為快速平息國安特勤私菸案風波，國安局長邱國正今（2）日親上火線，說明違法私菸調查報告結果，總統府傍晚特別發出聲明稿，除強調總統府秘書長陳菊與國安局長邱國正都有解決過去多頭馬車所造成的漏洞外，也表示，總統府秘書長不在特勤中心指揮體系中，「相信歷任總統府正副秘書長，都應該很清楚」。

總統府發出的聲明稿中，特別補充三點說明，總統府表示，陳菊與邱國正兩次會晤討論本案，第一次為邱國正上任第一天，另一次則是日前向總統面報調查進度，陳菊與邱國正都有共同決心，解決過去多頭馬車所造成的漏洞。

總統府指出，國安局特勤中心、總統府侍衛室，及總統警衛室長年累積的管理權界定不清問題，既然發生此次利用元首出訪涉嫌違法私菸案，總統府與國安局面對問題、解決問題，爾後回歸特勤條例宗旨，由國安局負責安全勤務的督導與輔導，總統府則依組織法辦理有關人事預算等一般行政庶務。

總統府強調，特勤系統有其專業性，並有特勤條例的規範，總統府秘書長不在特勤中心的指揮體系之中。「這一點，相信歷任政府的總統府正副秘書長，都應該很清楚」。