台北地檢署偵辦三中案，今依違反「刑法」背信、業務侵占等罪，起訴蔡正元等3人。蔡正元不滿駁斥，「全部不是事實！全部都是多出來的！」北檢指他侵占阿波羅公司，但阿波羅只有他一個股東，「背信侵占我自己這說得通嗎？」

蔡正元表示，中影哪有什麼股款的問題？時任中影公司副董事長莊婉均掏空7.5億，他去把它承接下來，這7.5億的債權不是他的是誰的？他拿這些債權去跟莊婉均要股票和財產，只要到5億多，還有2億多掛在帳上，「你中影不把我拿回去誰把我拿回去」，所以根本沒有中影股款、中影減資款這件事情。

蔡正元說，他把莊婉均的債權放在阿波羅公司名下，阿波羅只有一個股東就是他自己，他去清算的時候把阿波羅資金拿走，「我清算我自己，這是很清楚的事情」。如果阿波羅有其他股東，北檢說他背信侵占還有道理，但只有他一個股東，「背信侵占我自己這說得通嗎？」何況莊的債權是他放在阿波羅公司，不是阿波羅公司自己的。

蔡正元還說，當時北檢要羈押他，說他背信侵占中影的減資款，結果羈押他的理由卻是說他背信侵占阿波羅的資金，「請問阿波羅公司百分之百是我的，我侵占誰？這不是很好笑嗎？」北檢為了要辦馬英九的案子，把他的罪名說成他侵占自己，還加了一條公益背信侵占，蔡指出，他的資金裡面有一部分拿去援救索馬利亞海盜案，到底公益背信侵占誰？

對於北檢指控他使用基金會的房子，蔡正元則澄清，這就奇怪了，是他出錢給基金會買的房子，不是基金會給他錢買的，這＝這樣說不通吧；而且北檢現在還加個洗錢防制法，「錢是我的，我繞來繞去洗什麼錢？」