裸子植物如松柏的莖是木質的，具有密集的次生木質部。它們通常是分枝的，隨著莖的伸長，基枝脫落，形成通常是挺拔筆直的主莖。這木材比被子植物簡單，它主要由木質部中細長的管胞(水和礦物傳導細胞)和韌皮部中儲存材料並提供側向傳導的導管組成。被稱為維管形成層的莖和枝中，每一個都有更多的木質部。生長季節形成同心年輪，與生長季節後期形成的管胞相比，生長季節早期由維管形成層產生的管胞更大，管壁更薄。這產生了木材特有的亮帶和暗帶。一些針葉樹有另外的細胞類型，如纖維和軸向伸長的木薄壁組織細胞，以儲存營養。裸子植物的木材通常被稱為軟木區別它來自被子植物的硬木。

裸子植物與被子植物相比,管胞具有相對安全的結構設計,因為它們是厚壁的,用於良好的結構支撐,並且具有大量具有孔("窗孔狀」)，允許通過水替換空氣，然而,它們也具有相對狹窄的水管,限制了它們的傳導效率,這可能對生長速度產生不利影響。管胞比例總體而言,高木材密度也會降低儲存能力,例如光合產物、代謝物等。然而,因為裸子植物木材主要由管胞組成,這種功能冗餘通常可以限制傷害或疾病等有害影響。此外,裸子植物管胞結構和木材密度實際上可能在惡劣條件下給它們帶來優勢,例如在乾旱的環境中,或者在非常高的樹榦中,水分可能在長距離運輸的條件下產生。

裸子植物管胞與被子植物導管相比也往往又長又窄，其中一些達到高達100∶1的長徑比。綜合原因造成大多數裸子植物樹榦又高又直。