如果可以选择孩子性别有什么弊处？
弊处就是，你有可能失去这个选择权，被亲人裹挟著要求生男女，或是被其他更有权利的人夺走。
考虑到中国执行过很多发达国家无法或不愿执行的计划生育，可以预想的是，如果人类能决定性别（不是胚胎成型几个月再打掉），那么不一定是孩子的家长去决定性别，更有可能「为了避免性别不平等」，选择性别的「权力」被公权力接管，也就是由政府专门根据人口的性别比例，而进行直接的调控，自然家长本身也就不掌握决定权，政府决定家长养什么孩子，那就养什么孩子。
不过它是不是弊处，可能取决于你站在什么立场。
对于腐朽父权主义思想入脑的性别歧视者，它是弊处，它可能剥夺了一个家庭必须生男孩传宗接代的权利/权力——如果它被当作是权利/权力。
对于强调家长权利或个人权利的「自由主义者」，它是弊处，它可能剥夺了为人家长的选择权——如果它被认为是家长应掌握的选择权。
对于认为孩子是男是女都要平等地养育的家长来说，也许区别不大，仅仅是决定性别的主体从随机变成了自己不能掌握的权威，从个体而言「没有选择」或「不主动选择」的条件是不变的。
对于相信大政府和权威主义的平等主义者，也许会觉得这是益处，因为对于这样的人来说，他们相信民众是愚蠢的，民众不可避免地有性别歧视倾向，交给权威就能最大程度上地保障性别比例，也就保障了性别平等。
对於单纯相信科学胜于传统的进步主义者，也许会觉得这是益处，因为从科学角度来协调的性别比例，远高于在一个性别歧视客观存在的社会的自然控制，一个专业的机构，很明显比一群生孩子都不用考试的民众要更专业。
当然，具体到人的操作上，肯定难以避免利用关系走后门，而在事实上又由自己决定了孩子的性别的情况出现。以及出于意识形态，对这种作法进行批判的各种冲突。
跨性别的问题也可能会更加复杂。
补充对评论和一个其它答案的回应。
根据复旦大学社会学系沈奕斐老师的观点，性别比例和性别平等是相关的，一个男多女少的社会则会不平等，而一个男女比例平均的社会则性别更加平等。因此保障性别比例，就能进一步地达到平等的目标，它并不能一蹴而就解决所有的不平等问题，但它对于推动平等是一个助力。
是否有悖于人权，取决于你的立场、政治价值观和宗教信仰。
但我必须去提醒，中国本身也已经执行了计划生育这个政策，它本身就是对生育权的主动干预，对平民生育权利强制转让给公权力。你如果要反对，可能要从反对现在的一切开始。
（历史上没有人强制生男丁，主要是没有科技可以做到，否则你觉得真的不会有政府去做吗？）
（中国民间自己去溺死女婴，或把女婴放到婴儿塔等死，这种种的民间自发的行为，其实已经说明人类本来就没有高尚到可以合理地行使家长权力，即便没有题设的科技，人类也可以很残忍。至少，不是所有人都能保证爱自己的孩子，他们本身就需要公权力去限制他们自主的暴行。）
（在性别不平等，重男轻女的环境下，政府不作为，让那些父母自己去决定，就对孩子更加公平吗？就能得出更公平、更人道的结果吗？最终就能保障孩子的利益吗？）
至于完全的社会化抚养，无所谓父母，这是利还是弊，也取决于立场，取决于政治观点和宗教信仰。至少能肯定的是，一些人不会把它当作纯粹的弊处，反而会支持社会化抚养。
并且其实现在，家长对于孩子的影响已经是有限的了，现在学生去学习的课本知识，包括政治这个学科，都是官方编写教材，学生必须要写规定的答案才能得高分，什么思想建设，这些都是官方去做的，家长根本没有任何权利可以反对。本身家长对于孩子的控制就已经不像古代一样高了，因此本身家长就已经不存在拥有纯粹的属于自己的孩子，或是支配孩子的权利这种东西。以及，这种东西真的应该存在吗？或者存在会更好吗？这些其实本身就是有争议的，取决于不同立场的。
街上就只剩男人一个性别了
实名反对高赞关于政府选择孩子性别的预想，过于想当然了。
首先即使政府真正接管孩子的性别决定权，也只能维持男女比例的绝对平衡，并不能"避免性别不平等"，其次，这种做法是悖于人权的，若不是政府真正失衡到一种影响国家存亡乃至人类进程的地步，政府颁布这种政策是对人权的践踏，我难以想像人民权益在未来社会会低到这种地步，这是明晃晃的历史车轮的倒退，即使是封建时代，遇到常年征战，男性数量减少，政府会奖励生男丁的家庭，也不会做出强制你生出男孩这种决策。
实际上政府只需要进行人口的宏观调控即可，略微的男女失衡，对政府来说并不是大事。
可以预见的是，若有朝一日政府"代替"父母决定孩子性别，那必然也会接管养育的义务，对孩子实行集成式的生养教育模式，这是权利与义务的统一性，但这样的社会也就无所谓"父母"了，大家都是国家的孩子。
最近碰到两个事儿。
一个是家里有了男孩儿，十几岁了，放开二胎后一直想要个女孩，因为女方身体原因，未果。最近碰到这个当丈夫的了，闲聊中提起这个事儿，就随口问了两句。他说正在帮他媳妇调养身体，想再要个女孩。
我说：「别要了，万一再是个男孩，你压力可就太大了。」
他回答：「没事，是个男孩就打了，再要就是了。」
还有一个和这个正相反，一胎是个女儿，二胎也是个女儿，于是心心念著要个儿子。于是媳妇怀了三胎，姑娘，打了；四胎，还是姑娘，又打了。现在正在备孕第五胎中……
大概这就是可以选择孩子性别的弊处了吧。
推荐阅读：
