非編碼RNA資料庫,你知道多少?
在介紹非編碼RNA資料庫之前,我們首先來看一下非編碼RNA是什麼?非編碼RNA是指不編碼蛋白質的RNA基因或者基因產物,比較早發現的非編碼RNA是tRNA、rRNA。目前研究比較多的非編碼RNA主要有miRNA,lncRNA, snoRNA, eRNA, piRNA。接下來,我們看一下這些非編碼RNA資料庫:
1、miRBase資料庫
miRBase資料庫是目前研究miRNA使用比較多的資料庫,這個資料庫網址:http://www.mirbase.org/
2、NONCODE資料庫
NONCODE資料庫是整合型的非編RNA資料庫,其中收錄lncRNA比較全,但是不收錄tRNA和rRNAs,這個資料庫的網址:http://www.noncode.org/
3、CircBase資料庫
CirBase資料庫是收錄環狀RNA的資料庫,是目前研究使用比較多的資料庫,這個資料庫的網址:http://www.circbase.org/
4、snoRNAdb資料庫
snoRNAdb資料庫是一個收錄snoRNA的資料庫,這個資料庫的網址:https://www-snorna.biotoul.fr/
5、RNAcentral
RNAcentral是一個主要收錄非編碼RNA序列的資料庫,這個資料庫的網址:http://rnacentral.org/
6、starBase
starBase是一個提供不同RNA以及蛋白間的互作關係的資料庫,這個資料庫的網址:http://starbase.sysu.edu.cn/
如果大家會用這些資料庫,可以收藏一下這些資料庫。
本文來源於微信公眾號SCI狂人~閱讀原文
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