1、分公司是總公司的分支機構，法律上並非完全獨立的法律主體，經營上通常是相對獨立的經營主體；

2、分公司的最重要風險點在於是否獨立核算的選擇，一般獨立經營某項業務或某個區域業務都應當獨立核算，否則不需要獨立核算，而這也成為分公司後續財稅實務的重大分水嶺。站在稅務機關角度，獨立核算與否非常關鍵；

3、非獨立核算分公司意味著不獨立從事經營活動，通常只是總部的一個部門業務的延伸，這樣的話不需要獨立核算，自然不存在單獨財稅實施的問題，增值稅和所得稅都回到總部統一繳納即可；稅務機關不喜歡非獨立核算分公司的原因正在於此。

4、獨立核算分公司是分公司運營的主流，至少佔分公司數量八成以上。在會計核算、交稅、合同簽署、款項收取、責任義務等諸多方面具有特殊性；

5、獨立核算分公司自然應當會計上單獨建賬，單獨核算自身收入、成本、費用，形成自身會計利潤；但不需要核算實收資本項目，只需要同總公司形成往來即可；

6、獨立核算分公司應在分公司註冊地稅務機關單獨交納增值稅，形成獨立的增值稅納稅主體，這同樣帶來一個重要問題：分公司和總公司之間資產、產品的調撥將會涉及增值稅視同銷售問題；

7、獨立核算分公司仍然不是獨立的所得稅納稅主體，計算所得稅依然需要整個企業（包括總公司和所有分公司）統一合併計算，然後分為兩種情況區別對待：

——省內分公司除有特殊規定之外，應直接回到總部統一繳納企業所得稅；

——跨省分公司應將全部應交所得稅在總部和分公司之間進行分割，總部50%，所有分公司再分配繳納剩餘50%。

實務中常常出現各地稅務機關要求分公司直接在當地繳納所得稅，需要規避風險。

8、獨立核算分公司雖然獨立從事某項業務，但通常也不能獨立對外簽署協議，可選擇總部統一簽署或總部授權分公司簽署協議兩種思路實施；

9、獨立核算分公司通常應該有獨立賬戶，針對自身業務獨立收款或獨立對外支付款項，實務中如果總部統一收款或總部統一對外支付款項亦可，不違背三流合一原則；

10、分公司在法律上不能脫離總公司獨立存在，出現風險也會100%傳遞給總公司，同總公司之間是一種風險的無限連帶責任；如實務中分公司債務必然導致整個公司出現風險甚至賬戶查封。

11、分公司是一種非常特殊的主體存在，在某些情況下是經營管理的利器，但同樣要關注和規避它所帶來的財稅分析和法律風險。

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