5年後寨主病故，鄧允庭被推舉爲民國獨立師司令，並打出了殺富濟貧的旗幟以號召羣衆，迅速將隊伍擴充到5000餘人。1921年北京政府黎元洪想收編他，派副官何志友專程請他去北京任職。他把山寨託付給副司令王延賓，帶領少數護衛人員啓程北上，途經長沙時，被何鍵扣留，隊伍亦流散到湘南各地。

何鍵見鄧允庭是個難得的人才，便籠絡他爲自己效力，委以師參謀長。而他並不願爲何鍵賣力，等到能夠自由行動時，1925年秋，便藉口爲父親祝壽，向何鍵請假，攜帶妻兒回到家鄉，不再回去爲軍閥做事。

鄧允庭返回家鄉不再外出。1926年春在當地共產黨人的影響下，積極投身農民運動土地革命戰爭時期。1927年底當獲悉朱德率南昌起義餘部駐紮在粵北地區時，立即前往聯繫。在樂昌經過同朱德、陳毅懇談之後，申請加入中國共產黨。接受立即返回郴州加緊組建赤衛武裝，準備發動工農暴動的重任。1928年2月率郴縣農軍配合朱德、陳毅領導湘南起義部隊攻克郴州城，並被任命爲工農革命軍第7師師長。

湘南起義期間率部參加了許多出色的戰鬥，爲建立湘南紅色政權作出了貢獻。4月底，率部隨朱德、陳毅上井岡山後，被任命爲工農革命軍第4軍第11師副師長兼32團團長。不久部隊縮編，奉命留在井岡山從事地方工作，並於5月被選爲中共湘贛邊界特委委員。在中央蘇區幾次反“圍剿”中，積極組織蘇區羣衆爲紅軍籌集糧油、服裝、藥品等物資，做了大量工作。

艱難的戰爭環境和繁重的工作任務，使他這位年已半百的老戰士染上了多種疾病，身體虛弱，他仍堅持工作，轉戰於贛南、閩西等地。1929年，他奉命主持紅軍第一個後方醫院工作。

1931年4月，因其曾在何鍵部任職，就這樣，鄧允庭被抓進了大牢，被錯劃爲“AB團”分子遭殺害，年僅52歲。也有這樣說的：當時極左分子搞肅反，要清查地主富農，按說這和鄧允庭沒關係，他是貧農出身，再怎麼扣帽子，也扣不到他的頭上。但鄧允庭說話太直，沒少得罪人，有人就說了——鄧允庭雖然不是地主富農，可他是清軍頭目，還當過土匪頭子，能是好人嗎？因此就被錯殺了。

中華人民共和國成立後，鄧允庭得到平反昭雪，被追認爲革命烈士。其革命業績，陳列於井岡山革命紀念館，載入史冊。