1185年，在壇浦決戰之後，源賴朝在軍事上取得了決定性的勝利，此後，對於源賴朝來說，最主要的就是如何鞏固軍事戰績，在政治、經濟上處於領導地位。於是源賴朝採取了有效的措施，在錯綜複雜的政治形勢中，他出色的發揮了他的才能，在1192年確認了鎌倉武士的政權，開創了日本歷史的新時期。從未也鞏固了源賴朝在日本歷史上的地位。

鎌倉幕府是以將軍爲首，御家人爲骨幹的武士政權，與天皇爲首的朝廷並存，但握有實權。“楠正成”也有稱作“楠木正成”，日本的“軍神”，之所以在皇居的旁邊有這個雕像，如果瞭解一下日本的歷史就不難理解。楠正成是日本南北朝時代武將。1192年鎌倉幕府成立，幕府將軍掌權，天皇成爲傀儡。楠正成在推翻鎌倉幕府、中興皇權中起了重要作用。1336年兵敗剖腹自殺。東京美術學校的師生在1904年鑄造的楠正成銅像。

室町幕府（1336年-1573年），名稱源自於幕府設在京都的室町，又稱足利幕府。由南北朝時代足利尊氏1336年建立幕府開始，結束於1573年織田信長廢除將軍足利義昭。1336年（延元元年，建武三年）足利尊氏在京都室町建立了武家政權。

足利尊氏不滿後醍醐天皇輕視武士利益的政策，於1335年起兵反叛，1336年攻佔京都，立光明天皇爲傀儡。11月仿鎌倉幕府《貞永式目》制訂《建武式目》，共17條。在京都開設幕府。12月，後醍醐天皇逃往京都以南的吉野，自稱正統，形成南北兩個朝廷的對立（見南北朝時代）。至第 3代將軍足利義滿時，幕府達到全盛。

1378年，足利尊氏在京都室町建成幕府新址,1392年合併南北朝，實現對全和的統治，朝廷名存實亡。幕府機構進一步完善：將軍下設管領,總轄幕政,輔佐將軍，由足利氏同族的守護大名斯波、細川、畠山 3家輪流擔任，稱“三管領”。其下設侍所司警衛、政所司財政、向注司文書、評定衆和引付方司訴訟。其中最重要的侍所首長稱所司,由山名、一色、赤松、京極四家輪流擔任,稱“四稱”，可見室町幕府實際是以將軍爲中心的強大守護大名的聯合政權。

16世紀中葉一些地方領主與武士已經發展成爲控制一方的戰國大名,著名的有甲斐的武田信玄、三河的德川家康、尾張的織田信長、中國的毛利元就等。他們在領國內把地方領主組織爲自己的家臣團，積極發展工商業，積蓄經濟力量，頒佈法令，直接統治農民，形成割據勢力，而幕府的控制範圍僅限於近畿一帶。在角逐中，織田信長的力量逐漸超過其他戰國大名，1568年進入京都，1573年滅亡室町幕府，日本走上統一的道路。

慶長三年（1598年），豐臣秀吉病逝，幼子豐臣秀賴繼任，全日本頓時陷入混亂。五大老之首德川家康趁機私結大名，任意分封領地。慶長五年（1600年），德川家康因上杉氏重臣直江兼續的訴狀《直江狀》，起兵徵討上杉景勝。

戰國三大武將(左起)：織田信長、豐臣秀吉、德川家康

豐臣家石田三成便以此爲德川家康違反私戰禁令，召集各地大名聚集於大阪城發表內府違反條文，隨即起兵北討伐德川氏。德川家康則將上杉戰事交給次子，親率大軍與支持他的豐臣武將回師對抗。慶長五年九月十五日（1600年10月21日）兩軍主力最後在美濃一帶的關原進行會戰。最終，在西軍將領小早川秀秋叛變的情況下，這場戰爭在一天內即分出了勝負，德川家康取得了統治權。1603年，德川家康於江戶拜領徵夷大將軍，在江戶設立幕府，建立起統一中央集權的幕府統治，史稱德川幕府或江戶幕府，開始了二百六十多年的統治。至第三代將軍德川家光時，幕府機構大體完備。幕府領地約佔全國土地1/4，其餘由大名(諸侯)領有，稱藩國，形成在德川將軍控制下的各藩國分割統治的政治體制。

17 世紀末，由於商品經濟發展，幕藩體製出現危機，表現爲幕藩財政困難， 農民起義頻繁。爲應付危機，幕府在 18 世紀中葉～ 19世紀40年代實行改革，但並未奏效。1854年日本開國後，民族危機又加劇了封建制危機。薩摩 、長州等西南強藩，在改革派下級武士推動下，逐漸採取與幕府不同的政策，殖民興業，抵抗外敵。在幕末農民起義和薩長等西南強藩爲中心的倒幕運動壓力下，第十五代將軍德川慶喜於1867 年末被迫宣佈奉還大政。 1867 年12 月9日，倒幕派發動王政復古政變，宣佈廢除幕府制度。新成立的明治天皇政府經1868～1869年的戊辰戰爭，徹底打倒幕府勢力。至此，日本的封建幕府政治結束。

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