满19岁的当年1月1日起到36岁那年的12月31日止，尚未服兵役、具有中华民国国籍且在台湾地区设有户籍的男子，有符某些情事之一，得检具证明文件，在内政部役政署线上申请短期出境系统（https://www.ris.gov.tw/departure/app/）填载资料向主管机关申请核准出境，像「机关或服勤单位派遣役男赴国外服勤或从事与勤务有关之训练/会议/活动」、「代表国家出国参加各类竞赛」、「配偶或直系血亲病危或死亡须出境探病或奔丧」及「因特殊事由，必须本人亲自处理」。

一般替代役役男、研发或产业训储替代役役男第一阶段服役期间申请出境，应由服勤单位或役男叙明事由、出入境时间、地点，检附出国申请表、证明文件及其中文译本，于预定出境之日10天前，送经主管机关审核并发给核准文件后，始得办理出境。

研发或产业训储替代役役男第二阶段及第三阶段服役期间申请出境，应由用人单位至「研发及产业训储替代役资讯管理系统」登录申请，并同出境申请函（表）、证明文件及其中文译本，于预定出境之日3个工作日前，于「研发及产业训储替代役资讯管理系统」传送主管机关审核并发给核准文件后，始得办理出境。

替代役役男申请出境有「紧急或特殊情况」经主管机关同意者，不受申请期间（第一阶段10天前、第二/三阶段3个工作日前）限制；其未能即时取得核准文件者，得由主管机关于其护照内页核盖替代役役男「出国核准章」办理出境。替代役役男核准出境案件，由内政部役政署每日将最新资料以电子传送方式送内政部移民署，以供办理役男出境查验使用。