1990末期，行政院就進行-政府改造工程 朝野爭論討論22年後 在2010/1/12通過政府組織四法 在2012/1/1分段實施

說明如下:

由原有的8部2會21委員會3署5內部單位2其他機關進行改制為 14部8會3獨立機關2總處2附屬機構--29機關 總員額19萬0200人減到19萬3000人

新組織

14部：
1.內政部2.外交部3.國防部4.財政部5.教育部6.法務部7.經濟及能源部8.交通及建設部9.勞動部10.農業部11.衛生福利部12.環境資源部13.文化部14.科技部
8會：
1.國家發展委員會2.大陸委員會3.金融監督管理委員會4.海洋委員會5.僑務委員會6.國軍退除役官兵輔導委員會7.原住民族委員會8.客家委員會
3獨立機關：
1.中央選舉委員會2.國家通訊傳播委員會3.公平交易委員會
2總處、2附屬機關：
1.中央銀行2.主計總處3.人事行政總處4.國立故宮博物院

有幾點要特別注意的

環保署改為環境資源部 衛生署→衛生福利部 行政院文化建設委員會→文化部 行政院農業委員會→農業部 行政院國家科學委員會→科技部 行政院勞工委員會→勞動部
經濟部→經濟及能源部
交通部→交通及建設部
行政院經濟建設委員會＋行政院研究發展考覈委員會→國家發展委員會
行政院人事行政局→行政院人事行政總處
行政院主計處→行政院主計總處

新成立-海洋委員會（以原海岸巡防署為主體）

裁撤部會：行政院飛航安全委員會→飛航安全調查委員會（降格為三級機關，但仍屬行政院）蒙藏委員會→降格 行政院大陸委員會西藏處和蒙古處 行政院青年輔導委員會→降格 教育部青年發展署，就業業務轉予勞動部勞動力規劃司 行政院體育委員會→降格 教育部體育署 公共工程委員會→交通及建設部基礎建設司（含地區工程處）、工程產業及技術司和財政部政府採購司 行政院原子能委員會→降格 科技部核能安全署行政院消費者保護委員會→降格 行政院消費者保護處
行政院新聞局→行政院發言人室、外交部國際傳播司和文化部影視及流行音樂產業局

被裁併.調整所屬部會的三級機關
內政部營建署：併入交通及建設部、環境資源部
內政部社會司、內政部兒童局：併入衛生福利部
經濟部水利署、經濟部礦業司、經濟部礦務局、農委會林務局、農委會水保局、交通部中央氣象局：併入環境資源部

更名的三級機關（配合中央行政機關組織基準法規定）：.財政部關稅總局→財政部關務署 交通部公路總局→交通及建設部公路局