經曆了2012賽季的低穀後，拿度在2013年上演了“王者歸來”的大片。12賽季，西班牙人在泥地賽季拿下法網、羅馬、蒙地卡羅和巴塞隆拿四站冠軍後，在溫網爆冷不敵世界排名第一百位的羅索爾，止步次輪。 隨後，拉法的膝蓋又爆發出新傷，除了原本的左膝髕骨肌腱炎，髕骨後方脂肪墊也得到了霍華式病變（Hoffa disease），這讓西班牙人不得不退出2012年倫敦奧運以及包括美網在內的整個北美硬地賽季。九月， 拿度聽從醫生建議在家鄉靜養膝傷，選擇無限期停賽，退出本賽季剩下的所有賽事，提前結束2012賽季。

　　2013賽季，因為病毒性胃炎，西班牙人又缺席了包括澳網在內的整個一月比賽。二月初，拿度選擇在比尼亞德爾馬站復出，儘管決賽不敵澤巴洛斯，無緣復出首冠。但接下來，經過一站熱身的西班牙人滿血複活，連續打進八站賽事決賽，並拿下包括法網在內的七站冠軍，上演了“王者歸來”的神話。巴西聖保羅站和墨西哥阿卡普爾科站，拿度先後擊敗拿班迪安和費拿等名將，帶著背靠背奪冠的戰績來到北美春季硬地賽。在沙漠小鎮印第安維爾斯，拉法在8強和準決賽連續直落兩盤擊敗費達拿和貝迪治，與阿根廷名將迪樸度會師決賽，面對賽會7號種子，拿度4-6，6-3，6-4完成逆轉，拿下復出首項大師賽冠軍，贏得個人生涯第22座大師賽冠軍，在當時超越費達拿而位居歷史第一！不過在復出獲得三冠一亞後，西班牙天王退出隨後的邁阿密公開賽，選擇休息，以全力備戰接下來的歐洲泥地賽季。

　　在自己的後花園蒙地卡羅大師賽，拿度開啟了歐洲泥地賽季。連續擊敗迪米特洛夫、桑加等名將後，與兩外一位天王祖高域會師決賽。然而，蒙卡大師賽決賽，拿度連丟兩盤不敵塞爾維亞名將，無緣冠軍。雖然無緣自己的第九個蒙地卡羅大師賽冠軍，但接下來拿度的表現再次證明自己是當之無愧的泥地之王。在家鄉巴塞隆拿連勝五場奪冠後，拿度又在馬德里和羅馬連續擊敗費拿、華連卡、弗吉尼裏、貝迪治和費達拿，背靠背奪得兩站泥地大師賽冠軍。帶著一波15連勝的西班牙人來到Roland Garros，再次擊敗弗吉尼裏、華連卡後闖入準決賽，與此前在泥地上擊敗過自己的賽會頭號種子祖高域隔網相對。 兩位選手都渴望能夠本屆法網創造歷史，德約渴望斬獲職業生涯的首個法網冠軍，成為網球歷史上第8位完成全滿貫壯舉的球員。而拿度則可望在巴黎第八次奪冠。經過4小時37分鍾的五盤大戰後，拿度頂住對手反撲， 6-4 3-6 6-1 6-7（3） 9-7險勝祖高域，完成複仇的同時，闖入決賽。決賽中，面對同胞費拿，拿度直落三盤輕鬆獲勝，奪得自己第八個火槍手杯。

　　整個草地賽季，拿度僅僅只參加了溫網一站比賽，首輪連丟三盤不敵達爾西斯，草地賽季未嚐一勝。來到北美秋季賽，經過短暫調整後的西班牙人又再次展現出絕佳的競技狀態，在蒙特利爾與辛辛那提有完成背靠背奪冠，帶著兩個大師賽冠軍的美網系列賽成績登陸Flushing。美網，拉法連續擊敗包括多羅佈雷多和加斯基特在內的多位好手，再次在決賽中與祖高域隔網而站。經過四盤爭奪後，拿度本賽季第三次擊敗祖高域，奪得自己第二座美網冠軍獎盃。亞洲賽季與巴黎大師賽，拿度先後被老對手完成複仇，在北京舉行的中國網球公開賽，拿度在決賽中連丟兩盤不敵祖高域，屈居亞軍。上海勞力士大師賽，拿度不敵迪樸度止步四強。來到巴黎，拿度又被同胞費拿阻擊，無緣決賽。賽季最後一站比賽，ATP年終總決賽，拿度先後擊敗費拿、華連卡、貝迪治以小組三勝排名第一晉級準決賽。準決賽面對瑞士球王費達拿，拿度7-5，6-2輕鬆獲勝，將與祖高域爭奪最後的冠軍。決賽中，面對狀態出色的塞爾維亞人，拿度在此連丟兩盤敗下陣來，與總覺賽冠軍擦肩而過的同時，就此結束自己輝煌的2013賽季。

　　2013賽季，拿度一共14次闖入決賽，拿下其中10站賽事冠軍，其中：

　　大滿貫：法網、溫網

　　大師賽：印第安維爾斯、馬德里、羅馬、蒙特利爾、辛辛那提

　　ATP500：阿卡普爾科、巴塞隆拿

　　ATP250：聖保羅、

　　年終世界排名：第一

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