1997年,А-135系統隨防空軍導彈太空防禦兵併入升級為軍種的戰略火箭軍。但此時,國際形勢已經發生了巨大變化,А-135系統顯然已不能適應當前的安全需求,加之該系統昂貴的運行費用,核彈頭潛在的危險性及其效能的不斷退化,採用核裝葯的51Т6遠程攔截彈很快被封存停止使用。1999年後,53Т6近程攔截彈的核戰鬥部也被拆除,改裝為常規定向戰鬥部。
早在1978年6月7日,蘇聯部長會議就頒布了第585-119號決議,要求在А-135反導系統的基礎上發展第三代戰略反導防禦系統。到1986年,由巴西斯托夫(А.Г.Басистов)領導的「三角旗」中央科研生產聯合公司開始在維諾格拉多夫(Б.П.Виноградов)總設計師的主持下展開А-235反導系統的設計工作。1991年1月31日,А-235系統的第406/1591號國家立項合同正式簽訂,試驗設計工作代號為「飛機-М」(Самолет-М),當時計劃於2015年完成。
按照最初的設計方案,А-235系統將是一種三層反導攔截系統,外層攔截彈為改進自51Т6的遠程攔截彈即「努多利河」導彈構成,可摧毀1500公里高、800公里遠的目標;而第二層則由58Р6導彈構成,攔截高度為1000公里以內、距離120公里以內的目標;最內一層則由改進型的53Т6或是由其發展而成的45Т6構成,用於攔截高度350公里以內、距離40~50公里以內的目標。根據一些專家們的觀點,擔負第一層攔截任務的導彈將會重新裝備核戰鬥部。
А-235系統將繼續使用А-135系統的「頓河-2М」雷達,但對所用的電腦設備進行了全面升級,同時用多軸發射車攜帶的雙聯裝發射系統取代了原本的地下發射井。隨著制導和通信技術的發展,反導攔截彈可選擇配備常規動能戰鬥部或是核戰鬥部,且攔截精度可達到數釐米。不過,А-235系統的研製並不順利,自2014年至今共4次試射成敗參半,在2015年11月18日和今年5月25日進行的後兩次試射成功。