監院調查發現，公費流感疫苗有卅一萬劑流向不明。統計資料顯示，卅一萬劑中，六都佔了廿一萬劑。根據疾管署初步瞭解，絕大多數流向不明疫苗應都已打到民眾身上，沒有浮報或銷毀。

監察委員張武修等人調查流感疫苗施打，一○六年公費流感疫苗買六百萬劑，經查發現其中卅一萬劑沒有相對應名冊，流向不明，且三重衛生所至少有一萬多劑銷毀。監察院通過糾正新北市政府、三重衛生所和疾管署。