繞，一定要孔將這士兵交給士紳處置，結果釀成兵變，孔有德試圖阻止未果，終於士兵在地方大搶大燒，清醒後害怕朝廷懲罰，就趁天氣好時投了後金。

等於大明朝廷為後金培養了一支火器部隊。

題主的無知，耿仲明和孔有德根本不是同一時期投降滿清朝廷的。孔有德由於在山東鬧兵變被迫出走降清的，這時大明帝國的皇帝？還是天啟皇帝朱由校呢！天啟五年山東兵變孔有德後來降清，直接導致了山東巡撫孫元化，事後被朝廷追究責任而被殺頭的。耿仲明？則是毛文龍的部下，由於，毛文龍無罪而被袁崇煥所殺。他們覺得在明朝陣營裏沒有任何前途了才投靠了滿清朝廷的。這根本就不是一回事，耿仲明降清時？大明帝國的當家人已經換成崇禎皇帝朱由檢了。

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