中提質粒結果老是不好，什麼原因怎麼辦？
因為要轉染細胞，所以要中提質粒。用的是QIAGEN plasmid MIDI kit。一共有40多種質粒要提取。我採用的方法是，先平板劃線，然後挑單菌落+4ml 氨苄抗性的LB過夜，最後再搖50ml。其餘過程都是跟著說明書步驟做（因為高速離心機需要預約所以就把第一個步驟的6000xg 15min 改成了3000xg 30min）。做出來的結果，前20個都很好，但是剩下的20個濃度低，而且瓊脂糖凝膠電泳結果不好。重複了幾次都這樣，是為什麼吧？？（試過重新挑菌再做，也不太好。但是小提出來的結果都有，而且濃度很高。）
一般來說，如果這四十多種質粒都是高拷貝質粒的話，又都是同一批次處理的話，得率是相對穩定的。但如果是前面一批處理時都很順利，但突然後面就全部都不行的話。可以從以下2個步驟排除原因：
1 檢查質粒中提試劑盒：因為你說那不行的20來個質粒，用小提的話結果不錯，但換中提就不行。優先檢查buffer P2 是否有沉澱，室內氣溫降低時，這種緩衝液會析出沉澱，加熱後又會重新溶解，而這一步是裂解細菌，很關鍵。
2 如果1沒有問題，那麼重新挑菌落再搖菌，用搖出來的菌分別用小提、中提和新開一盒中提試劑盒各嘗試一次。如果小提和新的中提能做出來，那證明目前出問題的環節在這箇舊的中提裡面，不知道什麼原因，總之不要再用；如果小提能做出來，但中提依舊結果不好，那應該是使用中提時出現了一些不規範的操作了。
哪一種情況的結果不好？濃度低？260/280低於/高於1.8？還是260/230不正常？
菌量太大，裂解不充分？
加完S II間隔時間太長才加S III導致基因組被片段化而混到質粒裡面？
最後DNA沉澱之後，異丙醇或者70%乙醇洗完沒有晾乾導致鹽濃度過高，260/230偏低？
最後乙醇洗完晾太干導致DNA重新溶解的時候不好溶？
溶解的TE buffer沒有預熱一下幫助溶解？
……
你是一次性抽40個？
確定挑的菌都是你需要的嗎？塗板-挑單克隆-測序-確認-搖菌-提取質粒。一半好一半不好，是不是有些菌不是陽性的？
什麼瓶子搖的？50ml的培養基如果是100ml的瓶子里培養，大腸桿菌可能會缺氧長不好。
你搖多一點菌唄，拿250ml瓶子搖100ml菌過夜，菌體總質量上去了，質粒也會多一點。
不好的意思是指哪一方面不理想呢？濃度？測序結果？將菌液充分裂解，盡量保持無菌環境操作，菌液不要培養過久。具體問題具體分析。
4ml轉到50ml的時候你加了多少？
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