在古代，民間流傳只有帝王附近如軍師、欽天監、國師等重要大臣才通曉奇門遁甲之術，亦有人稱之為帝王學。
據《煙波釣叟歌》中記載，奇門遁甲起源於傳說時代，黃帝炎帝聯軍和蚩尤在涿鹿展開的一場大戰。蚩尤身高七尺，鐵頭銅身，刀槍不入，能呼風喚雨並在戰場上製造迷霧，使得炎黃聯軍陷入不利境地。

黃帝於是向天祈禱，終於獲得九天玄女給的河圖洛書和彩鳳銜來的太乙、六壬、遁甲之書，黃帝以此發明了指南車，逆轉了戰局，取得了勝利。

在中國傳統文化中，奇門遁甲被認為是以易經、八卦為基礎，結合星相曆法、天文地理、八門九星、陰陽五行、三奇六儀等要素的一門學問。

據稱姜子牙、范蠡、張良、諸葛亮、劉伯溫等人都曾使用過奇門遁甲。
奇門遁甲在中國古代主要用於國事、兵法方面。在21世紀已被用於商業發展、市場經營、管理等方面。