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某一些样品在常规光学显微镜下（明场下）无法被有效的观察，因为这些样品可能是透明的、无法被容易区分的、过于细小等。

但是这些样品可以被光学探针染色，或者自身可以在某一种波段的光照射下发出可以被容易分辨的被激发光。这时候通过显微镜光源以及滤色片进行激发、再由显微镜目镜观察或者相机拍摄，我们就得到了以往不容易观察的样品结构。

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荧光显微镜的出现是为了弥补一般光学显微镜的缺陷，即难以将特定的目标物从背景中区分出来。医院病理科的日常工作之一就是读片子，非常依赖经验。因为即使某种病原标记物已经经过了标识，在显微镜下仍然难以辨识。而荧游标识只在特定波长的光源激发下才会发光，而且发出的光也具有特定的波长。多个标识可以依次成像，背景极低，互相干扰也低，所以在科研和医疗中广泛应用。

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以紫外光察看荧游标本，用于研究细胞内物质的吸收、运输、化学物质的分布及定位等。（以叶绿素为例区别普通标本以及普通显微镜的区别）

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荧光显微镜是用来看荧光表本的，用于研究细胞内物质的吸收，运输，化学物质的分布极定位等。

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荧光显微镜是以紫外线为光源， 用以照射被检物体， 使之发出荧光， 然后在显微镜下观察物体的形状及其所在位置。

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主要应用于医学成像

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