要對這些性質和功能各異的酶進行研究和應用,一個系統有效的分類方法是必須的。雖然酶的分子組成、細胞定位等特點都可以作為分類依據,但對於功能研究來說,按照催化的反應類型進行分類是最合理的。
1961年,國際生物化學與分子生物學聯合會(IUBMB)將所有的酶按照催化的反應類型統一分成六大類。2018年8月,又增加了轉位酶分類,所以現在共有七大酶類,即:氧化-還原酶 (EC 1)、移換酶 (EC 2)、水解酶(EC 3)、裂合酶 (EC 4)、異構酶 (EC 5) 、連接酶 (EC 6)和轉位酶(EC 7)。其中EC代表酶學委員會(Enzyme Commission)。