有沒有史前的某種生物死後無法留下化石痕迹，但確實在歷史上存在過?
或者換個思路，歷史上存在的某種生物，卻一直找不到化石，如何能確定它的存在。
純腦洞。
更新:
原來在考古方面這是一件很常見的事，是我孤陋寡聞了
大部分生物都是無法形成化石的，但對於一個物種來說，沒有化石，我們不好判斷是確實沒有還是沒挖出來，只能說這個概率是存在的，那些全身軟踏踏的中生動物之流的小型無脊椎動物和單細胞生物整個種沒化石的可能性相對比較大，但沒化石還是可以推出來存在，只是很難判斷到底是哪個節點它們最早出現以及沒化石的這些東西長什麼樣。
就像多鰭魚在中生代早期起源於古鱈，卻一直沒有化石記錄，直到一億年前的白堊紀忽然冒出了最早的化石記錄——但這些多鰭魚已經高度特化，並且是大型化的產物。
雖然在這之前莫得多鰭魚化石，但我們還是可以知道在此前肯定是有多鰭魚的。
有沒有史前的某種生物死後無法留下化石痕迹，但確實在歷史上存在過?
或者換個思路，歷史上存在的某種生物，卻一直找不到化石，如何能確定它的存在。
最早的被子植物。
根據分子鐘能推定其存在。
我先寫論文和準備presentation，有空擴展一下。
題主所說的這種情況才是古生物研究的常態。生物死亡後形成化石的是極少數，在化石中確定種系和演化關係的更是少之又少，大多數的生命死後是留不下什麼痕迹的，即使非常非常幸運成為了化石也多數被地質變動摧毀抹去了。這樣的生命，以我們目前的科學手段無法確定它的存在，我們只能通過對該時期氣候水文等自然環境的分析，結合現代生物學的認知去推測那個年代可能出現的某些生態位和佔據這些生態位的物種。
古生物學是一場歷經百年的解密遊戲，十數代人的努力才讓今天的我們可以看到目前來說較為科學與清晰的物種演化和自然變遷過程，但其中又充斥著太多的謎團無法揭開，而且隨著時代發展，可能幾塊新化石的出土又會衝擊甚至推翻我們對古生物某一領域的全部研究成果。未知永遠比已知更加浩瀚。
大多數生物都沒有留下化石，真正留下化石的才是少見情況，而且這個情況還極端偏向于海洋生物。陸地生物的化石存留幾率相比較低。同理，存留的化石中又以含有硬質部分的生物的化石為主，沒有硬質部分的生物（如水母和各類無殼軟體動物）也非常難以留存。
肯定有。大部分刺胞動物和櫛水母可能都無法留下化石，所以它們的化石很少見。就連脊椎動物也不一定能留下化石。
我們發掘出的化石只是地球生命歷史上物種總體的很小一部分，可以說絕大多數生物個體無法留下化石。如果每個物種都能留下化石，那麼人類的演化包括哺乳動物演化的過程就一目了然了。
就在現今，我們每天都會發現新物種。化石給我們留下的地球以往的物種不到萬分之一。也許還曾出現過跟人類一樣的智慧物種，但沒有留下證據。
埃迪卡拉紀的大部分生物
水母似身體結構不易形成化石，如果根據現有的化石記錄，很有可能認為埃迪卡拉紀的海洋是很荒蕪的，但實際上近幾年不斷有新的痕迹化石被發現，也有很多新的成果
留下化石的才是少數，而且用化石還原的史前動物原貌就是扯淡，千萬別當真。
大部分的水母連痕迹都沒留下，更別說化石了！
大部分軟體動物都沒有保留下化石
軟體動物吧。比如海蜇這種沒啥骨骼的，應該就留不下什麼化石。運氣好的話，說不定能在琥珀里找到他們的痕迹？
推薦閱讀：
