导致产生不同元素差异的根本原因是什么？
我说的不是简单的高中知识的电荷问题，而是根源，如果物质最小单位是同一种粒子，则其构建的更高一级的粒子结构也应该相同，那么导致每个元素结构差异的最底层原因是什么？？
原子核中质子数不同，这就是根本原因。
「如果物质最小单位是同一种粒子，则其构建的更高一级的粒子结构也应该相同」这句话是错误的。假设每一粒沙子都是一种基本粒子，那么沙子既可以堆沙堡，又可以垒沙墙。更何况基本粒子不止一种呢。
参看本人5月13日在知乎发表的，【稳恒态双核细胞结构宇宙学】之物质形成章节。不仅能给诸位一个比较切合题意的答复，还带给诸位一个全世界最新颖的宇宙观，更重要的是，给具有创新精神的志士仁人们，提供一个捍卫真理的机会。当然这是一个颠覆传统科学观念，充满艰难险阻的艰苦奋斗创新机会。
大意是，组成物质的不可再分基本粒子，简称物子。能够自主形成，物子种类、数量与质量完全相同，但是体积不同的疏松物质单元与致密物质单元。
在高温与低压向低温与高压环境转变到一定程度时，则物质靠近黑洞时。疏松物质单元坍缩在黑洞，体积缩小至千亿分之一，压缩重组为致密物质单元。
环境反方向转变到一定程度时，则所谓的宇宙大爆炸时，致密物质单元体积膨胀千亿倍，又可膨胀重组为疏松物质单元。
可以认为，物质单元就是高一级稳定粒子结构，其只能转换，在特殊环境下也难以破坏。
在宇宙周期性循环运行中，所有物质必然被星系中心黑洞吞噬而坍缩在黑洞。二个相邻黑洞又必然互相吸引碰撞而产生大爆炸，在大爆炸的高温环境下，致密物质单元出现膨胀重组，边还原为疏松物质单元，边与致密物质单元结合成为元素、物质。
所有高温是形成物质的首要条件，高温、高压形成大质量元素，高温、低压形成小质量元素。导致产生不同元素差异的根本原因，全在于物质形成至降温成型时的压力。
不是很清楚你的疑惑到底在哪里，如果你的问题是，如果若干个物理系统的最基本单元是全同的，为什么两个物理系统之间依然可能产生可区分的性质？
那我觉得自发对称性破缺（spontaneous symmetry breaking）可能是你要的答案。最著名的一个例子是墨西哥帽子：
假设在墨西哥帽（sombrero）的帽顶有一个圆球。这个圆球是处于旋转对称性状态，对于绕著帽子中心轴的旋转，圆球的位置不变。这圆球也处于局部最大引力势的状态，极不稳定，稍加摄动，就可以促使圆球滚落至帽子谷底的任意位置，因此降低至最小引力势位置，使得旋转对称性被打破。
这个例子就很直观的显示了对称的物理系统（或者不严谨的说无法区分的）有可能通过自发过程变得不再对称（可区分）。
另外一个可能的解释是自组织现象。比如氧气、氮气等等分子都是一样的，但是作为整体的空气却会有很多奇异的现象，比如飓风、对流等等耗散系统（Dissipative system）。所以即使两个整体都是由相同的部件组成，其整体的性质依然可能不同。
谢邀。
不懂(=_=)
非理工科学森==
最小单位不是同一种粒子。常见物质都是电子，上夸克，下夸克这三种组成，这三种目前物理学上都认为是基本粒子了。其中夸克组成中子和质子，电子则在原子核外围以比较复杂的方式分层分布。一个原子里质子数等于电子数，外层电子的状态决定化学性质。中子数影响不是那么大。
是的，你说的不是简单的高中知识，而是简单的初中知识。
因为每种元素的质子数都不同啊。
?
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