日軍偷襲珍珠港，讓美國也加入了世界大戰，改變了二戰得整體格局，1945年8月15日，日本投降了。到了30號，盟軍的最高指揮官麥克阿瑟將軍坐着飛機抵達了日本東京，麥克阿瑟對於日本的軍國主義是非常痛恨的，於是他下令解除日本的全部武裝力量，對戰犯進行了逮捕。

隨後公佈了“戰後初期對日政策”，其中很明確的指出，美軍堅決不允許日本以宗教爲藉口進行軍國主義運動，並且宣佈把日本的國家神道給廢止了，可以看出美國壓制軍國主義的決心，可是麥克阿瑟爲何沒將靖國神社一把火燒掉呢？

美國曾經研究過日本軍國主義，其中明確的提出了靖國神社就是日本軍國主義煽動和愚弄老百姓，並且讓他們充當戰爭炮灰的一種工具。在美國“戰後計劃委員會”的一份檔案中也提到了靖國神社培養了軍國主義分子，應該被關閉。很多的駐日美軍都建議麥克阿瑟下令把靖國神社給燒掉，而麥克阿瑟確實有這個意思，在他的命令下有一百多名美軍進入了靖國神社。

日本的軍國主義維護者，當然想要維護靖國神社的。靖國神社的負責人因此就想了一個花招，想要把靖國神社變成一個宗教廟宇從而保存下來，爲死去的日軍舉行大祭。

與此同時還煽動了戰爭遺孤向盟軍遞交了希望保留靖國神社的請願書，日本人的做法讓盟軍內部產生了分歧，因此美軍最終決定看看大祭的具體情況，再說該怎麼處置靖國神社。

1945年11月20日，日本在戰敗後舉行了第一次也是最後一次由天皇主持的大祭，包括天皇和日本首相以及各級日本軍官，一共有三萬多人蔘加了祭拜，沒有一個人穿軍服，全都穿的西裝。

也許這次日本軍國主義分子的僞裝讓盟軍改變了想法。1945年的12月15日，盟軍總部雖然廢止國家神道，卻最終同意了讓靖國神社成爲宗教團體，讓靖國神社逃了過去。

1946年，盟軍禁止天皇參拜靖國神社，並且曾經在11月份指出靖國神社不是宗教團體，而是純粹的軍國主義神社，儘管靖國神社的身份存疑，卻沒有被摧毀。1952年，日本結束了被美軍佔領的命運，在靖國神社舉行的各種對日本戰犯的祭拜活動又多了起來，因此靖國神社又成了日本軍國主義表演的舞臺。

盟軍這幾次三番的變化到底是因爲什麼？“關於靖國神社的將來的見解”是盟軍總部的一份絕密文件，上面簡單的寫着“應該保留靖國神社，廢止恐怕反而會增加事端。”而根據歷史的發展來看，美國人第一是擔心不利於美國在日本的統治，而且當時美國和蘇聯的冷戰正在加劇，美國自然是不想因爲靖國神社刺激到日本人的神經，才輕鬆的放過靖國神社。