渡輪在行駛半小時後，突然就來了暴風雨，而且動靜越來越大，洞爺丸渡輪也在海上左右搖擺，隨後發動機停止了工作，後來發電機也停了，渡輪上所有的人都慌了。爲了避免渡輪沉入海底，船長只能試圖將渡輪開往淺水區並坐等救援船的到來。隨後所有人都穿上救生衣，並坐在船艙裏絕望的哭泣。在經歷幾個小時的左右搖擺後，颱風似乎沒有減弱的趨勢，最後在巨浪的衝擊下，穩定渡輪的船錨也脫落了，於是渡輪直接被颱風給掀翻了，一千多人就這樣被倒扣在了海水中。

雖然渡輪遇險的求救信號很早就發出，但因爲這次颱風實在太大，導致陸地上也出現了大量的事故，不少地區出現了房屋垮塌和多處火災，所以很多的救援部門優先處理了這些事件，於是也就導致了救生人員和船隻，遲遲不能抵達洞爺丸遭遇海難的海域。在最後日本救援部門的船只來到了沉船的區域，但最終只有237人活了下來，剩下的1100人全部葬身海底。不僅如此，在同一天裏，日本其它4艘貨船和郵輪也都在臺風的肆虐下沉入了海底。而此次因颱風而遭遇海難的死者達到了1430人。而洞爺丸事件的遇難者人數，也創下了日本海難死亡人數的最高紀錄。

日本人知道這起海難是認爲疏忽造成的，爲了避免此類事件的再次發生，日本政府也在痛定思痛之後下了一個大決心。在經歷了20多年的努力之下，日本人修建了一條在世界範圍內最長的跨海隧道，而這條隧道也正是從北海道通往本州。