一句話介紹:TCGA資料庫是一個由國家癌症研究所(National Cancer Institute)和美國人類基因組研究所(National Human Genome Research Institute)共同監督的一個項目。使用對患者樣本的高通量基因組測序和分析技術來試圖提供括基因表達譜,拷貝數變異分析,SNP基因分型,全基因組DNA甲基化分析,微RNA分析等信息。收錄了33種癌症基因組測序數據。TCGA數據處理和整理比Oncoman和GEO困難一些。但是針對腫瘤和癌症所能提供的信息是很完善和可靠的。 TCGA和GEO存在的區別是,GEO存在各種研究領域和研究方向的NGC數據和分析。TCGA是專門針對腫瘤和癌症設立的。TCGA優勢是豐富且規範的臨床數據,以及針對每種癌型的大樣本量。
三陰性乳腺癌的篩選標準是根據pheotype來確定的,表達量是通過RNAseq結果確定的,正常組織和癌症組織是通過病例號確定的。 1. TCGA項目的數據可以通過Genomic Data Commons Data Portal獲取,即通過GDC來訪問,訪問地址:https://portal.gdc.cancer.gov/。 2. TCGA資料庫公開免費,所以有許多針對TCGA數據進行整合的網站。還可以通過UCSC Xena進行下載:https://xena.ucsc.edu/public。試驗數據的選擇和目的息息相關,試驗設計: