在古代，民间流传只有帝王附近如军师、钦天监、国师等重要大臣才通晓奇门遁甲之术，亦有人称之为帝王学。
据《烟波钓叟歌》中记载，奇门遁甲起源于传说时代，黄帝炎帝联军和蚩尤在涿鹿展开的一场大战。蚩尤身高七尺，铁头铜身，刀枪不入，能呼风唤雨并在战场上制造迷雾，使得炎黄联军陷入不利境地。

黄帝于是向天祈祷，终于获得九天玄女给的河图洛书和彩凤衔来的太乙、六壬、遁甲之书，黄帝以此发明了指南车，逆转了战局，取得了胜利。

在中国传统文化中，奇门遁甲被认为是以易经、八卦为基础，结合星相历法、天文地理、八门九星、阴阳五行、三奇六仪等要素的一门学问。

据称姜子牙、范蠡、张良、诸葛亮、刘伯温等人都曾使用过奇门遁甲。
奇门遁甲在中国古代主要用于国事、兵法方面。在21世纪已被用于商业发展、市场经营、管理等方面。