TCGA整合分析利器-GDC，太好用了！
TCGA（the cancer Genome Atlas，肿瘤基因组图谱）计划是由美国National Cancer Institute（NCI）和National Human Genome Research Institute（NHGRI）于2006年联合启动的项目。尽管项目已于2018年4月结束，但其仍在广大生物医学研究人员广泛使用。
经常使用TCGA的小伙伴可能早就发现TCGA网站中有通向GDC的链接，并已经开始使用GDC了。（文章底部有GDC操作视频链接！）
那么GDC是什么呢？
今天小编就来给不太了解GDC的小伙伴简单介绍一下：TCGA的整合分析利器——GDC（Genomic Data Commons）。
GDC相当于替代了TCGA Data Portal 这个网站，但它不只包含TCGA的数据，还有TARGET、CGCI及其他CCG计划的数据，并对数据重新进行了整合分析，可以提供统一的癌症基因组数据。
▲网址：https://gdc.cancer.gov/
GDC（Genomic Data Commons）是美国National Cancer Institute（NCI）的研究计划，使命是为癌症研究界提供统一的数据存储库，以便在癌症基因组研究中共享数据，支持精准医学。它包含几个大规模的癌症基因组研究计划的数据，包括TCGA、OCG。而OCG包括两项支持癌症分子鉴定的计划，TARGET和CGCI。
TCGA、TARGET、CGCI和其他CCG计划提供了对几种人类癌症基因组变化的全面描述。但是，这些内容存在单独的存储库里，格式不同，还有不同的数据管理基础机构。而GDC就是NCI为了统一这些内容而建立的数据共享平台，支持从各种NCI计划获得的标准化基因组数据集的接收、质量控制、整合、存储和再分配。
在GDC，你可以获得高质量的标准化生物样本、临床和分子数据，轻松进行高性能搜索，直接下载并分析临床信息、基因组特征数据，还可对肿瘤基因组数据进行高水平序列分析。
网址：https://portal.gdc.cancer.gov/
可以看到首页是对TCGA所收录的数据的统计，截至2019年3月26日最新版本V16.0中，TCGA共覆盖人体68个组织/器官的39种癌型及其亚型，45个Projects，33,549个患者，收录的文件总数达到385,483个，所研究的基因和变异数分别为22,872和3,142,246。
GDC包含数据类型有：
总之，GDC是癌症基因组数据研究不可多得的利器，数据也已经更新到V16.0版，小伙伴们快去了解一下。
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