醫學影像網站

  • xctmr.com/tech/science/
  • yxppt.com/

DTI

  • DTI studio
    • DTI Studio是一個在Windows下運行的擴散張量圖像後處理程序。適合張量計算，顏色映射，白質纖維束跟蹤，三維可視化等任務。
  • MedInria
    • MedINRIA是由法國INRIA開發的醫學影像後處理平台。包含醫學影像可視化，DTI纖維束跟蹤與張量顯示，圖像配准，多硬化症分析，腦溝回可視化等功能。
  • FSL

    • FSL偏重於DTI的統計學處理分析。測體積、VBM等.
  • TBSS
    • TBSS是FSL軟體下的一個DTI數據處理工具，主要用於比較不同組人群之間局部FA或其他DTI參數的差異，與VBM或VBA比較相近，但所使用的演算法完全不同，是目前DTI數據中比較常用的軟體之一。
  • TrackVis

    • TrackVis是一款多平台DTI數據處理軟體，可以在Windows系統或Linux系統下使用，可用於計算計算纖維束走形和顯示非常方便的軟體。該軟體由兩個工具箱構成，Diffusion Toolkit用於計算DTI或HARDI數據以及常用的各參數，如ADC、FA、本徵值等。TrackVis用於對計算出的神經纖維束顯示和分析，可以手工畫ROI或VOI也可以通過導入ROI或VOI進行纖維束追蹤，並可分析通過ROI的纖維束數目及長度等信息。是目前比較好用的一款DTI數據處理軟體，上手比較容易。

腦結構連接分析

  • PANDA
    • PANDA是基於FSL等軟體開發的dMRI數據處理軟體。它可以全自動地對大量的被試進行預處理，併產生用於voxel-based、atlas-based和TBSS-based統計分析所需的數據；此外可以通過確定性追蹤和概率追蹤進行網路構建。軟體可以同時並行分析大批量的數據。(www.nitrc.org/projects/panda/)

靜息態fMRI

  • REST
    • REST是一個靜息態功能磁共振數據分析工具，可以計算功能連接（FC），區域同質性（ReHo值），振幅低頻率波動（ALFF），Granger因果分析（GCA）等指標。同時包含豐富的圖像分析工具，如各種統計分析、可視化，多重比較校正，時間序列提取，結果出圖等。
  • FSL - MELODIC
    • FSL MELODIC 3.0是牛津大學開發的一個功能磁共振後處理軟體。該方法無需指定任何先驗模型，憑藉獨立分量分析(ICA)將單個或多個四維數據集分解成不同的空間和時間組件，從而尋找活躍區域。
  • GIFT
    • 基於Matlab的專門用來做ICA分析的工具包，可以用來進行基於任務fMRI和靜息fMRI的ICA分析及其後續分析。
  • MICA
    • 基於Matlab的易於操作的ICA分析軟體。可以實現較大樣本量數據的ICA分析，通過多次運算求得穩定的ICA分析結果，克服ICA分析的不穩定性。
  • DPARSF(A)
    • 流水線式自動化的fMRI和靜息態fMRI數據預處理，靜息態fMRI數據後處理工具包。可以實現目前主流的各種靜息態fMRI指標的計算。可以實現並行的快速計算。

任務態fMRI

  • SPM
    • SPM是分析功能成像數據教主流的一個軟體包。可以分析多種腦成像數據，包括fMRI，PET，SPECT，EEG和MEG。
  • GLM Flex
    • 基於Matlab和SPM的二次統計（組分析）分析軟體，除了SPM包括的那些簡單模型（單樣本，雙樣本t檢驗等），還允許更多功能如mixed ANOVA，2×2被試內設計，多於兩因素的ANOVA分析。
  • FSL-FEAT
    • FSL FEAT基於模型的fMRI數據分析軟體， FEAT對於實驗設計和分析具有很高的靈活性，適合於複雜的功能磁共振實驗設計任務。
  • AFNI
    • AFNI是在linux上運行的分析功能成像數據的工具集。可以分析多種腦成像數據，包括fMRI，PET，SPECT等。
  • LISREL
    • LISREL (Linear Structural Relations)是由K.G. Joreskog & D. Sorbom所發展的結構方程模型 (Structural Equation Modeling)軟體. LISREL被認為是最專業的結構方程模塊（Structural Equation Modeling, 簡稱 SEM ）分析工具,通過fMRI數據可以對大腦進行網路模型構建（帶有方向性），並對所做模型供驗證性因素分析。由於LISREL在探討多變項因果關係上的強力優勢，最早LISREL運用於社會學研究,最近隨著腦科學研究的進展也有不少研究人員將結構方程模型運用於大腦網路的研究進而探討多變項或單變項之間的因果關係。

Structural MRI

皮層

  • Freesurfer
    • FreeSurfer是哈佛大學開發的磁共振神經影像分析，主要用於測量大腦皮層的厚度和統計分析。

溝回

  • BrainVISA
    • BrainVISA 可以用來分析T1加權大腦MR圖像，包括灰/白質分類，左右半球表面的提取與可視化，大腦皮質溝回的提取、標記等。

結構

  • SPM
    • 測腦體積、VBM、及其他

多模態磁共振數據分析

腦網路分析

  • GRETNA
    • GRETNA是一個針對磁共振影像數據開發的基於圖論的複雜腦網路分析軟體。該軟體可以對腦功能影像進行自動預處理，並能批量計算常用的二值化或者加權腦網路的拓撲屬性，如類聚係數、最短路徑長度、小世界屬性、網路效率、模塊化、節點度、節點介數、節點效率等，並能對結果進行統計分析(www.nitrc.org/projects/gretna)

腦網路可視化

  • BrainNet Viewer
    • BrainNet Viewer是一個腦網路可視化軟體，提供了豐富的設置來幫助研究者快速、靈活、方便地展示腦連接網路的信息。該軟體支持顯示基於圖論的三維腦網路模型以及體數據到三維腦曲面的映射，並能夠將顯示結果保存成常用的圖片格式或製作展示電影動畫(www.nitrc.org/projects/bnv/)

可視化

  • 3D Slicer
    • 3D Slicer是一個開放式的醫學影像後處理平台，可以創建特定主題的醫學圖像分析和可視化工具。包含多種模態成像如MRI，CT，超聲，核醫學等，可以分析從頭部到腳的多個器官影像，具有較好的可擴展性。
  • MRIcron
    • NIfTI數據可視化,支持linux,可使用命令安裝.

推薦閱讀：

查看原文 >>
相关文章