在一個持續經營的企業中，往往同時存在著運行管理（OPERATION）和項目管理（PROJECT）這兩種主要的管理模式，一些經營管理活動經常採用項目的方式來實現，因此項目管理本身的組織管理方式必然要受到企業的組織結構的影響，不同的企業組織結構、不同的項目組織方式，在項目管理上都有不同的特點。

就組織系統而言，一般可以認為有兩種模式，一種是基於職能的劃分方式，每一職能部門對應一種專業分工，或者對應一條產品線；另一種是基於項目的，每一個部門或項目組負責一個或一類項目，其責任隨著項目的開始而開始，隨著項目的結束而結束，這種模式在建築行業比較典型。在基於職能的組織模式中，也存在項目管理，但往往是局限在職能部門內的，當項目跨越職能部門時，就會出現四種可能的情況：

1、各職能部門派人參加項目，參加者向本部門領導報告，跨部門的協調在各部門領導之間進行，沒有專職的項目經理。這種做法是在基於職能的組織結構中最常見的項目組織方式。

2、由各職能部門派協調人參加項目，參加者向本部門領導報告，跨部門的協調在各部門派出的協調人之間進行，沒有專職的項目經理。這種組織方式也是基於職能的組織結構中很常見的項目組織方式，其工作效率較前者略高，但和前者一樣，由於沒有人對項目負責，項目組織效果很有限。但畢竟有了通過非部門領導的協調人之間的橫向溝通，所以也把這種組織結構稱為弱距陣結構。

3、在上述弱距陣結構的基礎上，指定其中的一名協調人作為項目經理，負責項目的管理，其他各部門委派的協調人不僅要向本部門報告，在項目過程中還要向項目經理報告，項目經理有一定的權利安排參加者們的工作。由於項目經理的出現，使項目管理得到了一定程度上的保證，會大大提高項目的工作效率，這種組織結構被稱為平衡距陣結構。

4、在上面平衡距陣的基礎上，增加與各職能部門平行的專門的項目管理辦公室，負責企業內的項目管理，專職的項目經理都歸項目管理辦公室管理。由於有了專門的組織負責項目管理，項目管理作為企業內的一項任務長期存在，並能夠不斷地積累、發展，項目經理也不是根據項目臨時任命，而是成為常設崗位，這樣從組織上、人員上都使項目管理得到了保障。這種結構也稱為強距陣結構。

　　上述四種項目組織的方式都可能會出現在基於職能式的組織結構中，它們對項目管理的支持程度是不同的。特別是在三種距陣式結構中，跨越部門的項目組織與職能部門之間往往會存在著較大的衝突，主要表現在資源競爭、目標期望等方面。例如在人員安排上，職能部門內被委派參加項目的人，往往需要同時兼顧原部門和項目兩方面的任務，時間得不到保證。在項目目標上，各職能部門總是希望更多地實現自己所期望的目標，而從整個項目的角度來說，可能更關注整體最優而犧牲部分職能部門的局部利益。在我們的工作實踐中經常遇到的這類矛盾，從根本上說，應該從項目管理的組織方式上考慮解決辦法，在企業內部形成適應項目管理的組織結構、規章制度和企業文化。這是企業高層領導者需要認真考慮解決的問題。

基於項目管理的組織結構是最適應項目管理需要的。由於項目管理的方法被越來越多的企業做採納，甚至有的企業也採用項目管理的方法來管理企業的運行，特別是在強調成本管理的企業中，工作任務、崗位職責、資源配置、績效考核等非常具體明確，則項目管理的方法更容易得到應用。

從一般的職能式組織結構，到弱距陣、平衡距陣和強距陣的組織結構，再到基於項目式的組織結構，項目經理從無到有，跨部門協調效率從低到高，項目管理力度由小到大。因此當項目涉及部門越多，涉及內容越新，涉及各職能部門利益越深，所需協調能力越強，那麼就越需要採用更能有效支持項目管理的組織結構。

在項目組內部，其組織結構一般都儘可能採取扁平式的組織結構，這是項目管理的特點所決定的。企業的運行工作具有穩定、重複的特點，而項目則具有臨時、獨特、逐步優化的特點，因此項目管理過程也往往具有其獨特性和未知性。這就更需要面向目標的管理，要讓項目的參與者都充分了解項目的目標，並為達到共同的目標發揮各自的作用，項目有關信息在項目組中需要充分地共享。這與傳統企業的層級組織結構是有很大差異的。如果說軍隊是傳統的層級組織的代表，那麼項目管理的組織方式就更象樂隊，演奏者之間都是平等的，大家都清楚地了解整個樂譜和自己的角色，主動配合整個樂隊的演奏，通過出色地完成自己的演奏而為整個樂隊添色。這是項目管理在管理文化上與傳統層級管理的最大差別。