胚胎從一個受精卵發育而來到形成臨床可以識別的妊娠,需要經歷成千上萬個精細的步驟。這些步驟包括分子水平、基因水平、染色體水平、細胞水平等不同尺度的變化。這些複雜的變化中出現一些異常就可能造成胚胎停止發育。可惜的是,目前人類對胚胎髮育的精細過程還了解得很少,因此當我們回答「為什麼會胚胎停育」的時候底氣是不足的。
儘管如此,現在我們對胚胎停育的原因也並非一無所知。通過分析停育後的胚胎樣本,可以發現超過1/3甚至更多的胚胎存在各種染色體的異常,比如染色體多一條、少一條、兩條融合等等。所以說,相當一部分的胚胎停育是因為胚胎染色體異常的結果。最近的研究還發現,就算染色體看上去正常,但是一些關鍵基因的異常也可能造成胚胎停育。
除此之外,胚胎受到外界不良的影響,比如病毒感染、毒性物質作用、生長發育物質的缺乏等,可能都會造成胚胎停育。鑒於有太多的因素可能中斷胚胎髮育的過程,所以具體到一個患者,有時很難準確的知道為什麼胚胎髮生停育了,醫生只能告訴大家可能的原因和概率。