發動政變成功後，布哈里出任尼日利亞國家元首和武裝部隊總司令。與前幾屆軍政府相比，布哈里放棄了以往糾正問題所採取的"溫和"措施，而是以鐵腕手段處置尼日利亞面臨的危害問題。上臺伊始，他立即推行了一場轟轟烈烈"反貪污運動"，意圖建立廉潔政府。布哈里下令凍結了前當權者和政界人物的存款，以侵吞國庫數十億美元的名義，拘禁並審查了六百多名高官。同時，爲了防止新政府各級官員貪污，樹立廉潔政府的形象，布哈里要求各級官員必須在6周內提交自己財產的清單。

布哈里也以鐵腕手段整頓混亂的經濟狀態，打擊商人囤積居奇和走私活動，短短數週查獲了10億美元以上的囤積貨物，一定程度抑制了通貨膨脹。然而，面對積重難返的爛攤子，布哈里雖採取財政緊縮等宏觀調控措施，經濟不但仍無起色，而且進一步惡化，內外債務有增無減，失業人數越來越多，社會問題日益尖銳，教派、部族和地區衝突騷亂不斷髮生。與此同時，布哈里的鐵腕治國並未遏制住新政府腐敗，將校們貪污腐化的醜聞不斷被揭露，廣大人民開始不滿起來，使得布哈里鐵腕治國取得的成就蕩然無存。

布哈里的鐵腕措施並未得到軍政府一致認可，特別在經濟問題上，一些高級軍官存在意見分歧和爭吵，隨着人民不滿情緒增加，軍政府內部矛盾也激化起來。1985年8月27日，以巴班吉達將軍爲首的一批將領發動不流血的軍事政變，推翻了布哈里少將的軍政府，布哈里被廢黜了國家元首職務，被關押在貝寧城三年才獲釋。經歷這一重大挫折後，布哈里雄心未滅，他一直蓄勢待發，等待東山再起。1999年，尼日利亞恢復民主憲政後，布哈里重返政壇，並連續參加了三屆總統大選。雖然每次都鎩羽而歸，但越挫越勇，他的競選理念逐漸贏得更多選民支持。

2015年，布哈里第四次參選總統，這一次終於成功，時隔30年再次掌舵尼日利亞。宣誓就職時，他莊重承諾將不遺餘力懲治腐敗。隨後，他和副總統以身作則，把薪酬減半（總統年薪約7萬美元、副總統約6萬美元)，這一舉動讓其他官員和議員感到壓力。爲剷除嚴重腐敗問題，布哈里採取了一系列反腐舉措，包括成立總統反腐敗顧問委員會、完善政府採購和官員資產申報制度、加強國家反腐敗機構權力等。然而反腐是一項艱鉅工程，布哈里不止一次公開表示，政府取得的進展不如預期。不過，布哈里的舉措仍然贏得了廣大選民支持，在2019年大選中他成功連任總統，因爲他承諾選民有信心剷除非洲第一人口大國腐敗問題。