轉位酶類(translocase)也稱為易位酶,催化的反應類型為「將離子或分子從膜的一側轉移到另一側」。 對於膜的兩側,以前曾經用「內外」或「順反」來描述,但容易引起歧義,現在統一用「side 1」和「side 2」來描述。

ATP合酶催化轉位反應

轉位酶中的一部分因為能夠催化ATP水解,所以曾經被歸類到ATP水解酶(EC 3.6.3)中,現在認為催化ATP水解並非其主要功能,所以劃歸到轉位酶分類中。例如ATP合酶(ATP synthase),原來編號為EC 3.6.3.14,現在是EC 7.1.2.2。

酵母ATP合酶結構。引自Science,2018

轉位酶按照底物類型分為六個亞類,如轉運氫離子(EC 7.1)、無機陽離子(EC 7.2)、無機陰離子(EC 7.3)等。亞-亞類則按照轉位反應的驅動力來劃分。具體可參考《又要改寫生化教科書了——現在已經是七大酶類了》一文。

根據酶的系統分類,可以給每種酶生成一個系統編號。編號由EC(代表酶學委員會)和4個用圓點隔開的數字組成。四個數字依次表示酶的大類、亞類,、亞-亞類和序列號。如EC1.1.1.1表示這個酶是氧化還原酶,電子供體是醇,電子受體是NAD+,序列號是1,即乙醇脫氫酶。胰蛋白酶的編號是EC3.4.4.4,4個數字分別表示它的類型是水解酶;水解的鍵是肽鍵;是內切酶;序列號是4。

編號與酶是綁定的,就等於酶的身份證號。即使被轉移了分類,原來的編號也不會被分配給另一個酶。所以一個編號不會對應兩種酶,但是個別酶可以有多個編號,比如多功能酶,每種不同的活性都可以有一個編號。

酶的編號可以變更,但舊的編號不會重新分配給另一個酶

酶的編號可以表明酶的基本功能,既清晰又準確,比酶的習慣名靠譜多了。酶的習慣命名一般以酶的底物和反應類型命名,有時還加上酶的來源。習慣命名因為簡單,所以較為常用,但缺乏系統性,不準確。比如用來合成某種物質的酶都可能被叫做「合酶」(synthase),能水解蛋白質的都可以叫蛋白酶。

針對這個問題,1961年國際酶學會議提出了酶的系統命名法。規定應標明酶的底物及反應類型,兩個底物間用冒號隔開,水可省略。如乙醇脫氫酶的系統命名是:醇:NAD+氧化還原酶。因為系統名稱和編號是準確的,而習慣名稱比較簡潔,所以論文中說到某種酶時,第一次應該註明其系統名稱和編號,然後就可以一直使用習慣名稱了。

在酶學網站上通常會列出酶的synonyms(同義詞),是不同研究論文中的「曾用名」,便於查閱核對。從中也可以反映出酶的研究熱度。比如ATP合酶,其synonyms就高達134個。

ATP合酶的部分synonyms

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